Dans les formes légères un traitement hormonal par contraception œstro-progestative suffit à stopper la progression des lésions, voire à faire disparaître les kystes.
Dans les formes plus étendues, une intervention chirurgicale d'ablation des kystes utérins peut être nécessaire. Elle peut être faite par laparoscopie ou de manière plus conventionnelle, par ouverture de l'abdomen. Après la chirurgie, il est impératif de suivre un traitement hormonal, afin de prévenir les récidives. La chirurgie s'avère malheureusement fréquemment vaine en raison du caractère récidivant de la maladie : un kyste enlevé risque fort de se reformer tôt ou tard, de même pour les lésions cautérisées lors de la cœlioscopie.Il semble toutefois que la chirurgie ait de meilleurs résultats quant à la fertilité. La chirurgie donnant les meilleurs résultats quant à la lutte contre la maladie est celle qui consiste en un "nettoyage complet" de l'ensemble des lésions de l'endométriose : ablation des kystes, cautérisation des lésions, ablation des zones d'adhérences et nodules (paroi intestinale, ligaments soutenant l'utérus etc). Si tout a été enlevé, la patiente peut espérer quelques mois voire quelques années de "tranquillité". Cette option est largement envisagée pour les femmes ayant un désir de procréation dans un futur très proche.
Néanmoins, ce qui pousse à envisager la chirurgie demeure en premier lieu l'intensité des douleurs ressentie par la patiente, sa qualité de vie.
On suppose que le fait de supprimer les règles (traitement hormonal) évite que des cellules d'endomètre ne se propagent à nouveau hors de l'utérus, et reforment une endométriose.
Il faut naturellement calmer les douleurs :
L'endométriose est une maladie avec une évolution spontanée variable : au départ limitée à l'utérus ou aux ovaires, elle peut s'étendre aux organes du petit bassin. Elle peut régresser, se stabiliser avec un traitement chirurgical ou hormonal.
Plus une endométriose est étendue, plus elle est sévère et difficile à soigner ; d'où l'importance d'un diagnostic à temps.