Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Eubacteria (Bacteria, Bactéries ou Eubactéries), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
Les avis des spécialistes restent très divergents sur la phylogénie des Procaryotes. On en a quelques exemples plus bas...
En ce qui concerne les taxons bactériens de niveau supérieur, l'arbre ici présenté suit globalement les dernières propositions de Thomas Cavalier-Smith. L'ancêtre "universel" n'est plus conforme à l'hypothèse "LUCA", puisque les Archées et les Eucaryotes s'enracinent non pas dans la même origine que les Eubactéries, mais au sein de celles-ci, longtemps après leur apparition. Les Eubactéries ne forment donc pas, dans cette hypothèse, un groupe naturel (un clade monophylétique), mais le plus ancien grade évolutif connu des êtres vivants cellulaires.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ ├─o Chlorobacteria ou Chloroflexi ├─? Caldiserica └─o ├─o Hadobacteria ou Deinococci └─o Glycobacteria (paraphylétique) ├─o Cyanobacteria │ └─o chloroplastes s.l. └─o ├─o Gracilicutes │ ├─o Spirochaetes │ └─o │ ├─o Sphingobacteria │ └─o Exoflagellata │ ├─o Planctobacteria │ └─o Proteobacteria │ └─o mitochondries └─o └─o Posibacteria (paraphylétique) ├─o Endobacteria │ ├─o Mollicutes │ └─o Firmicutes s.s. └─o Actinobacteria (paraphylétique) └─o Neomura ├─o Eukaryota ► └─o Archaebacteria ou Archaea ►
▲ ├─o Chlorobacteria ou Chloroflexi s.l. │ ├─o │ │ ├─o Dehalococcoidetes │ │ └─o Anaerolineae │ │ ├─o Anaerolineales │ │ └─o Caldilineales │ └─o │ ├─o Thermomicrobia │ │ ├─o Sphaerobacterales │ │ └─o Thermomicrobiales │ └─o Chloroflexi s.s. │ ├─o Herpetosiphonales │ └─o Chloroflexales │ ├─o Chloroflexaceae │ └─o Oscillochloridaceae ├─? Caldisericales └─o ├─o Hadobacteria ou Deinococci │ ├─o Thermales │ └─o Deinococcales │ ├─o Deinococcaceae │ └─o Trueperaceae └─o Glycobacteria (paraphylétique) ├─o Cyanobacteria │ ├─o Gloeobacteriales │ └─o Phycobacteria │ │ │ ├─o chloroplastes s.l. │ │ ├─o chloroplastes s.s. │ │ └─o │ │ ├─o rhodoplastes │ │ └─o cyanelles │ │ │ ├─o Chroobacteria │ │ ├─o Chroococcales │ │ ├─o Pleurocapsales │ │ └─o Oscillatoriales │ └─o Hormogoneae │ ├─o Stigonematales │ └─o Nostocales │ ├─o Microchaetaceae │ ├─o Nostocaceae │ ├─o Rivulariaceae │ └─o Scytonemataceae └─o ├─? Gemmatimonadetes ├─o Gracilicutes │ ├─o Spirochaetes │ │ ├─o Leptospiraceae │ │ └─o Euspirochaetae │ │ ├─o Serpulinaceae ou Brachyspiraceae │ │ └─o Spirochaetaceae │ └─o │ ├─o Sphingobacteria │ │ ├─o Fibrobacterales │ │ └─o │ │ ├─o Chlorobiales │ │ └─o