Les bryozoaires étaient jusqu’alors constitués des ectoproctes et des entoproctes, sur la base de critères morphologiques et de mode de vie semblables. Certains chercheurs incluaient également les cycliophores, dont on pense qu'ils sont étroitement liés aux entoproctes. Toutefois, des études plus récentes ont révélé que les ectoproctes sont cœlomate (cavité interne) et que leurs embryons subissent un clivage radial, tandis que les entoproctes sont acœlomate, leurs embryons subissant un clivage en spirale. Ces études de phylogénie moléculaire ne lèvent pas l’ambiguïté de la position exacte des entoproctes, mais permettent de les distinguer nettement des ectoproctes.
Pour ces raisons, les entoproctes (Entoprocta, du grec entós « dedans » et prōktós « derrière ») sont maintenant considérés comme un embranchement à part entière. La suppression de 150 espèces à laissé le terme bryozoaire synonyme de ectoprocte. Certains auteurs ont adopté ce nom pour désigner l'embranchement, alors que la majorité d'entre eux continuent d'utiliser l'ancien terme. D’où le flottement qui perdure à propos du bryozoaire.