En France, les conseils de l'Ordre des Médecins sont des organismes professionnels, administratifs et juridictionnels de défense et de régulation de la profession médicale.
Après la Révolution française qui a fait disparaître les corporations, il fallait trouver un remède au charlatanisme et proposition fut faite d'instaurer un ordre professionnel des médecins, habilité à décider qui avait le droit d'exercer ou non. De multiples projets de création d'un Ordre des Médecins furent discutés dans les années 1920-1930 , sans jamais toutefois aboutir faute de majorité au Parlement. Ainsi, après la proposition de loi déposée par le ministre Barthou et restée sans lendemain, l'écrivain Paul Bourget envisagea « la reconnaissance d'un Ordre des médecins ».
C'est donc sous Vichy, par la loi du 7 octobre 1940 - sous la signature de Serge Huard, Secrétaire général à la Famille et à la santé - qu'est crée l'Ordre des Médecins comprenant le Conseil supérieur de la médecine et les Conseils départementaux. Elle est complétée par la loi du 26 mai 1941 portant sur l'exercice illégal de l’art médical et de l’art dentaire et par celle du 26 novembre 1941 qui règle les élections à l’Ordre des médecins.
En octobre 1940, le Dr Huard, secrétaire d'État à la Famille et à la santé de 1940 à 1942, convoque René Leriche, chirurgien de renommée internationale, père de la chirurgie vasculaire et aussi un peu de la prise en charge de la douleur, qui avait refusé précédemment le poste de ministre de la Santé puis celui de l'Éducation nationale. Le Pr. Leriche décline une fois de plus l'offre, mais Huard insiste, « Les Allemands exigent que dans 48 heures nous leur ayons donné le nom d'un médecin responsable pour tous devant eux. S'ils ne l'ont pas, ils feront rentrer les médecins français dans la discipline de la médecine allemande et comme ils ont besoin de médecins civils, ils en déporteront en Allemagne quelques milliers, Vous ne pouvez refuser et il me faut une réponse ce soir ». Dans ses mémoires très édulcorés (Souvenirs de ma vie morte), Leriche raconte : « La question étant ainsi posée je ne pouvais plus me dérober… Pas un médecin ne fut déporté en réponse aux exigences immédiates des autorités allemandes » : cette menace allemande est elle réelle ? « On peut en douter » pense Bénédicte Vergez, citée par Henri Nahum. Cette période est marquée à l'égard des médecins israélites par des mesures d'exclusion dictées par le Commissariat général aux questions juives imposant au Conseil supérieur de l’ordre des médecins la charge d'appliquer les décrets discriminatoires (11 août 1941). Xavier Vallat qui dirige ce service écrira en décembre 1941 « nous notons que l'Ordre des médecins ne met aucun empressement à faire appliquer cette loi » concernant nos confrères « interdits d'exercer une profession libérale ». Il semble que ce soit plus par surcharge de travail, que par franche conviction que cela ne fut pas fait : au moins jusqu’en 1943 le secrétariat du Conseil Supérieur rappellera aux conseils départementaux la nécessité d’adresser les listes de médecins israélites et étrangers. La résistance à l'occupant se manifesta lorsque les autorités d'occupation demandant à s'en tenir à des visites de pure forme pour les examens d'embauche au STO (Service du travail obligatoire), Leriche, répondit : « Au contraire, ces examens doivent être sérieux, complets et ne s'inspirant que de notre conscience », ce qui ralentissait considérablement les éventuels départs en Allemagne. Leriche démissionnera le 28 décembre 1942, refusant de faire partie du nouveau Conseil, étant en désaccord avec les projets du nouveau ministre, le Pr. Louis Portes lui succédera à la tête de l’Ordre, avec moins d’empressement à « servir ».
Les membres des conseils seront nommés par le ministre jusqu'à la loi no 794 du 10 septembre 1942 qui instaure les élections ordinales. Le 2 avril 1943, c'est l'arrêt Bouguen par lequel le Conseil d'État énonce que : « le législateur a entendu faire de l'organisation et du contrôle de l'exercice de la profession médicale, un service public » et que « si le conseil supérieur de l'Ordre des médecins ne constitue pas un établissement public, il concourt au fonctionnement dudit service ». L'Ordre est concerné par la loi du 14 avril 1943 portant sur la relève des personnels médicaux auprès des prisonniers. En juillet 1943, le Conseil supérieur de la médecine devient le Conseil national de l’ordre des médecins qui produira sa dernière circulaire le 2 juin 1944 en instaurant une carte d'identité professionnelle. Sous Vichy l'Ordre des médecins, de sa propre initiative parfois, sous pression de l'Occupant ou du Commissariat général aux questions juives d'autres fois, relayait les consignes gouvernementales. C'est ainsi que, suite à la deuxième loi portant sur le statut des juifs (2 juin 1941 - décret 11 août 1941) il a imposé un Numerus clausus pour l'exercice de la médecine par les médecins juifs, les listes ainsi constituées ayant pu ultérieurement être utilisées par les services de police pour des arrestations.
