Les congrès internationaux de botanique ont été des moments forts pour l’organisation de la recherche scientifique. Ils permirent notamment l’adoption des règles de nomenclature.
Le Congrès international d’horticulture, dirigé par François de Cannart d'Hamale (1804-1888), réunit également des botanistes comme Adolphe Brongniart (1801-1876), Antoine Laurent Apollinaire Fée (1789-1874) ou Eduard August von Regel (1815-1892). La maladie qui frappe la pomme de terre fait notamment l’objet de sessions.
Un congrès international de botanique et d’horticulture se déroule en association avec l’exposition universelle d’horticulture d’avril 1865. La direction des débats est confiée à Cornelius Anton Jan Abraham Oudemans (1825-1906), président, Nicolas Willem Pieter Rauwenhoff (1826-1909), secrétaire. Trois cents personnes se pressent dans la Salle des tableaux du palais de l’industrie. Parmi elles, le révérend Miles Joseph Berkeley (1803-1889) et Maxwell Tylden Masters (1833-1907) délégués de la Société royale d'horticulture. Parmi les communications, il faut signaler celle de Henri Lecoq (1802-1871) sur les relations entre Gymnosporangium fuscum et Juniperus sabina, Aecidium cancellatum et Crataegus. Un participant évoquant alors les travaux de Heinrich Anton de Bary (1831-1888) au sujet de l’hétéroecism chez Aecidium cancellatum, le président résume ceci, un même germe d’organisme peut donner lieu à des formes différentes suivant le milieu sur lequel il se développe, et clôt la discussion en faisant remarquer que les lois qui dominent dans le règne animal ne sont pas sous tous les rapports comparables à celle du règne végétal. Parmi les autres communications, Charles Lemaire (1801-1871) parle des relations entre l’anatomie de la fleur et sa pollinisation, Robert Caspary (1818-1887) sur les formes obtenues par le greffage, Eduard August von Regel (1815-1892) sur la valeur de l’espèce largement basée sur le livre de Charles Darwin (1809-1882), l’Origin of Species, récemment publié, Ferdinand Julius Cohn (1828-1898) sur la culture des algues marines, Giovanni Passerini (1816-1893) sur l’émission de gaz carbonique par les racines des plantes et la décomposition du même gaz par les parties vertes, Justus Carl Hasskarl (1811-1894) sur les Commelinaceae, le général Georg Albano von Jacobi (1805-1874) sur les espèces d’Agave, le président du congrès Cornelius Anton Jan Abraham Oudemans sur les sécrétions des fougères. Enfin, un débat a lieu sur le rôle des jardins botaniques.
Un International Horticultural Exhibition and Botanical Congress se tient à Londres du 22 au 31 mai 1866 sous le patronage de la reine d’Angleterre. Le congrès commence par un banquet présidé par Alphonse Pyrame de Candolle (1806-1893) et compte 141 participants venant d’Europe et 2 venant d’Amérique. Dans son toast d’ouverture, de Candolle vante l’importance de l’horticulture pour la botanique, l’importance de la botanique pour l’horticulture et l’intérêt du rapprochement des deux sujets. Parmi les botanistes qui présentent des communications, il faut citer Robert Caspary (1818-1887) sur l’influence de la température sur l’orientation de la croissance des branches, John Eliot Howard (1807-1883) sur les espèces du genre Cinchona, Henri Lecoq (1802-1871) sur les migrations des plantes de montagnes, Heinrich Gottlieb Ludwig Reichenbach (1793-1879) sur les orchidées, Karl Koch (1809-1879) qui notant la confusion régnant la dénomination des espèces, notamment en raison de la profusion des spécimens qui reçoivent des appellations fantaisistes de la part des horticulteurs, propose un système de nomenclature.
Le constat établit par Karl Koch conduit à l’adoption des règles de nomenclature dite « de Candolle » lors du congrès qui se tient à Paris du 16 au 23 août dans la salle de congrès de la Société centrale d’horticulture de France en parallèle avec l’Exposition universelle. Son président est Alphonse de Candolle (1806-1893) et son secrétaire Eugène Pierre Fournier (1834-1884).
