L’accaparement d’une telle surface urbaine fut peu appréciée des habitants de Rome, et Suétone rapporte cette plaisanterie qui circula à Rome :
« Rome deviendra sa maison. Citoyens, émigrez à Véies,
Si cette maudite maison n’englobe pas jusqu’à Véies »
Othon, un des successeurs de Néron, fit voter par le Sénat en 69 un crédit de 50 millions de sesterces pour terminer les travaux de la Domus aurea).
Mais après 69, l'espace occupé fut rendu au public romain et progressivement réaménagé : Vespasien créa dans la partie est un vaste jardin public, le forum de la Paix ; la partie adossée au Cælius fut ensevelie sous des remblais lors de l’édification des thermes de Titus et de Trajan, sur le plateau du Cælius ; à l’emplacement du lac, Vespasien bâtit un amphithéâtre, qui prit le nom de Colisée (Colosseum), inspiré par la statue colossale de Néron, conservée comme statue d’Hélios et transportée sous Hadrien à proximité de l’amphithéâtre ; à l’emplacement du vestibule de la Domus aurea, Hadrien fit construire le vaste temple de Vénus et de Rome.
Ainsi remblayée, la Domus aurea disparaissait aux yeux des Romains, mais se trouva involontairement protégée.
La construction de la Domus transitoria et de la Domus aurea voit l'introduction dans le monde romain d’innovations architecturales et artistiques remarquables :
Les bâtiments de la Domus aurea atteignaient un gigantisme inégalé et extraordinaire : les fouilles du XXe siècle réalisées sur les pentes de l’Oppius ont permis de dégager un ensemble monumental de 240 m de long (longueur d’origine estimée à 370 m), construit en briques et en béton, comportant près de 200 pièces (environ 150 ont été dégagées). Les voûtes intérieures atteignaient 10 m de hauteur. Curieusement, aucune installation nécessaire à l’habitation (cuisines, latrines) n’a été repérée, ce qui laisse supposer que cette partie du palais adossée à la colline était plus un décor ou un vaste espace de représentation, qu’une résidence impériale permanente.
À la fin du XVe siècle, un jeune Romain tomba dans un trou sur les pentes de l’Oppius et se retrouva dans une sorte de grotte couverte de peintures surprenantes. D’autres jeunes artistes explorèrent à leur tour ces salles étonnantes. Les fresques ainsi découvertes inspirèrent un nouveau style de décoration plein de fantaisie, que l’on baptisa « grotesques ». Les célèbres artistes Domenico Ghirlandaio, Raphaël et Michel-Ange descendus à leur tour eurent la révélation de ce qu’était l’art antique oublié. On pense que Raphaël en tira une partie de son inspiration pour la décoration des fameuses Loges du Vatican.
D’autres visiteurs célèbres y laissèrent leur signature, comme le marquis de Sade, Giacomo Casanova et le peintre Filippino Lippi. Ces visites firent malheureusement pénétrer l’humidité dans les salles jusque là protégées, et provoquèrent un lent processus de dégradation des fresques.