Les eaux côtières habritent souvent naturellement des palourdes, de moules, de pétoncles et d'huîtres propres à la consommation humaine; la pêche de ces mollusques sauvages ou ceux de culture peut etre pourtant interdite à l'intérieur de vastes secteurs de la côte pour cause d'une contamination par les eaux usées ou des concentrations nocives d'algues toxique, de toxines et d'agents pathogènes, d'origine naturelle ou humaine.
Les coquillages et leurs habitats sont d'excellents indicateurs de l'état de santé bactériologique de l'environnement marin. Les coliformes fécaux indiquent par exemple la présence dans l'eau de matières fécales et d'organismes qui peuvent être pathogènes. La sévérité des normes se justifie car, étant donné que les mollusques bivalves se nourrissent par filtration, ils concentrent dans leur chair des bactéries, des virus et des toxines qui peuvent etre mortelles pour l'homme.
Ifremer joue un rôle essentiel dans la surveillance des maladies affectant les élevages (surveillance zoosanitaire REPAMO ainsi que dans la surveillance de la qualité des eaux d'élevage (surveillance sanitaire des réseaux de l' Environnement.
Cette surveillance permet de prévenir l'extension des maladies ou la dégradation du milieu d'élevage. Un réseau de suivi des tendances géographiques et chronologiques de la survie, de la croissance et de la qualité des huîtres creuses accompagne cette surveillance (REMORA).
Mais pour aller au-delà de cette prévention et trouver des solutions aux perturbations des élevages ou valoriser les produits d'aquaculture, Ifremer a engagé différents programmes de recherche auxquels sont associés des partenaires scientifiques et professionnels.