Le 15 octobre 1965, Ellis Island fut officiellement intégrée au monument national de la statue de la Liberté, gérée par le service des parcs nationaux américains. L'île se trouve du côté New Jersey de l'Hudson River. Durant la période coloniale, cependant, New York en avait pris possession, et le New Jersey l'avait accepté. Dans un accord entre les deux États américains, approuvé par le Congrès des États-Unis en 1834, le New Jersey acceptait que New York garde une juridiction exclusive sur l'île.
Par la suite, cependant, le gouvernement fédéral a artificiellement agrandi l'île pour pourvoir y installer le centre d'immigration qui ouvrira en 1892. L'agrandissement s'est poursuivi jusqu'en 1934. Neuf dixièmes de la superficie actuelle de l'île sont artificiels et n'existaient pas lors de l'accord de 1834.
Le New Jersey déclara que la nouvelle extension faisait partie de son État et porta l'affaire en justice, conduisant le maire de New York de l'époque, Rudolph Giuliani, à déclarer que son père, un immigrant italien qui était passé par Ellis Island, n'avait jamais voulu aller dans le New Jersey.
Ce conflit monta jusqu'à la Cour suprême des États-Unis, qui conclu en 1998 que le New Jersey a la juridiction sur toute la portion de l'île créée après l'entente de 1834. Cette décision amena plusieurs problèmes : quelques bâtiments, par exemple, tombaient sous la juridiction des deux États. Le New Jersey et État de New York décidèrent donc de partager l'île. Cependant Ellis Island reste la propriété du gouvernement fédéral et aucun remaniement légal n'a amené le contrôle physique d'une partie de l'île à un des deux États.