Parmi les tableaux exposées dans l'église, la Crucifixion de Delacroix est celui qui attire le plus de visiteurs. Plusieurs vitraux se trouvent à l'intérieur. Le vitrail du chevet datant de 1854 a pour thème principal le Baptême du Christ.
Saint Henry implorant la Vierge pour les âmes du purgatoire, Jean Armelin (1687). Au départ prévu pour la chapelle des Âmes du Purgatoire de Saint-Jean, il a été restauré à la fin du XXe siècle.
L'Annonciation et La Mort de la Vierge, André Boisson (1678). Ces tableaux avaient été commandés pour la chapelle de la Cour des comptes de l'ancien palais. Dans la même série de Boisson, deux œuvres sont aujourd'hui à la Madeleine, tandis que deux autres sont perdus.
La Théologie, Michel-François Dandré-Bardon (entre 1744 et 1749). Il s'agit de l'œuvre la plus récente de Saint-Jean-de-Malte. On a longtemps cru devoir l'attribuer à Carle van Loo.
La Résurrection du Christ, Louis Finson (1610). Ce tableau est la plus ancienne œuvre de Finson répertoriée en Provence. Il se trouve dans l'église Saint-Jean-de-Malte depuis le Consulat.
Le Christ apparaissant à sainte Madeleine au jardin, Le Miracle de saint Blaise et Notre-Dame de Bon-Repos, Gilles Garcin (1690). Tous trois commandés par le prieur Viany.
Descente de croix, André Gaudion (1612). Ce tableau proviendrait d'un couvent franciscain d'Aix.
Saint Bruno au pied de la Vierge, Reynaud Levieux (1663), peint à l'origine pour le maître-autel de la chartreuse d'Aix.
Descente de croix, Guillaume Martin dit Adam (1611). Cette œuvre a été acquise par Joseph-Félix Alphéran, futur prieur de Saint-Jean, qui en a fait don à l'église.
Vierge du Carmel, Nicolas Mignard, dit Mignard d'Avignon (s. d.). Tableau venant de l'église des Grands-Carmes ; il est transféré à l'église du Saint-Esprit à la Révolution, puis à Saint-Jean.
Le Christ en croix entre la Vierge et saint Jean, Le Jugement de Salomon et La Femme adultère, Nicolas Pinson (1673). Ces tableaux étaient initialement installés dans la grande chambre du Parlement de l'ancien palais des comtes de Provence.
L'Apothéose de saint Augustin, Michel Serre (s. d.). Ancien tableau de l'église des Augustins.
Notre-Dame de Lorette (anonyme). Tableau offert par Mme Bourguignon de Fabregoules.
Orgue
Orgue de l'église Saint-Jean-de-Malte.
Au fil des siècles, plusieurs orgues se sont succédé dans l'église Saint-Jean-de-Malte. Au XVIIe siècle, un premier orgue, situé dans le chœur, est détruit en raison des intempéries. Un deuxième orgue doit donc être installé pour le remplacer. C'est ainsi que, en 1670, le prieur Viany commande un nouvel instrument à un facteur originaire de Namur et domicilié à Marseille, Charles Rouyère. On le dispose au fond, en un endroit où l'on peut encore en voir les traces de fixation. Il est disposé dans un ensemble qui inclue une statue en pied de saint Jean-Baptiste et un buffet réalisé par Alphonse Dumas. On n'en trouve plus la trace après la Révolution, suite à ce qui ressemble probablement à une destruction.
En 1843, un nouvel orgue vient donc remplacer les deux précédents. Les facteurs en sont Daublaine et Callinet. Il a toutefois été transformé en 1896 par Joseph Merklin, qui avait racheté la maison Daublaine et Callinet qui se trouvait en faillite. D'autres travaux l'ont amélioré en 1929. Mais l'usure du temps finit par avoir raison de ce troisième orgue au début des années 2000 et un nouvel instrument est commandé à la maison Kern. C'est cet orgue qui trône aujourd'hui dans l'église.