Pris dans l'étau de Vichy, n'a jamais protesté contre les lois d'exclusion des médecins de confession israélite (2-4). Le 18 octobre 1943, une ordonnance du Comité français de la Libération nationale à Alger, annule les dispositions de « l'autorité de fait » de Vichy, contraires à la législation républicaine, tout en maintenant le principe d’un Ordre des médecins. Durant l’été 1944, un avis du commandement des troupes d'occupation allemandes prévoyait que « tout blessé par arme à feu devait être signalé à la police allemande et que quiconque ne fera pas cette déclaration s'exposera aux peines les plus sévères, le cas échéant à la peine de mort » et dans les premiers jours de juillet 1944, la Kommandantur de Paris publie un arrêté enjoignant aux médecins français de signaler immédiatement aux autorités allemandes tout blessé civil, sous peine d'être fusillés. C'est dans ces conditions que le 8 juillet 1944, le Pr. Portes, président du Conseil national de l'Ordre des médecins, répondait en pleine insurrection parisienne un mois après le débarquement par la motion suivante, rédigée avec le docteur B. Lafay : « Le Président du Conseil de l'Ordre des Médecins se permet personnellement de rappeler à ses confrères qu'appelés auprès de malades ou de blessés ils n'ont d'autre mission à remplir que leur donner leurs soins, le respect du secret professionnel étant la condition nécessaire de la confiance que les malades portent à leur médecin, il n'est aucune considération administrative qui puisse nous en dégager ». Cette déclaration fut adressée aussitôt par télégramme le 8 juillet 1944 à tous les médecins français.
L'Ordre sera dissout le 27 août 1944 par une ordonnance du gouvernement provisoire de la République établi à Alger (qui, le 18 octobre 1943, avait déjà annulé les dispositions de « l’autorité de fait » tout en maintenant le principe de l’Ordre). Le 12 octobre 1944, une seconde ordonnance crée un Ordre provisoire qui ne se réunira qu’une seule fois en février 1945, sous l’égide du Pr. Louis Pasteur Vallery-Radot et sous la présidence du Pr. Coutela.
Dans sa forme actuelle, l'Ordre fut institué le 24 septembre 1945 par l'ordonnance no 45-2184 « relative à l'exercice et à l'organisation des professions de médecin, de chirurgien-dentiste et de sage-femme ». Dans un exposé des motifs, l'ordonnance rappelle que les textes successifs mis en place par l'autorité de Vichy « sont contraires à la légalité républicaine et ne peuvent être maintenus ».
Désormais composé de médecins élus -dans les instances départementales, régionales disciplinaires et nationales- l'Ordre est chargé de veiller « au maintien des principes de moralité, de probité et de dévouement indispensables à l'exercice de la médecine » Par la même occasion, la section dentaire de l'Ordre des médecins gagne son autonomie et devient ainsi l'Ordre des chirurgiens-dentistes [de France et d'Algérie].
Complétée par le décret du 26 octobre 1948 qui en fixe les procédures (décret modifié légèrement en 1956, 1977 et 1993) cette ordonnance de 1945 a fourni un cadre législatif inaltéré pendant plus de cinquante ans. Une décision du Conseil d'État du 13 janvier 1961 précise le statut les ordres professionnels (laissé en suspens par celui du 2 avril 1943) qui deviennent des organismes privés chargés d’une mission de service public. La loi du 13 juillet 1972 d'abord, puis celle du 25 juillet 1985 portant sur diverses mesures d'ordre social n'apportèrent que des modifications mineures.
La loi n°2002-303 du 4 mars 2002 relative aux droits des malades et à la qualité du système de santé a modifié considérablement les dispositions relatives aux ordres compétents à l'égard des professions médicales. Concernant l'Ordre des médecins elle établit désormais une distinction complète entre les instances juridictionnelles et les organes de représentation de la profession, tant au niveau régional que national.
Articulées autour du code de déontologie médicale publié la première fois le 28 juin 1947, les missions actuelles de l'Ordre des médecins sont multiples, et il est veillé à ce qu'elles s'adaptent aux évolutions techniques, scientifiques et sociétales d'un monde perpétuellement en mouvement.