Cergy-Pontoise est desservie par l'autoroute A 15 la reliant à Paris. La Francilienne permet de rejoindre rapidement l'aéroport Roissy-Charles-de-Gaulle et l'A 16 vers Amiens, Calais et Londres.
Cergy-Pontoise est relié au reste de l'agglomération par deux lignes de RER (
Le
En cas de rupture d'interconnexion à Nanterre-Préfecture, les trains de la ligne A sont origine et terminus, la gare Saint-Lazare.
La ligne du Réseau Saint-Lazare traverse Cergy-Pontoise en desservant les gares de :
Le
D'autre part, la ligne dessert en direction de Creil, la gare d'Épluches.
L'agglomération est irriguée par les 18 lignes de bus de la STIVO.
Le 21 mars 2009, le système de vélos en libre-service VélO2 (O2 pour dioxygène) est lancé sur l'agglomération, par l'entreprise JC Decaux.
Ce jour-là, 360 vélos ont été mis en service dans 37 stations (41 à terme) situées à moins de 500 mètres les unes des autres et installées dans 7 des 12 communes de l'agglomération de Cergy-Pontoise (23 stations à Cergy, 6 à Éragny, 5 à Vauréal, 3 à Pontoise, 2 à Saint-Ouen-l'Aumône, 1 à Neuville-sur-Oise et 1 à Courdimanche. À terme, Jouy-le-Moutier pourrait intégrer le dispositif malgré sa topographie difficile.
Les vélos, à 3 vitesses, d'un poids de 22 kg, sont munis d'un éclairage permanent, d'un panier et d'un antivol, leur coût de fabrication unitaire s'élevant à 1 000 euros.
L'agglomération manque d'un réseau de pistes cyclables, séparées nettement des voies de circulation utilisées par les véhicules à moteur, ce qui sécuriserait ce moyen de transport.
Cergy-Pontoise dispose d'un aéroport d'aviation commerciale et d'affaires accueillant des lignes internationales (aéroport de Pontoise - Cormeilles-en-Vexin) ainsi que d'un port multimodal à Saint-Ouen-l'Aumône.
Le tissu économique de Cergy-Pontoise est majoritairement orienté vers le tertiaire et l'industrie. Quelques chiffres : 90 000 emplois, 1 440 000 m² de bureaux, 1 320 000 m² d'ateliers et d'entrepôts, 260 000 m² de commerces et 52% des Cergy-Pontains travaillent dans l'agglomération.
Plus de 3 700 entreprises sont implantées dans l'agglomération. On compte de grandes entreprises françaises : Sagem, Renault, Thales, Thomson, Clarins, Peugeot, Spie, CIC, Valeo, Louis Vuitton, Sisley, Caisse d'épargne, Groupama, Bic, Brandt, Saint-Gobain mais aussi de nombreux sièges d'importantes sociétés étrangères : ABB, 3M, Goodrich, Huawei Technologies, Johnson Controls, BP-France, ACNielsen, Yamaha France, Nintendo, Bandai, Hyundai, Mitsubishi Motors, Nike, Imation, SC Johnson...
De nombreuses entreprise de logistique sont également présentes : GEFCO, Calberson, Géodis, DHL, UPS, Chronopost International, Mory Team, Wincanton...
Cergy-Pontoise accueille aussi de nombreuses PME couvrant des domaines allant de la chimie à l'électromécanique en passant par l'informatique et les télécommunications, dont certaines ont une renommée internationale tel La Cornue, fabricant de fourneaux et cuisinières d'exception, les Papiers Jean Rouget ou encore Société Online (édition de sites internet).
Cergy-Pontoise s'inscrit dans 4 pôles de compétitivité franciliens de dimension mondiale : System@tic Paris-Région, Mov’eo, Cap digital et Medicen.