On ne peut totalement se protéger des effets des cyclones tropicaux. Cependant, en zone à risque, un aménagement adapté et prudent du territoire peut permettre de limiter les dégâts humains et matériels dus aux vents, aux précipitations et aux inondations. Une architecture offrant moins de prise au vent, l'absence de construction en zones humides, des réseaux électriques enterrés et isolés de l'eau, le maintien ou la restauration de zones humides tampon, et de mangroves et forêts littorales, la préparation des populations, des antennes et éoliennes qu'on peut « coucher » le temps de la tempête, etc. peuvent y contribuer. En 2008, la FAO a par exemple estimé que si la mangrove du delta de l'Irrawaddy (Birmanie), existant avant 1975 (plus de 100 000 hectares), avait été conservée, les conséquences du cyclone Nargis auraient été au moins deux fois moindres.
En raison du coût économique considérable provoqué par les cyclones tropicaux, l’homme cherche par tous les moyens à en prévenir l’apparition. Dans les années 1960 et 1970, sous l’égide du gouvernement américain, dans le cadre du projet « Stormfury », on a tenté de procéder à l’ensemencement des tempêtes tropicales avec de l’iodure d'argent. Grâce à une structure cristalline proche de celle de la glace, l'iodure joue le rôle d'agent de nucléation des gouttelettes d'eau qui transformeront la vapeur d'eau en pluie. Le refroidissement créé, pensait-on, pourrait provoquer l’effondrement de l’œil du cyclone et réduire les vents violents. Le projet a été abandonné après qu’on se soit rendu compte que l’œil se reforme naturellement dans les cyclones de forte intensité et que l’ensemencement a des effets trop réduits pour être réellement efficace. De plus, des études subséquentes ont montré que l'ensemencement avait peu de chances d'augmenter la quantité de pluie car la quantité de gouttelettes en surfusion dans une système tropical est trop bas comparativement à des orages violents des latitudes moyennes.
D’autres approches ont été envisagées comme le remorquage d’icebergs dans les zones tropicales pour refroidir l’eau en deçà du point critique, de déverser dans les eaux océaniques des substances qui empêchent l’évaporation ou même de pomper des eaux plus froides venant du fond. Le « projet Cirrus » envisageait de jeter de la glace sèche sur le cyclone et certains ont même suggéré de faire exploser des bombes atomiques dans les cyclones.
Toutes ces approches souffrent d’un défaut majeur : un cyclone tropical est un phénomène thermique trop massif pour être contenu par des techniques physico-chimiques. En effet, il s'étend sur plusieurs centaines de kilomètres de diamètre et la chaleur libérée à toutes les 20 minutes correspond à l'explosion d'une bombe nucléaire de 10 mégatonnes pour un ouragan moyen. L'arsenal nucléaire mondial représentait en 1999 seulement 20 % de l'énergie libérée durant la vie moyenne d'un tel système. Même la surface parcourue par un œil moyen de 30 km de diamètre couvre des dizaines de milliers de kilomètres carrés en 24 heures et de modifier la température de la mer le long de celle-ci serait déjà un projet colossal en plus de nécessiter une connaissance parfaite de sa trajectoire.