Les lois de nomenclature botanique sont d’abord esquissées par de Candolle puis soumises à un groupe de travail comprenant Barthélemy Charles Joseph Du Mortier (1797-1878), Hugh d’Algernon Weddell (1819-1877), Ernest Staint-Charles Cosson (1819-1889), Jules Émile Planchon (1823-1888), August Wilhelm Eichler (1839-1887), Édouard Bureau (1830-1918) et de Candolle. Le texte final est présenté lors de la clôture du congrès. Le président a alors ses mots : « Nous avons eu la satisfaction de nous trouver d’accord sur la grande majorité des articles, et, ce qui est plus important, sur les principes fondamentaux, notamment sur la loi de priorité qui est la base la plus solide de toute la nomenclature ». Le code est alors voté article par article, certains subissant une ultime modification.
Parmi les communications présentées alors, il faut citer celle de Ludwig Adolph Timotheus Radlkofer (1829-1927) sur la fleur des Sapindaceae, Marie Auguste Rivière (1821-1877) sur la fertilisation des orchidées, Jules Poisson (1833-1919) sur la conservation des collections botaniques, August Wilhelm Eichler (1839-1887) sur la structure des fleurs mâles chez les Balanophoreae.
C’est un congrès de botanique et d’horticulture qui se tient à Saint-Pétersbourg du 18 au 22 mai 1869. Comme d’autres congrès, il est organisé en marge d’une importante manifestation d’horticulture. 22 communications seront publiées, mais certaines d’elles n’ont pas été effectivement présentées durant le congrès.
Environ 300 personnes participent, du 15 au 22 mai, à ce congrès, dirigé par Filippo Parlatore (1816-1877). Quatre sessions sont organisées sous la direction de Joseph Dalton Hooker (1817-1911), Alphonse de Candolle (1806-1893), Alexander von Bunge (1803-1890) et Ludwig Adolph Timotheus Radlkofer (1829-1927). Les actes du congrès paraissent deux ans plus tard.
Le Congrès international de botanistes, d’horticulteurs, de négociants et de fabricants du règne végétal se tient du 13 au 17 avril à Amsterdam. Sous les auspices du roi des Pays-Bas, il est inauguré sous la direction du prince Henri, dans le grand hall de réception de la Société de zoologie néerlandaise. C’est Nicolas Willem Pieter Rauwenhoff (1826-1909), président du comité d’organisation puis élu président du congrès, qui prononce le discours d’ouverture. Les vice-présidents sont Paul Friedrich August Ascherson (1834-1913) de Berlin, Heinrich Anton de Bary (1831-1888) de Strasbourg, Ludwig Adolph Timotheus Radlkofer (1829-1927) de Munich, Heinrich Gottlieb Ludwig Reichenbach (1793-1879) de Hambourg, Julius von Wiesner (1838-1916) de Vienne, Heinrich Moritz Willkomm (1821-1895) de Prague, Charles Jacques Édouard Morren (1833-1886) de Liège, Johannes Eugenius Bülow Warming (1841-1924) de Copenhague, Édouard Bureau (1830-1918) et Henri Ernest Baillon (1827-1895) de Paris, Jules Émile Planchon (1823-1888) de Montpellier, Maxwell Tylden Masters (1833-1907) de Londres, Alexander Theodorowicz Batalin (1847-1896) de Saint-Pétersbourg, Johann Fischer von Waldheim (1771-1853) de Varsovie et Theodor Magnus Fries (1832-1913) d’Uppsala. Le secrétariat est tenu par Hendricus Franciscus Jonkman.
Le congrès rassemble 500 personnes, principalement des néerlandais. Parmi les communications, il faut citer Radlkofer (1829-1927) sur les Sapindaceae d’Asie, Engler (1844-1930) sur l’importance des caractères anatomiques pour la taxinomie des Araceae, Fischer von Waldheim (1771-1853) et de Bary (1831-1888) sur la taxinomie des Ustilagineae, Warming (1841-1924) sur la morphologie des ovules de Cycadophyta, Ascherson (1834-1913) sur les phanérogames marines et Kliment Arkadyevich Timiriazev (1843-1920) sur la chlorophylle.
Ce Congrès international de botanique et d’horticulture se tient de 16 au 24 août dans le cadre de l’Exposition universelle qui se déroule au Palais du Trocadéro. Bien que les participants soient principalement des Français, tous les continents sont représentés. C’est à nouveau Alphonse de Candolle (1806-1893) qui le préside. Les réunions ont à nouveau lieu au siège de la Société centrale d’horticulture de France, rue de Grenelle. Quatre sessions sont organisées sous la présidence successive d’Andrej Nikolaevich Beketow (1825-1902), d’Heinrich Moritz Willkomm (1821-1895), de Theodor Heinrich Hermann von Heldreich (1822-1902) et de Marc Micheli (1844-1902).