Bacteroidetes │ │ ├─o Rhodothermaceae │ │ └─o │ │ ├─o Sphingobacteriales │ │ │ ├─o Chitinophagaceae │ │ │ ├─o Cyclobacteriaceae │ │ │ ├─o Flammeovirgaceae │ │ │ ├─o Flexibacteraceae │ │ │ ├─o Saprospiraceae │ │ │ └─o Sphingobacteriaceae │ │ └─o │ │ ├─o Flavobacteriales │ │ │ ├─o Blattabacteriaceae │ │ │ ├─o Flavobacteriaceae │ │ │ └─o Cryomorphaceae │ │ └─o Bacteroidales │ │ ├─o Bacteroidaceae │ │ ├─o Marinilabiaceae │ │ ├─o Rikenellaceae │ │ ├─o Porphyromonadaceae │ │ └─o Prevotellaceae │ └─o Exoflagellata │ ├─o Planctobacteria │ │ ├─o Poribacteria │ │ ├─o Planctomycetes │ │ │ ├─o Planctomycetales │ │ │ └─o Phycisphaerales │ │ └─o │ │ ├─o Chlamydiales │ │ │ ├─o Chlamydiaceae │ │ │ └─o │ │ │ ├─o │ │ │ │ ├─o Simkaniaceae │ │ │ │ └─o Rhabdochlamydiaceae │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Waddliaceae │ │ │ └─o Parachlamydiaceae │ │ └─o │ │ ├─o Lentisphaerae │ │ │ ├─o Lentisphaerales │ │ │ └─o Victivallales │ │ └─o Verrucomicrobia │ │ ├─o Spartobacteria ou Xiphinematobacteriaceae │ │ ├─o Verrucomicrobiales │ │ └─o Opitutae │ │ ├─o Opitutales │ │ └─o Puniceicoccales │ └─o │ ├─? Elusimicrobia │ │ ├─o Elusimicrobiales │ │ └─o Endomicrobia │ ├─o Geobacteria │ │ ├─o Acidobacteria │ │ │ ├─o Acidobacteriales │ │ │ ├─o Solibacterales │ │ │ └─o Holophagae │ │ │ ├─o Acanthopleuribacterales │ │ │ └─o Holophagales │ │ └─o Ferrobacteria ou Geovibriales │ │ ├─? Chrysiogenales │ │ ├─o Nitrospirales │ │ └─o Deferribacteres │ │ ├─o Caldithrix │ │ └─o │ │ ├─o Synergistetes │ │ └─o Deferribacteraceae │ └─o │ ├─? Thermodesulfobacteriales │ ├─o Aquificales │ │ ├─o Aquificaceae │ │ ├─o Desulfurobacteriaceae │ │ └─o Hydrogenothermaceae │ └─o Proteobacteria │ ├─o Epsilonproteobacteria │ │ ├─o Nautiliales │ │ └─o Campylobacterales │ │ ├─o Campylobacteraceae │ │ ├─o Helicobacteraceae │ │ └─o Hydrogenimonaceae │ ├─o Deltaproteobacteria │ │ ├─o Bdellovibrionales │ │ ├─o Desulfarcales │ │ ├─o Desulfobacterales │ │ │ ├─o Desulfobacteraceae │ │ │ ├─o Desulfobulbaceae │ │ │ └─o Nitrospinaceae │ │ ├─o Desulfovibrionales │ │ │ ├─o Desulfovibrionaceae │ │ │ ├─o Desulfomicrobiaceae │ │ │ ├─o Desulfohalobiaceae │ │ │ └─o Desulfonatronumceae │ │ ├─o Desulfurellales │ │ ├─o Desulfuromonadales │ │ │ ├─o Desulfuromonadaceae │ │ │ └─o Geobacteraceae │ │ ├─o Syntrophobacterales │ │ │ ├─o Syntrophobacteraceae │ │ │ └─o Syntrophaceae │ │ └─o Myxococcales │ │ ├─o Cystobacterinae │ │ │ ├─o Cystobacteraceae │ │ │ └─o Myxococcaceae │ │ ├─o Soranginae ou Polyangiaceae │ │ └─o Nannocystineae │ │ ├─o Nannocystaceae │ │ ├─o Haliangiaceae │ │ └─o Kofleriaceae │ └─o │ ├─o Zetaproteobacteria ou Mariprofundales │ └─o Rhodobacteria │ ├─o Alphaproteobacteria │ │ ├─? Kopriimonadales │ │ ├─? Kordiimonadales │ │ ├─o Rickettsiales │ │ │ ├─? Holosporaceae │ │ │ ├─o Anaplasmataceae │ │ │ └─o Rickettsiaceae │ │ │ │ │ │ │ └─o mitochondries │ │ └─o │ │ ├─o │ │ │ ├─o Sphingomonadales │ │ │ └─o Rhodospirillales │ │ │ ├─o Rhodospirillaceae │ │ │ └─o Acetobacteraceae │ │ └─o │ │ ├─o │ │ │ ├─o Caulobacterales │ │ │ └─o │ │ │ ├─? Parvularculales │ │ │ └─o Rhodobacterales │ │ └─o Rhizobiales │ │ ├─? Aurantimonadaceae │ │ ├─? Hyphomicrobiaceae │ │ ├─o │ │ │ ├─o Methylobacteriaceae │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Bradyrhizobiaceae │ │ │ └─o │ │ │ ├─? Methylocystaceae │ │ │ └─? Beijerinckiaceae │ │ └─o │ │ ├─? Rhodobiaceae │ │ └─o │ │ ├─o Bartonellaceae │ │ └─o │ │ ├─o Rhizobiaceae │ │ ├─o Brucellaceae │ │ └─o Phyllobacteriaceae │ └─o Chromatibacteria │ ├─o Betaproteobacteria │ │ ├─o Hydrogenophilales │ │ ├─o Methylophilales │ │ ├─o Neisseriales │ │ ├─o Nitrosomonadales │ │ │ ├─o Nitrosomonadacea │ │ │ ├─o Spirillaceae │ │ │ └─o Gallionellaceae │ │ ├─o Procabacteriales │ │ ├─o Rhodocyclales │ │ └─o Burkholderiales │ │ ├─o Burkholderiaceae │ │ ├─o Oxalobacteraceae │ │ ├─o Alcaligenaceae │ │ └─o Comamonadaceae │ └─o Gammaproteobacteria │ ├─o Acidithiobacillales │ │ ├─o Acidithiobacillaceae │ │ └─o Thermithiobacillaceae │ ├─o Aeromonadales │ │ ├─o Aeromonadaceae │ │ └─o Succinivibrionaceae │ ├─o Alteromonadales │ ├─o Cardiobacteriales │ ├─o Chromatiales │ │ ├─o Chromatiaceae │ │ ├─o Ectothiorhodospiraceae │ │ └─o Halothiobacilaceae │ ├─o Enterobacteriales │ ├─o Legionellales │ │ ├─o Legionellaceae │ │ └─o Coxiellaceae │ ├─o Methylococcales │ │ ├─o Crenotrichaceae │ │ └─o Methylococcaceae │ ├─o Pasteurellales │ ├─o Pseudomonadales │ │ ├─o Pseudomonadaceae │ │ └─o Moraxellaceae │ ├─o Thiotrichales │ │ ├─o Thiotrichaceae │ │ ├─o Francisellaceae │ │ └─o Piscirickettsiaceae │ ├─o Vibrionales │ ├─o Xanthomonadales │ └─o Oceanospirillales │ ├─o Oceanospirillaceae │ ├─o Alcanivoraceae │ ├─o Hahellaceae │ ├─o Halomonadaceae │ ├─o Oleiphilaceae │ └─o Saccharospirillaceae └─o ├─o Thermotogales ou Togobacteria ├─o Selenobacteria │ ├─o Sporomusales │ └─o Heliobacteriales ├─o Fusobacteriales └─o Posibacteria ou Firmicutes s.l. (paraphylétique) ├─o Endobacteria │ ├─o Dictyoglomales │ └─o │ ├─o Mollicutes ou Tenericutes │ │ ├─o Acholeplasmatales │ │ ├─o Anaeroplasmatales │ │ ├─o Haloplasmatales │ │ ├─o Mycoplasmatales │ │ └─o Entomoplasmatales │ │ ├─o