Le système portatif est facile à séparer en composantes principales et facile à mettre en place si nécessaire. Par rapport à d'autres systèmes d'armes anti-char lourd, la différence est notable. Par exemple, un TOW a besoin d'un trépied lourd, un gros étui de protection thermique pour la vue, un plus grand et plus long tube de lancement, et nécessite beaucoup plus de temps à monter et à préparer. Le Javelin (bien que très lourd) est plus léger que d'autres missiles.
Bien que l'imagerie thermique du CLU puisse entraver la visée, le guidage infra-rouge permet au Javelin d’être un missile de type « tir et oubli » donnant la possibilité au tireur de quitter la zone de lancement tout de suite après la mise à feu du missile. Cela permet un système plus sûr que le filoguidage, qui lui nécessite de viser la cible jusqu'à l'impact.
Un autre avantage est la capacité de perforation. Le missile a une charge creuse en tandem dans son ogive qui est faite pour pénétrer les blindages réactifs. Le Javelin a été créé avec l'intention d'être en mesure de pénétrer tout blindage et il a été testé sur le char M1 Abrams. Avec le mode d’attaque par le haut, il a même une plus grande habileté à détruire les chars puisqu’il peut attaquer là où les chars sont les plus faibles.
Le lancement du missile Javelin par éjection permet d'avoir une zone de sûreté minimum derrière le tireur puisque les gaz qui propulsent les missiles ne sont pas allumés lors du lancement du missile. Cela permet au Javelin être tiré de l'intérieur d'un large éventail de structures. Cela donne également au Javelin l’avantage dans les zones urbaines au cours des combats contre le AT4 qui produit des gaz brûlants lors du tir, bien que cette lacune soit atténuée avec le AT4 CS. Les gaz brûlants produits lors du tir blessent gravement le personnel si le missile est tiré de l'intérieur d'une petite structure.
Le missile a également un éventail plus large que le système qu'il remplace, le M47 Dragon.
Le principal inconvénient du système est son poids total d’environ 22 kg (49,5 lb), sans tenir compte des autres piles (batteries au lithium BA5590), qui pèsent environ 1 kg (2,25 lbs) chacune. Chaque batterie est estimée à maximum quatre heures d’autonomie par le fabricant du Javelin. Une charge normale de piles (sans compter les rajouts "juste au cas où" que la plupart des équipes porteraient) est 5 à 10. Ce numéro peut être plus ou moins grand en fonction de la durée de la mission. Le système est conçu pour être portable par l'infanterie et pèse plus que le poids spécifié à l’origine par l'armée.
Un autre inconvénient du système est la dépendance à une vue thermique pour acquérir des cibles. Le point de vue thermique n’est pas en mesure de fonctionner jusqu'à ce que la composante de réfrigération ait refroidi le système. Le fabricant estime à 30 secondes, la durée nécessaire pour refroidir le système, mais en fonction de la température ambiante, ce processus peut prendre beaucoup plus de temps. La vue thermique est parfois entravée par un phénomène naturel où la température de la terre chauffe ou refroidit rapidement et peut interférer avec la reconnaissance et le verrouillage de la cible visée.
Une grande familiarité avec chaque commande de contrôle et le fonctionnement doit être atteinte avant que l'unité puisse être déployée efficacement. Les troupes américaines sont formées à l'École d'infanterie à Fort Benning, en Géorgie, pendant deux semaines. Les soldats apprennent l'entretien, le fonctionnement, les capacités, l'assemblage et le désassemblage, et les positions de tir. On enseigne également aux soldats à distinguer une variété de types de véhicule, même lorsque seulement une esquisse est visible. Les soldats doivent accomplir plusieurs exercices chronométrés avec les normes fixées avant d'être qualifiés pour faire fonctionner le système à la fois en entrainement et en situation de guerre. Il existe aussi de petits programmes de formation mis en place sur la plupart des bases de l'armée qui instruisent les soldats sur le bon usage du système. Lors de ces cours, le programme de formation peut être modifié légèrement. Il s'agit le plus souvent d'exigences mineures laissées de côté pour cause de budget, de temps disponible et de ressources. Les deux types de stages de formation requièrent des niveaux de compétence qui doivent être remplis avant que le soldat puisse faire fonctionner le système dans des exercices de formation ou lors de missions de guerre.