La diarrhée est une quantité de selles émises dans un volume plus important que la normale, (> 300g/j) et avec une plus grande fréquence (>3 selles / jour).
Les selles sont généralement liquides, mais parfois simplement molles, accompagnées de glaires ou de sang et d'un cortège de symptômes variables dépendant de la cause de la diarrhée. Il est même possible dans certains cas que ce ne soit que de l'eau ou un liquide transparent. Dans les cas extrêmes, plus de 20 litres de fluide peuvent être perdus par jour. Les diarrhées sont la seconde cause de mortalité infantile dans les pays du tiers monde (après les pneumonies), et sont responsables de 18% des morts d'enfants de moins de 5 ans.
C'est au niveau du côlon que les selles sont asséchées. Les phénomènes de réabsorption de l'eau contenue dans les matières ingérées se produisent au niveau des cellules coliques par un phénomène de transport actif de sel et, par osmose, d'eau. Au niveau des cryptes des invaginations de l'épithélium colique, une sécrétion d'eau allant du sang vers le milieu extérieur a lieu. Ces deux phénomènes se compensent chez la personne en bonne santé et permet de maintenir une hydratation convenable des selles, ce qui favorise le transit intestinal et améliore les conditions de circulation des molécules.
La toxine du choléra, en augmentant la concentration intracellulaire en AMP cyclique, provoque l'ouverture d'un canal chlorure apical CFTR, dont les mutations sont par ailleurs responsables de la mucoviscidose. Ce canal étant la voie limitante de sécrétion de chlorure de sodium, et donc d'eau, il s'ensuit une perte d'eau importante vers les selles.
Outre le risque lié à l'affection ayant provoqué la diarrhée, la diarrhée elle-même peut provoquer une déshydratation. Cette déshydratation peut être mortelle, surtout chez le nourrisson où une perte de poids supérieure à 10% est une urgence hospitalière.
Il s'agit d'un vrai problème de santé publique, surtout dans les pays du tiers-monde où les maladies diarrhéiques sont responsables de près d'1,5 million de décès annuels d'enfants de moins de cinq ans en 2006.
Le dérèglement climatique risque d'augmenter ce risque et d'accroître les coûts liés aux traitements de maladies la diarrhée dans les pays tempérés qui se réchauffent et surtout dans les pays en développement. Une revue critique sur l'évaluation des coûts de l’adaptation aux impacts sanitaires du changement climatique a été publiée début 2009.
C'est aussi un mode de dissémination des virus et microbes en cause très agressif. Une hygiène drastique est requise : éviter tout contact avec les matières fécales, et éviter tout contact de celles-ci avec de la terre, et surtout avec l'eau courante.