Une fois la thèse soutenue, le but est qu’elle soit lue par le plus grand nombre, à la fois pour la promotion de son auteur et pour participer aux développements et aux réflexions scientifiques du domaine de la thèse. Le moyen pour arriver à ce but est la publication.
Dans de nombreux pays, la thèse en tant qu’ouvrage est soumise à une obligation d'enregistrement ou d'archivage. En France ou au Québec par exemple, la thèse est soumise au dépôt légal. Au Royaume-Uni et en Irlande, c'est la British Library qui conserve les mémoires de thèses depuis 1716, mais cet archivage est coutumier.
En France, dans le cas du dépôt d'une version papier, le doctorant est obligé de déposer sa thèse auprès de son université mais également auprès de l’Atelier National de Reproduction des Thèses (ANRT). L’ANRT publie certaines thèses. En contrepartie l’auteur cède une partie de ses droits d’auteur. En cas de dépôt d'une version électronique, le service de documentation de l'établissement concerné en assure la diffusion avec les méta-données nécessaires.
Il peut arriver que tout ou partie du contenu d'une thèse soit soumis au secret défense. Dans ce cas particulier, les dispositions relatives au secret-défense en vigueur dans le pays de soutenance sont appliquées à la thèse. Ces dispositions consistent le plus souvent en une occultation du contenu soumis au secret, mais peuvent parfois prendre la forme de non publication intégrale. Dans ce cas, le dépôt légal prend la forme d'une indexation sans que le contenu du mémoire ne soit accessible.
Certaines thèses donnent lieu à une édition chez un éditeur. Dans ce cas l’ouvrage publié ne correspond jamais à la version canonique de la thèse mais à une version allégée et réécrite afin d’être accessible à un plus large public que le seul public des chercheurs. Très peu de thèses sont publiées ainsi.
Le développement des Archives Ouvertes englobe la diffusion électronique des thèses. La thèse est un élément important de la communication scientifique ouverte, libre et directe. Plusieurs programmes de diffusion électronique des thèses ont vu le jour. Le précurseur au niveau international est The Networked Digital Library of Theses and Dissertations (NDLTD), programme de diffusion électronique des thèses en langue anglaise. Au niveau francophone, le premier projet est le projet intitulé Cyberthèses à ses débuts en 1998, devenus Cyberdocs en 2002. Ce projet regroupe les universités de Lyon 2, Montréal, Bamako et plus tard Santiago du Chili. Au niveau français, l’université Lyon 2 est la première université à avoir mis en place un circuit institutionnel de diffusion de ses thèses électronique, et à diffuser l’intégralité de ses thèses en format XML, pérenne et intéropérable, pour les thèses soutenues depuis 98, et en format PDF pour les anciennes thèses. Elle encadre donc la diffusion de la thèse et garantit son intégrité. Quelques autres universités utilisent Cyberdocs pour diffuser leur thèses. Il existe un portail francophone qui référence toutes les thèses diffusées en respectant le protocole OAI-Pmh(Open Archives Initiative Protocol for Metadata Harvesting) . L’autre acteur principal de la diffusion électronique des thèses en France est le Centre pour la Communication Scientifique Directe, qui met en ligne le site TEL (Thèses-en-Ligne) , qui fonctionne sur le principe des archives ouvertes et où les docteurs peuvent déposer la thèse qu’ils viennent de soutenir, le plus souvent en format PDF, sans contrôle ni procédure institutionnelle. Cependant certaines institutions ou laboratoires de recherche ont mis en place en amont au niveau local un circuit de gestion des thèses de leur doctorant dans TEL. L’agence bibliographique de l'enseignement supérieur, ABES, qui dépend de l’enseignement supérieur et de la recherche, est en train de tester un dispositif national de dépôt électronique des thèses, STAR mais ne propose pas de site de diffusion. Pour la diffusion en ligne dans les projets cités ci-dessus, l’auteur reste en général titulaire de l’intégralité de ses droits d’auteur et sa thèse est protégée par un accord contractuel soit par un copyright, soit par un système de droits tels que les Creative Commons.