Réalisation majeure de Crépet, l’église Saint-Pothin de Lyon présente un plan en croix latine. Précédée d’un portique hexastyle d’ordre dorique, la nef centrale aveugle, voûtée en plein-cintre et accostée de deux collatéraux conduit au carré du transept couronné d’une coupole. Les transepts ne nuisent aucunement à l’impression de basilique romaine qui se dégage des colonnades ioniques de la nef principale, le chœur terminé en cul de four occupant un espace d’autant plus réduit qu’y trônent les grandes-orgues. Le clocher et les sacristies se situent au-delà du chœur.
Les orgues Merklin dont la paroisse Saint-Pothin s’était dotées en 1876 ont été relevées par la manufacture Kern de Strasbourg en 2003.