Leur capacité dérisoire, inférieure à trois mebioctets (2,88 Mio) dans sa version la plus raffinée, aggravé par une fiabilité douteuse ne leur permettaient pas de faire face à de nouveaux concurrents : mémoires de masse flash et disques durs USB de poche, les CD-R et CD-RW, ainsi que la démocratisation de l'accès Internet haut débit (ADSL, câble, fibre optique ou satellite). Le support des CD bootables (pour installer ou réparer un ordinateur) par les carte-mères et le support des clefs USB pour flasher le BIOS permit de rendre facultative leur possession.
Elles ont commencé à disparaître en 1998 avec l'avènement du iMac d'Apple qui fut le premier ordinateur personnel sans lecteur de disquette, et rapidement suivi par les ordinateurs portables, limités en place.
Elles sont encore trouvables à la vente, ce qui rend possible la réparation de vieux ordinateurs, et des lecteurs de disquettes USB sont disponibles pour récupérer le contenu d'anciennes disquettes.
Le 23 avril 2010, Sony, leader de la vente, annonce l'arrêt de commercialisation du support au Japon en mars 2011, ce qui permet au format de passer le cap des trente ans d'existence. Les autres grands manufacturiers ayant déjà abandonné la fabrication, l'arrêt de commercialisation par Sony des disquettes 3,5 pouces peut être considéré comme la fin de l'histoire des disquettes, qui aura duré presque 50 ans.
De même que le pictogramme téléphonique reste invariablement à l'image d'un téléphone de la seconde moitié du XXe siècle, il faut noter que dans les interfaces graphiques, le pictogramme symbolisant la sauvegarde de données reste une disquette, par défaut d'un symbole plus générique. Cela alors que les utilisateurs les plus jeunes n'en auront jamais fait usage voire même jamais vu en réalité.
On distingue différents formats :
La capacité de stockage a progressivement augmenté pour atteindre 1,47 Mo (1,41 Mio) pour les dernières générations de disquettes (et le double pour un format propre à IBM). Sur Commodore Amiga, il était même possible de formater ces mêmes disquettes 3" 1/2 en FFS (Fast File System) pour atteindre une taille de 880 Kio et même 1,76 Mio pour les double densité. Au-delà, il existe les disques Iomega Zip, Jaz et MO (magnéto-optiques). Syquest a également produit des disquettes grandes capacité similaire au Zip 100 au milieu des années 1990, dont l’avantage était d’avoir les mêmes dimensions que les disquettes 3" ½ de 1,44 Mio, de sorte qu’un lecteur LS-120 pouvait lire ces nouvelles haute capacité mais également les plus anciennes (alors que les disques ZIP d’épaisseur double étaient incompatibles avec les anciennes disquettes), toutefois ce format fut un échec commercial.
Le périphérique de lecture et d’écriture associé se nomme lecteur de disquettes.
Le succès de la disquette est dû à son faible coût et à son transport facile. Ses inconvénients majeurs sont sa fragilité et sa faible capacité de stockage. L’apparition de nouveaux supports de sauvegarde qui combinent ces avantages sans les inconvénients fait que les disquettes (1,51 Mo) ne sont plus utilisées vers 2005 : pour la distribution de produits commerciaux (logiciels, encyclopédies), le CD-ROM et le DVD-ROM sont moins coûteux qu’une disquette, plus fiables et transportent une quantité d’information 488 fois plus grande pour le CD et 5 630 fois plus grande pour le DVD 8,5 Go. Sans parler de la fastidieuse installation de certains logiciels qui nécessitait d'insérer de nombreuses disquettes (une version de MS Office 97 avait été commercialisée, qui comportait 45 disquettes 3" ½ !). Pour le stockage de données personnelles, les clés USB permettent de stocker plus, mieux, moins cher, plus vite et de surcroît dans un parfait silence. Cependant, les disquettes restent pratiques car universelles pour le transfert de petits fichiers ou livrées comme supports de pilotes avec certains périphériques, notamment des cartes d’extension. Néanmoins, au fil du temps, de moins en moins de machines disposent de lecteur de disquettes. Depuis la fin des années 2000, certaines cartes mères ne proposent plus de contrôleur ni de connecteur interne pour y brancher un lecteur de disquettes, de sorte que le seul moyen de lire des disquettes sur ces machines est de brancher un lecteur externe sur un port USB.