Parmi les nombreuses communications, il faut citer celle de Giovanni Arcangeli (1840-1921) sur la structure des fleurs femelles des gymnospermes, de Pierre Marie Alexis Millardet (1838-1902) sur les pins hybrides, de Bernard Renault (1836-1904) sur l’anatomie des Cordaites, de Célestin Alfred Cogniaux (1841-1916) sur la répartition des cucurbitacées, de Simon Sirodot (1825-1903) sur le genre Batrachospermum, de Melchior Treub (1851-1910) sur l’embryogénèse des orchidées. Un banquet est offert aux participants étrangers dans les locaux de la Société d’horticulture. Le congrès se termine sur une réception vespérale au château de Versailles.
Ce Congrès de botanique et d’horticulture se déroule du 23 au 26 juillet sous la présidence du président de la Société royale botanique de Belgique, Jean Jacques Kickx (1842-1887). Il regroupe surtout des belges et une centaine d’étrangers parmi lesquels les Allemands Ferdinand Julius Cohn (1828-1898), Heinrich Anton de Bary (1831-1888), August Wilhelm Eichler (1839-1887), Heinrich Gustav Adolf Engler (1844-1930), Johannes Ludwig Emil Robert von Hanstein (1822-1880), Julius von Sachs (1832-1897), Hermann Wendland (1825-1903) et Ludwig Wittmack (1839-1929) ; les Britanniques Joseph Dalton Hooker (1817-1911) et Maxwell Tylden Masters (1833-1907) ; le Polonais Josef Thomasz Rostafínsky (1850-1928) ; les Français Henri Ernest Baillon (1827-1895), Ernest Staint-Charles Cosson (1819-1889) et Jules Émile Planchon (1823-1888) ; le Néerlandais Melchior Treub (1851-1910) ; le Portugais Julio Augusto Henriques (1838-1928) ; les Russes Johann Fischer von Waldheim (1771-1853), Eduard August von Regel (1815-1892) et Michael Stepanovich Woronin (1838-1903), le Suisse Alphonse de Candolle (1806-1893) et le Vénézuélien Adolfo Ernst (1832-1899).
La question du phylloxera est l’objet de deux sessions à elle seule. Parmi les autres communications, il faut citer celle d’Édouard-Christophe Pynaert (1835-1900) sur l’influence de la lumière sur la coloration des feuilles ou celle de Matthias Dominkus Hubert Maria Debey (1817-1884) sur des feuilles fossiles provenant de la région d’Aix-la-Chapelle.
Ce Congrès international qui se tient en Italie du 4 au 11 septembre est parfois considéré comme le premier vrai congrès international moderne. Il est a lieu dans le cadre des festivités du quatre centième anniversaire de la découverte de l’Amérique et est organisé par la Société botanique d'Italie. C’est à l’occasion de ce congrès que Sir Thomas Hanbury (1832-1907) offre à la ville de Gênes l’Institut botanique Hanbury.
L’organisation est supervisée par Alberto Giulio Ottone Penzig (1856-1929) et inaugurée par Giovanni Arcangeli (1840-1921), président de la Société italienne. Chacune des cinq sessions composant le Congrès est confiée à un étranger : Eduard Adolf Strasburger (1844-1912), George S. Vasey (1822-1893), Harry Marshall Ward (1854-1906), J. Borodine et Edmond Bonnet (1848-1922).
L’une des tâches de ce congrès est la révision du Code de Candolle après vingt-cinq ans d’application. D’autant que la publication du Revisio Genera Plantarum, où Carl Ernst Otto Kuntze (1843-1907) appliquant strictement la règle de priorité change le nom de près de 1 074 genres et d’environ 30 000 espèces, soulève de nombreuses critiques. Ainsi une lettre de de Candolle (1806-1893) est lue en séance plénière où le botaniste genevois explique qu’environ deux tiers des changements de nom réalisés par Kuntze sont abusifs. De Candolle cite également des botanistes de Berlin qui proposent que la date de départ pour la classification soit fixée à 1753, contrairement au choix initial du code. Ces questions soulèvent une vive polémique et un important courriers. Aussi, un comité de travail de trente botanistes est formé pour élaborer une nouvelle version du code de nomenclature. Ce n’est que treize ans plus tard, lors du Congrès international de Vienne, qu’il présentera ses travaux.