La codéine est essentiellement utilisée dans le cadre du traitement de la douleur d'origine centrale (SNC), soit en monothérapie dans les pays qui l'autorisent, soit associée au paracétamol ou à l'aspirine. Il existe une forme pédiatrique délivrée uniquement sur ordonnance du fait de son dosage délicat chez l'enfant. Les sels employés dans un cadre antalgique sont ceux de la codéine phosphate (anhydride, CAS : 52-28-8, ou hémihydrate, CAS : 41444-62-6). Sur ordonnance, sa prescription peut atteindre 180 mg de codéine phosphate par jour, soit 135 mg de codéine base, mais peut monter jusqu'à 300 mg de codéine phosphate par jour pour certaines préparations et sous surveillance médical accrue notamment en raison du seuil de toxicité du paracétamol qui lui est associé. En automédication, les préparations n'ont pas vocation à dépasser 150 mg de codéine phosphate par jour, cependant une forme prévoit de monter jusqu'à 250 mg si nécessaire et de manière temporaire. La codéine n'est pas employée dans un cadre analgésique mais antalgique. Si les doses de morphinique doivent être élevées, la morphine, délivrée sur ordonnance sécurisée, lui est préférée car elle ne présente pas à forte dose les effets secondaires désagréables de la codéine et qu'elle se montre aussi plus efficace. Si le paracétamol présent en association avec la codéine ne convient pas à l'usager (allergie, contre indication), la dihydrocodéine, possédant aussi moins d'effets secondaires, peut être prescrite par un médecin sur une ordonnance simple mais dans des mesures très strictes de délivrance.
Elle entre également dans la pharmacopée des traitements antitussifs quand la toux est sèche (non grasse, non productive) ou d'irritation. Les formes en sirop des sels de codéine permettent une action rapide. La toux grasse ou d'expectoration ne doit pas être traitée par opiacé à moins de se montrer irritante ou épuisante et de se faire sous surveillance médicale. La codéthyline (ou éthylmorphine) aurait les mêmes propriétés à dose identique bien que son dosage soit le plus souvent moins important. Les formes de codéine employées comme antitussif sont plus variées que celles utilisées dans la douleur. On emploie la codéine base (absorption plus lente) ou différents sels (phosphate et camsilate). Le poids des sels peut engendrer une confusion quant à la quantité réelle de codéine qu'ils contiennent. Ainsi, 25 mg de codéine camsilate correspondent à près de 19,5 mg de codéine phosphate et 15 mg de codéine base. 10 mg de chlorhydrate de codéthyline correspondent à un peu plus de 8,4 mg de codéthyline base. Les doses classiques chez l'adulte sont de 10 à 30 mg de codéine exprimée en base par unité de prise à répéter 2 à 4 fois par jour, de préférence quand survient la toux et en respectant un espacement minimum de 4 à 6 heures entre chaque prise (soit 30 à 120 mg maximum de codéine base par jour, typiquement 15 mg deux à quatre fois par jour). Un traitement antitussif est de courte durée et réservé à l'apparition des symptômes. Suivant les associations contenues dans les médicaments, les doses préconisées et les modalités de délivrance sont strictement énoncées dans la notice et sur la boite. Les préparations fortes contenant de la codéine associée à un expectorant mucolytique comme le sulfogaïacol ne peuvent faire l'objet d'une délivrance en officine de plus d'une boite à la fois en l'absence d'ordonnance médicale. Ces préparations peuvent en effet entraîner une accumulation et une surinfection des mucus favorisés par le mucolytique qui ne sont plus naturellement expulsés de par l'inhibition du réflex de la toux par la codéine, notamment au cours du sommeil.
Un usage prolongé ou abusif entraîne respectivement une tolérance, une accoutumance, une assuétude, puis une pharmacodépendance caractérisée (psychique et physique).
Avant l'interdiction de la consommation de l'opium et autres opiacés aux États-Unis (1906), la communauté médicale utilisait ces derniers afin de traiter certains troubles anxieux. De nos jours, la gamme de produits permettant de lutter contre ces troubles étant plus étoffée, il est d'usage de ne pas recourir à la morphine et à la codéine pour soigner ces pathologies psychologiques parfois invalidantes (à prédominance névrotique et psychosomatique). Les propriétés anxiolytiques et sédatives des opiacées sont cependant prises en compte lors du traitement de la douleur des personnes alitées dans le cadre de la maitrise d'une situation inconfortable ou anxiogène pour le patient.
