21 février 1990 : le train d'atterrissage du premier Saab 340 de Crossair, immatriculé HB-AHA, a été rentré par erreur alors que l'avion était sur le tarmac de l'aéroport de Zurich-Kloten et servait pour la formation des pilotes. Aucun blessé n'est à déplorer, mais vu l'importance des dégâts, l'appareil a dû être ferraillé. Ironie du sort : le commandant de bord responsable de cette cession d'entraînement trouvera la mort aux commandes du vol LX-3597 lors de l'accident de Bassersdorf (voir ci-dessous).
10 janvier 2000 : Le vol LX-498 Zurich-Dresde, assuré par le Saab 340B HB-AKK, était opéré par Crossair pour le compte de Moldavian Airlines. À 6h05, après son décollage de l'aéroport de Zurich et avoir normalement pris de l'altitude, l'avion a brusquement plongé en virant à droite, pour s'écraser à quelques centaines de mètres d'habitations du village zurichois de Niederhasli. Aucun des 7 passagers et 3 membres d'équipage n'a survécu. Il semblerait que la principale cause du drame serait la barrière linguistique entre le commandant de nationalité moldave et son copilote slovaque (à noter que l'hôtesse était, elle, française).
24 novembre 2001 : à l'approche l'aéroport de Zurich, l'Avro RJ-100 HB-IXM effectuant le vol LX-3597 Berlin Tegel - Zurich, s'écrase sur le territoire de la commune de Bassersdorf dans le canton de Zurich. Cet accident, dû à la mauvaise visibilité, à causé la mort de 21 passagers dont la chanteuse Melanie Thornton et 3 membres d'équipage, alors que 7 passagers et 2 membres d'équipage sont sérieusement blessés.