Les zones militaires en France sont nombreuses. Auparavant totalement fermées aux aéronefs civils, celles-ci sont aujourd'hui gérées en concertation au sein de cellules mixtes civilo-militaires. Les deux parties faisant part régulièrement de leurs besoins respectifs et s'accordant sur les horaires et périodes d'activation de ces zones. Mais, dans un ciel de plus en plus encombré, il est de plus en plus difficile de concilier les impératifs de chacun.
Les zones contrôlées destinées à la protection des trajectoires de vol aux instruments (essentiellement l'aviation commerciale) ne cessent de prendre de l'ampleur et de devenir de plus en plus contraignantes, imposant entre autres l'obligation de contact radio ainsi que l'emport de transpondeur (équipement relativement coûteux permettant la visualisation par le contrôleur aérien de l'aéronef sur son écran radar).
Les zones non contrôlées tendent à disparaître au profit des zones contrôlées. Bien moins contraignantes que ces dernières (pas d'obligation de contact radio, pas d'obligation d'emport de transpondeur, liberté quasi totale de trajectoire, etc.), elles sont très appréciées par les pratiquants de l'aviation de loisir : aéroclubs, ULM, vol libre, planeurs, etc. Les aéronefs évoluant dans ces zones appliquent la règle « voir et éviter » de façon autonome. Des CCRAGALS, comités consultatifs représentant l'aviation générale et l'aviation légère et sportive, sont consultés avant chaque campagne de modification d'espace (deux fois par an, juste avant les CRG). Il existe sept CCRAGALS, soit un dans chacune des DSAC (direction de la sécurité de l'aviation civile).
L'espace aérien européen est en train de se mettre en place. Ainsi, depuis déjà quelques années, des organismes de contrôles frontaliers peuvent avoir des zones de responsabilités au-delà de leurs frontières. Eurocontrol gère déjà l'espace aérien supérieur (UIR) pour plusieurs pays, le Benelux, simultanément. Afin d'accroître la sécurité et la capacité (le "débit" des avions IFR), des blocs d'espace fonctionnels (FAB, functionnal airspace block), pourront être découpés de manière plus cohérente afin d'éviter un découpage selon les frontières nationales pas toujours opérationnellement pratiques pour les contrôleurs aériens. C'est, en substance, l'objectif du projet "MOSAIC" (http://www.project-mosaic.eu/), qui souhaite lutter contre le congestionnement de l'espace aérien.