Les enzymes sont classées en six principaux groupes, en fonction du type de réaction qu'elles catalysent :
Les enzymes sont généralement nommées en additionnant le suffixe -ase au nom de leur substrat, et elles sont classifiées par un système numérique standard. Leur numéro est attribué par l' « Enzyme Commission » (EC) voir classification EC.
Les mutations des gènes codant pour des enzymes sont à l'origine des maladies enzymatiques, qui sont pour la plupart des maladies métaboliques.