L'automédication, dont le cadre n'est parfois plus légal suivant les usages qui sont faits des produits codéinés, et la substitution quand elle est engagée, ne favorisent parfois plus que la molécule opiacée en lieu des traitements psychiatriques n'apportant pas de meilleur réponse sur les symptômes. Il n'est pas rare que la personne sous substitution ne demande ni ne nécessite plus certains de ses médicaments psychotropes ni ne décompense dans divers troubles qu'il pouvait être difficile de maîtriser, d'évaluer et de prévenir. Certaines formes diagnostiquées de maniaco-dépression comportant des épisodes d'angoisse ont montré des réponses sous substitution (Subutex) permettant l'arrêt total ou partiel des traitements psychiatriques initiaux (psycholeptiques, thymorégulateurs, avec cependant une difficulté à l'arrêt des benzodiazépines quand l'usage a été prolongé) sans réapparition de l'état pathologique au court du traitement prolongé en opiacés. De même, la réponse au traitement par opiacés est positive dans les troubles de l'hyperactivité, ceci est dû à son profil dopaminergique caractéristique des dopants et de certains stupéfiants.
C'est souvent un usage détourné de la codéine (utilisation d'anti-douleurs hors de leur contexte) ou d'autres opiacés qui permet au patient de constater des effets positifs sur sa pathologie psychiatrique ou neurologique et d'induire par lui-même, mais à son risque, sans légalité et sans avis médical, ses premiers traitements psychotropes en automédication détournée, puis en substitution quand la prise des opiacés cherche à être maîtrisée, régulière et avouée (méthadone et buprénorphine, les médecins peuvent avoir recours à d'autres substances, dont l'opium et la morphine, dans le cadre d'une substitution et d'une stabilisation). La frontière entre un soulagement de troubles psychiques ou psychosomatiques tenaces et une toxicomanie par codéine que l'on pense récréative n'est pas caractéristique. Ce qui peut sembler être un acte de toxicomanie n'est parfois qu'un remède ultime à des symptômes douloureux lourds, sourds et handicapants qui trouvent alors un soulagement que les autres médicaments n'apportent pas (ceux-ci présentent parfois de très importants effets secondaires ou sur les fonctions vitales mais ce n'est pas cela que soulage la codéine ou la méthadone dans ses vertus psychotropes). On ne peut donc estimer une toxicomanie morphinique sans en connaitre la profondeur des maux psychiques et somatiques. Auquel cas, la substitution peut tenir lieu de remède adjuvant spécifique et opportun, parfois principal, dans le soulagement global de la manifestation psychiatrique et de ses troubles associés qui justifiaient l'usage de codéine détournée par le patient.
Il n'existe cependant pas d'étude récente ni de cas de littérature clinique attesté sur l'impact de la codéine et des opiacés sur les troubles psychotiques et, en dehors de l'observation individuelle dans la toxicomanie ou la substitution où l'on constate l'arrêt spontané du besoin de certains traitements, la médecine ne saurait les recommander ni même les proscrire formellement. Il semble cependant, à l'instar du personnage fictif du Dr House ou même de Sherlock Holmes représentatifs de deux types de morphinomanie, que les opiacés peuvent présenter la faculté d'entretenir des manifestations borderlines chez les personnes prédisposées à type de manie, d'exaltation ou encore de désinhibition avec logorrhée ainsi que de conduite addictive caractéristique, comme cela s'observe de manière beaucoup plus spécifique avec la cocaïne et l'ensemble des psychotropes dopants (extasie, amphétamines...). Ainsi, les propriétés positives ou négatives sur les trouble de la personnalité, la névrose ou encore la psychose ne sont pas à sous-estimer dans un traitement fort par codéine ou dans un mésusage suspecté qui peut témoigner d'une pathologie non décelée ou d'une absence d'efficacité relative des traitements en cours.