Le joueur manœuvre E.T. à travers différents écrans à la recherche des trois pièces de l'émetteur. Les pièces sont réparties aléatoirement autour de la zone d'atterrissage d'E.T. dans des fossés appelés « puits ». Le joueur peut également collecter jusqu'à neuf Reese's Pieces, des bonbons au goût de beurre de cacahuète emblématiques dans le film, ici utilisés entre autres comme objets de soin. Une fois neuf Reese's Pieces collectés, l'option Call Elliot est déclenchable. Celle-ci permet à E.T. d'appeler son ami Elliot pour qu'il lui donne l'une des pièces recherchées ou d'obtenir des points supplémentaires si l'émetteur est déjà reconstitué. Une fois les trois pièces réunies, E.T. réussit à envoyer son message et doit alors, dans un temps limité, rejoindre la zone d'atterrissage du vaisseau mère matérialisée par une icône spéciale en haut de l'écran lorsqu'E.T. s'y trouve. Une fois atteinte, E.T. repart vers les étoiles et le score est calculé, les Reese's Pieces conservés l'augmentant d'un bonus de points. Le jeu recommence alors, au même niveau de difficulté, mais en conservant le score du joueur.
La zone de jeu pouvant être parcourue par E.T. est composée de six écrans principaux. Le premier écran correspond à la forêt où E.T. a été déposé. Quatre autres écrans sont parsemés de puits de taille variable. C'est en faisant tomber E.T. dans ces puits que le joueur peut les explorer pour trouver des pièces de l'émetteur ou des vies supplémentaires. Pour sortir d'un puits, le joueur doit faire léviter l'extra-terrestre.
Le joueur doit éviter de croiser certains ennemis : un scientifique voulant le capturer et un agent du FBI qui lui confisque les objets récoltés s'il l'attrape. Chaque zone permet au joueur d'accomplir un type d'action indiqué par une icône en haut de l'écran de jeu. Ainsi, il peut par endroit détecter les objets, se téléporter vers une autre zone ou renvoyer les ennemis à leur point de départ.
À chaque action ou déplacement d'E.T., son total de points de vie diminue. Au début, ce total est de 9999 points de vie. Avancer, tomber dans un trou ou effectuer une action fait perdre un point de vie. Ces derniers peuvent être régénérés en mangeant des Reese's Pieces. Quand la barre des points de vie de E.T. atteint zéro, il perd une vie. Son ami Elliot fait alors une apparition et le régénère en utilisant une vie.
Par ailleurs, le jeu offre plusieurs niveaux de difficulté qui affectent le nombre et la vitesse des humains présents ou les conditions requises pour terminer le jeu.
Outre les critiques négatives d'une ampleur rare, E.T. the Extra-Terrestrial obtient une aura supplémentaire à la suite d'un événement particulier.
En septembre 1983, le Alamogordo Daily News, journal local de la ville d'Alamogordo au Nouveau-Mexique, rapporte dans une série d'articles qu'entre dix et vingt semi-remorques, chargés de cartons Atari, comprenant des cartouches et des systèmes provenant d'une réserve d'Atari à El Paso, ont été déchargés et leur contenu enterré dans un terrain de décharge au sein de la ville. Cette opération se déroule de nuit et se veut discrète. Les officiels d'Atari font différentes déclarations concernant le contenu du déchargement, mais il a été largement déduit que la majorité des millions de copies invendues d'E.T. ont elles aussi échoué dans cette décharge et ont été coulées dans du ciment.
L'histoire des cartouches enterrées devient peu à peu une légende urbaine, ce qui amène certains à croire que cette histoire est fausse. En octobre 2004, Warshaw lui-même exprime ses doutes quant à la destruction des millions de copies d'E.T. pensant pour sa part qu'Atari a dû recycler les cartouches pour limiter les pertes financières.
Finalement, le jeu devient l'un des symboles de cet événement qui, lui-même, deviendra emblématique du krach du jeu vidéo de 1983. Plus tard, on retrouve également, une manifestation de cette aura en 2007 au travers du deuxième épisode de la série de dessin animé Code Monkeys qui a pour toile de fond la production et l'échec du jeu. La genèse du jeu et l'épisode des cartouches enterrées est utilisée comme base de scénario pour le clip When I Wake up du groupe Wintergreen, réalisé par Keith Schofield.