L'écureuil se construit plusieurs nids avec des branchettes et des brindilles, de forme ronde et un diamètre externe de 50 cm, et dont l'intérieur est tapissé de mousse et d'herbe. L'entrée du nid est positionnée vers le bas. Ils protègent l'animal, en particulier lors du repos hivernal : Sciurus vulgaris ne fait pas d'hibernation complète, il visite ses cachettes pour y prendre sa nourriture, en cas de mauvais temps, il peut tenir plusieurs jours sans sortir. Il occupe volontiers les nichoirs qu'on lui offre, s'il y a de la nourriture à proximité. Il peut alors devenir assez familier.
Sciurus vulgaris cherche sa nourriture d'abord à la cime des arbres, surtout en début et en fin de journée: noix, noisettes, graines des arbres, bourgeons, écorces, insectes, œufs et jeunes oiseaux encore au nid, mais il peut aussi descendre s'installer sur une souche d'arbre pour y ouvrir plus aisément les graines récoltées. Parfois on le surprend même à explorer garages et greniers ! N'ayant pas de garde-manger dans son nid, l'écureuil aménage des caches sans logique apparente, soit au sol, souvent près du pied des arbres, soit dans les arbres, par exemple à la fourche de branches. On a récemment découvert qu'il consomme aussi d'importantes quantités de champignons souterrains (du type Truffe du cerf); jusqu'à 80% du contenu de ses crottes étaient des spores de ces champignons dont la fructification se fait sous le sol. Il est possible qu'on puisse ainsi expliquer la bonne germination des glands ou noisette qu'il enterre et oublie, ces espèces vivant en symbiose avec de tels champignons. L'écureuil, en oubliant certaines de ses caches de nourriture pourrait ainsi contribuer, non seulement à la plantation de nombreux arbres, et à leur bonne mycorhisation mais aussi à la dispersion des truffes.
Sciurus vulgaris a depuis la fin de la dernière glaciation recolonisé presque toute l'Europe, du cercle polaire à la Méditerranée ainsi que l'Asie du Nord et l'est de l'Oural en passant par la Chine et la Corée et l'île d'Hokkaido (Japon).
S'il est encore relativement présent en Europe centrale, il est en fort recul, voir a localement presque disparu en Angleterre et dans de nombreuses régions d'Europe, soit en raison de la dégradation de son habitat, soit des suites du braconnage, ou plus récemment suite à la concurrence alimentaire avec l'écureuil gris introduit d'Amérique du Nord. La même évolution se profile en Italie. Et on peut s'attendre à ce que les Alpes soient franchies prochainement.
Son habitude à faire son nid dans les toits d'habitation cause un fort recul de l'espèce dans les régions peuplées : les bruits incessants qu'il produit la nuit poussent les humains à le chasser pour trouver le sommeil.
La maturité sexuelle est obtenue à 10 - 12 mois (parfois 6 mois pour les mâles nés au printemps). Les copulations ont lieu de décembre à juillet, mais surtout de janvier à mars. En général, une seule portée par an (de mars à mai). La gestation dure de 36 à 42 jours. On compte 1 à 2 portées annuelles de 3 petits. Les femelles sont réceptives pendant 1 seul jour. Elle possède 8 tétines. Les jeunes sortent du nid à 7 semaines. Ils sont sevrés à 7 à 10 semaines et indépendants à 10 à 16 semaines. Seule la femelle s’ en occupe : elle les transporte ailleurs en cas de dérangement.
La maturité sexuelle est atteinte à un an, à la fin de l'hiver, le mâle se met en chasse et entre dans le territoire des femelles qui une fois fécondées, le bannissent du nid. Elles portent pendant 38 jours de deux à sept petits (minimum à maximum). Ils naissent dans le nid aveugles et dépourvus de poils qui apparaissent au bout de deux semaines, vers 9 semaines, leurs yeux s'ouvrent et les incisives sortent. C'est l'âge auquel ils commencent à quitter le nid, mais la mère reste vigilante et les prend dans sa gueule pour les mettre en sécurité au premier danger. Lors des premières sorties, divers signaux sonores permettent de garder le contact, ce qui n'empêche pas 80% des jeunes de mourir avant un an.