Entomoplasmataceae │ │ └─o Spiroplasmataceae │ └─o Teichobacteria ou Firmicutes s.s. │ ├─o Erysipelotrichales │ ├─o Thermolithobacterales │ ├─o Clostridia │ │ ├─o Natranaerobiales │ │ ├─o Halanaerobiales │ │ │ ├─o Halanaerobiaceae │ │ │ └─o Halobacteroidaceae │ │ ├─o Thermoanaerobacteriales │ │ │ ├─o Thermoanaerobacteriaceae │ │ │ └─o Thermodesulfobiaceae │ │ └─o Clostridiales │ │ ├─o Catabacteriaceae │ │ ├─o Clostridiaceae │ │ ├─o Eubacteriaceae │ │ ├─o Gracilibacteraceae │ │ ├─o Lachnospiraceae │ │ ├─o Oscillospiraceae │ │ ├─o Peptococcaceae │ │ ├─o Peptostreptococcaceae │ │ ├─o Syntrophomonadaceae │ │ └─o Veillonellaceae │ └─o Bacilli │ ├─o Lactobacillales │ │ ├─o Aerococcaceae │ │ ├─o Carnobacteriaceae │ │ ├─o Enterococcaceae │ │ ├─o Lactobacillaceae │ │ ├─o Leuconostocaceae │ │ └─o Streptococcaceae │ └─o Bacillales │ ├─o Alicyclobacillaceae │ ├─o Bacillaceae │ ├─o Listeriaceae │ ├─o Paenibacillaceae │ ├─o Pasteuriaceae │ ├─o Planococcaceae │ ├─o Sporolactobacillaceae │ ├─o Staphylococcaceae │ ├─o Thermoactinomycetaceae │ ├─o Thermicanus │ ├─o Gemella │ └─o Exiguobacterium └─o Actinobacteria (paraphylétique) ├─o Rubrobacteridae │ ├─o Rubrobacterales │ ├─o Thermoleophilales │ └─o Solirubrobacterales │ ├─o Conexibacteraceae │ ├─o Patulibacteraceae │ └─o Solirubrobacteraceae └─o ├─o Coriobacteriales └─o ├─o Acidimicrobiales └─o Actinobacteridae (paraphylétique) ├─o Bifidobacteriales ├─o Nitriliruptorales └─o Actinomycetales (paraphylétique) ├─o Rarobacterineae ├─o Actinomycineae ├─o Catenulisporineae │ ├─o Actinospicaceae │ └─o Catenulisporaceae ├─o Pseudonocardineae │ ├─o Actinosynnemataceae │ └─o Pseudonocardiaceae ├─o Glycomycineae ├─o Micrococcineae │ ├─? Intrasporangiaceae │ ├─? Dermabacteraceae │ ├─o Microbacteriaceae │ └─o │ ├─o Dermatophilaceae │ ├─o Micrococcaceae │ └─o │ ├─o Cellulomonadaceae │ └─o Promicromonosporaceae └─o ├─o Propionibacterineae │ ├─o Nocardioidaceae │ └─o Propionibacteriaceae └─o ├─o Neomura │ │ │ ├─o Eukaryota ► │ │ │ └─o Archaebacteria ou Archaea ► │ ├─o Corynebacterineae │ ├─? Gordoniaceae │ ├─o Corynebacteriaceae │ └─o │ ├─o Micromonosporaceae │ └─o Mycobacteriales │ ├─? Segniliparaceae │ ├─? Tsukamurellaceae │ ├─? Williamsiaceae │ ├─o Mycobacteriaceae │ └─o │ ├─o Dietziaceae │ └─o Nocardiaceae └─o Streptomycetes ├─o Frankineae │ ├─o Acidothermaceae │ ├─o Frankiaceae │ ├─o Geodermatophilaceae │ ├─o Kineosporiaceae │ ├─o Nakamurellaceae │ └─o Sporichthyaceae └─o ├─o Streptomycineae └─o Streptosporangineae ├─o Thermomonosporaceae └─o ├─o Nocardiopsaceae └─o Streptosporangiaceae