La plupart des maladies qui affectent le cortex ne sont pas spécifiques de cet organe. C'est le cas de l'anencéphalie, l'hydrocéphalie, la macrocéphalie et des nombreuses autres malformations de l'encéphale ; d'autres pathologies telles que les tumeurs sont encore plus générale. Toutefois, une classe de maladies est vraiment spécifique du cortex, il s'agit de celles qui affectent le bon déroulement de la gyration, c'est-à-dire la formation des circonvolutions cérébrales au cours de l'embryogénèse. On en compte plusieurs (lissencéphalie, polymicrogyrie, pachygyrie), c'est-à-dire soit un déficit de gyration conduisant à un cortex insuffisamment plissé et donc trop petit, soit à l'inverse une gyration excessive conduisant à des sillons petits et nombreux ou grands mais peu nombreux.
Les épilepsies sont des maladies du cortex variées dans leurs symptômes, mais ayant une seule origine : une activation explosive du cortex cérébral : selon la zone du cortex perturbé, les résultats en seront très différents, depuis l'attaque convulsive connue sous le nom de grand mal jusqu'à des hallucinations, des mouvements involontaires brutaux ou des absences temporaires de conscience. Cette maladie a une composante génétique, mais elle peut aussi résulter d'une infection ou d'un traumatisme. S'il n'existe aucun moyen de stopper une crise en cours, des traitement médicamentaux ou chirurgicaux peuvent prévenir la survenue de nouvelles attaques.
Les causes peuvent être multiples :
Le siège des lésions et leur étendue détermineront l'importance et le type de troubles neurologiques.
Cette maladie d'abord caractérisée par ses symptômes (une diminution précoce des capacités cognitives du sujet), correspond à une dégénérescence du cortex cérébral. Le tissu nerveux se parsème progressivement de plaques amyloïdes, agrégats formés d'une protéine provenant des membranes cellulaires et incomplètement dégradée, provoquant l'invalidité par compression des neurones environnant. Sa prévalence a une composante génétique, mais des facteurs environnementaux peuvent influer sur son apparition et son évolution.