En dépit de la richesse des programmes évoqués, les scénarios-type de prévisions ne présentent pas des progrès décisifs, certains El Niño récents passant inaperçus des systèmes de prévision. Des questions sont également restées sans démonstration physique explicite. Le phénomène El Niño implique l'intervention de facteurs dynamiques puissants qu'il est nécessaire de considérer pour englober la plupart des observations qui lui sont associées.