Le traitement fait appel essentiellement à des antibiotiques (macrolides) dans les 3 premières semaines d'évolution. Ils permettent d'éliminer la présence de la bactérie dans les secrétions et de réduire ainsi rapidement la contagiosité.
En France l'éviction scolaire qui était de trente jours à compter du début de la phase clinique, fut ramenée à 5 jours après le début des antibiotiques en novembre 2006.
Administré tôt, au début de la phase catarrhale, le traitement permet parfois d'écourter la maladie, voire d'éviter la phase des quintes et de limiter la transmission à l'entourage, diminuant ainsi le réservoir. Cela impose de débuter l'antibiotique dès la suspicion de la maladie, sans attendre la confirmation des analyses de laboratoire.
Il est également recommandé de donner un traitement antibiotique préventif chez les personnes à risque par de l'érythromycine. Il en est de même pour toutes les personnes de l'entourage proche du malade quel que soit leur âge ou leur état d'immunisation.
L’hospitalisation est justifiée pour les enfants de moins de 6 mois lorsque la coqueluche s’avère grave. Elle permet de mettre en place une surveillance cardio-respiratoire et un nursing adapté pendant la phase aiguë.
Les autres thérapeutiques (fluidifiants, salbutamol, corticoïdes...) restent discutées au cours de la coqueluche ou sont inutiles. Les gammaglobulines standards ne doivent pas être prescrites.
La kinésithérapie respiratoire est contre-indiquée de façon formelle car elle favorise les quintes de toux et n'apporte aucun bénéfice sur une toux d'origine centrale.
D’autres mesures peuvent être prises pour aider à surmonter la maladie :
Exemple d’un traitement type :
Le traitement doit durer 15 jours.
D’autres causes d’une toux rebelle peuvent être (en fonction du terrain) :
Dans les années 2000, la coqueluche est l'une des maladies pour lesquelles il existe un vaccin les plus difficiles à éliminer. Elle peut de plus être particulièrement grave pour le nourrisson non vacciné, auquel la mère ne transmet pas ses anticorps.
C'est pour cela que l'on recommande aux jeunes parents d'être vaccinés, pour ne pas contaminer leurs enfants qui seront vaccinés à partir de 2 mois. Le rapport bénéfice/risque a été évalué, il est en faveur de la vaccination.
La vaccination anti-coqueluche a été développée aux Etats-unis dans les années 1940. En France le premier vaccin coquelucheux a été introduit en 1959 (Vaxicoq) et la vaccination s'est généralisée à partir de 1966 grâce à l'association aux autres vaccins de la diphtérie, du tétanos et de la poliomyélite (DTCP et Tetracoq ); en 1995 le vaccin anticoquelucheux était combiné avec le composant haemophilus influenzae (Pentacoq).[L'association de la vaccination coquelucheuse non-obligatoire à des vaccinations obligatoires n'est pas sans incidences juridiques.] Le maintien d'une bonne couverture vaccinale a permis de réduire de façon spectaculaire la morbidité et la mortalité coquelucheuse.
Il existe deux principaux types de vaccins :
Ces deux types de vaccins sont tous deux largement utilisés dans les pays occidentaux. Le deuxième vaccin présente moins d’effets secondaires que le premier mais il confère une moins bonne immunité. Certains pays utilisent donc le vaccin à germes entiers pour la primo-vaccination et le vaccin acellulaire pour les doses de rappel dans les tranches d’âge supérieures. D’autres, comme l’Allemagne et la Suède, utilisent le vaccin acellulaire aussi bien pour la primo-vaccination que pour les rappels.
Ces vaccins sont administrés en trois injections à 2, 3 et 4 mois. Cependant, étant donné l’immaturité du système immunitaire des nourrissons, ils ne confèrent une immunité correcte que vers 4 à 6 mois. Cette population de nourrissons trop jeunes pour être complètement vaccinés pose de graves problèmes. Ils sont contaminés 3 à 5 fois sur 10 par leur entourage familial, d’où des recherches pour un nouveau vaccin. Des rappels sont ensuite recommandés à 18 mois et d’autres à quatre ans.
En France, un vaccin tétravalent contenant une dose de vaccin anti-coquelucheux acellulaire est destiné aux adolescents et adultes pour les rappels. En effet, suite à la recrudescence de la Coqueluche, un rappel tardif à 11-13 ans est conseillé depuis 1998. De même, depuis 2004, ce rappel est également recommandé aux jeunes parents, aux personnes à risque et au personnel de santé en contact avec des nouveau-nés.