Même avec un jeu développé dans l'urgence entre les mains, Atari anticipe d'énormes ventes du fait de la popularité du film et de l'explosion de l'industrie du jeu vidéo en 1982. Au moment où le jeu est terminé, il reste si peu de temps pour fabriquer les cartouches qu'Atari ne fait pas de tests sur le public. Emanual Gerard, alors chef officier d'opération à la Warner, suggère plus tard que la compagnie a été induite en erreur par une sensation de sécurité due au succès de ses précédents titres, comme le portage sur Atari 2600 de Pac-Man, qui s'est jusque-là extrêmement bien vendu (7 millions d'unités sur 12 millions produites) en dépit d'une mauvaise réception critique.
De plus, Atari espère que le jeu se vendra bien tout simplement parce que, au mois d'octobre précédent, ils demandent encore à leurs détaillants de commander au moins un an à l'avance. À cette époque, Atari domine le marché du software et du hardware et est donc par moments incapable d'honorer toutes ses commandes. Les détaillants ont de ce fait commandé plus que ce qu'ils s'attendent à recevoir et à vendre étant donné l'attente. C'est quand de nouveaux outsiders arrivent sur le marché qu'Atari reçoit de manière inattendue un grand nombre d'annulations de commande.
Les ventes du jeu démarrent fort mais s'effondrent tout aussi rapidement et on le retrouvera rapidement soldé. Au final, E.T. the Extra-Terrestrial se vendra quand même plutôt bien, le jeu se classe même comme la huitième meilleure vente d'Atari. Mais, ayant trop anticipé un énorme succès, seules 1,5 million de cartouches sur les 4 millions produites sont vendues. Pourtant, si Atari a fabriqué un nombre de cartouches de leur adaptation de Pac-Man supérieur au parc de consoles Atari 2600 de l'époque, ce n'est pas le cas pour ce jeu. Ils ont néanmoins mal évalué le potentiel commercial de leur produit.
Les nombreux retours augmentent la quantité d'invendus et, ceci ajouté au prix d'achat de la licence, E.T. the Extra-Terrestrial est un échec commercial retentissant pour Atari. Les pertes engrangées par ce jeu s'ajoutent à d'autres ce qui amène Atari à déclarer une perte de 536 millions de dollars en 1983. La sanction est immédiate : la compagnie est divisée et vendue en 1984.
Si la critique a bien accueilli le film E.T., son adaptation a quant à elle été assez universellement descendue par celle-ci, ce qui fait du jeu un candidat naturel au titre de jeu vidéo le plus mauvais de tous les temps. Le journaliste Seanbaby, pour le 150e numéro d'Electronic Gaming Monthly lui attribue d'ailleurs ce titre dans une liste des 20 plus mauvais jeux vidéo de l'histoire. Il n'est pas le seul puisque Michael Dolan, rédacteur chez FHM, lui octroie aussi cette place. PC World le place également premier dans une liste analogue dont le rédacteur Emru Townsend déclare : « Environ un tiers des personnes que j'ai interrogé m'ont donné ce titre quasi-instantanément, et ce n'est pas difficile de savoir pourquoi. ».
Townsend discute du jeu dans un groupe et découvre que tous critiquent « les fossés dans lesquels le joueur tombe et dont il doit, pour en sortir, léviter lentement », ce qui « amène le jeu à devenir terriblement monotone ». Seanbaby critique aussi ce système de fossés, considérant ces derniers comme chronophages et trop difficiles à quitter sans retomber dedans. Les graphismes du jeu sont également évalués comme très inférieurs à ceux des autres jeux de l'époque. Néanmoins, parmi les communautés de joueurs sur Atari 2600, d'autres titres qu'E.T. sont souvent choisis comme plus mauvais jeu de la console mais force est de constater que peu sont ceux qui apprécient encore d'y jouer.
Le concepteur du jeu, Howard Scott Warshaw n'éprouve à ce sujet aucun regret et estime qu'il a créé un bon jeu.
« Le fait est qu'E.T. était un challenge technique et cela me fait me sentir relativement bien. J'ai créé ce jeu du début à la fin en cinq semaines. Personne d'autre ne s'est approché de ce genre de rendu sur VCS. Ça aurait bien sûr pu être un meilleur jeu, mais ce n'est pas si mal pour un jeu développé en cinq semaines.
Cela dit, je me rends bien compte que les consommateurs n'accordent pas (et ne doivent pas accorder) d'importance au temps de développement d'un jeu. La seule chose dont ils doivent se soucier, c'est de l'expérience de jeu. Mon sentiment est qu'E.T. est un jeu complet et correct. Certains l'aiment. Ce n'est certainement pas le plus mauvais jeu vidéo ou le moins bien fini, mais j'apprécie que le jeu ait cette distinction d'être considéré comme le plus mauvais jeu vidéo. Ainsi, entre E.T. et Yar's, j'effectue un plus grand écart que n'importe qui sur la machine. »
— Howard Scott Warshaw