Classification phylogénétique de l'homme
Un exemple détaillé permet d'avoir une idée de la différence de résultat avec l'approche traditionnelle. Étant nous-mêmes des humains prenons l'exemple de l'homme, voici donc une partie des nœuds successifs permettant de classer l'homme telle qu'apparaissant dans le livre Classification phylogénétique du vivant, de Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader. Certains intermédiaires ont été omis arbitrairement par les auteurs pour montrer un condensé de l'arbre, le nombre de taxons mis en évidence par la méthode étant de très loin supérieur. La description associée à chaque clade est peu rigoureuse et vise juste à fixer les idées :
- Espèce Homo sapiens
- Genre Homo : inclut les espèces fossiles comme Homo neanderthalensis ou Homo erectus
- Hominines : les genres Australopithecus et Homo
- Homininés : les deux espèces de chimpanzés et les hominines
- Hominidés : gorille et Homininés (famille Hominidae dans la classification classique)
- Hominoïdés : on ajoute l'orang-outan
- Hominoïdes : on ajoute les gibbons
- Catarrhiniens : les singes de l'ancien monde
- Simiiformes : singes
- Haplorrhiniens : singes et tarsiers
- Primates : la plus grande partie de l'ancien ordre Primates dans la classification classique
- Euarchontes : s'ajoutent les Scandentiens (toupayes) et Dermoptères
- Euarchontoglires : s'ajoutent les Glires (lapins et rongeurs)
- Boréoeuthériens : s'ajoutent les Laurasiathériens (insectivores, carnivores et ongulés)
- Euthériens : s'ajoutent les Xénarthres et les Afrothériens pour compléter les mammifères placentaires
- Thériens : s'ajoutent les marsupiaux
- Mammifères : l'ancienne classe du même nom, les précédents plus les monotrèmes (ornithorynques et échidnés)
- Amniotes : s'ajoutent les anciennes classes des reptiles et des oiseaux
- Tétrapodes : s'ajoutent en gros les amphibiens
- Sarcoptérygiens : s'ajoutent dipneustes puis cœlacanthes
- Ostéichthyens : s'ajoutent les actinoptérygiens (la majeure partie des « poissons osseux »)
- Gnathostomes : s'ajoutent les chondrichtyens (requins et raies)
- Vertébrés : puis les lamproies
- Crâniates : s'ajoutent les myxines
- Chordés : s'ajoutent amphioxus et ascidies
- Deutérostomiens : s'ajoutent les échinodermes (étoiles de mer, oursins…) et hémichordés
- Bilatériens : animaux symétriques : s'ajoutent aux précédents, entre autres, les protostomiens qui incluent, entre beaucoup d'autres, différents groupes de vers, les arthropodes (insectes), les mollusques (escargots)
- Eumétazoaires : animaux organisés, s'ajoutent aux précédents les cnidaires par exemple
- Métazoaires : l'ancien règne animal, s'ajoutent aux précédents différents groupes d'éponges
- Holozoaires : s'ajoutent les Choanoflagellés et les Mésomycétozoaires, protozoaires plus proches parents des animaux que des champignons
- Opisthocontes : s'ajoutent, entre autres, les champignons
- Unicontes : s'ajoutent la plupart des amibes
- Eucaryotes : Le domaine Eukaryota de la classification classique, êtres vivants à cellules à noyau ; s'ajoutent aux précédents listés ci-dessus la lignée verte (algues vertes, algues rouges, plantes à fleurs), la lignée brune (algues brunes…) et toute une collection de groupements d'espèces unicellulaires
De bas en haut de cette liste les taxons sont tout autant de clades qui incluent tous ceux qui se trouvent au-dessus d'eux. L'homme est ainsi un homininé comme l'est aussi le chimpanzé, un vertébré comme le sont aussi le chimpanzé et la baleine bleue, un bilatérien comme le sont aussi le chimpanzé, la baleine bleue et les diverses mouches. Finalement il est aussi un eucaryote comme le sont aussi le chimpanzé, la baleine bleue, la mouche et la carotte. Les rangs taxinomiques parfois cités en marge (ordre, famille, embranchement etc) n'ont de sens que dans les classifications dites traditionnelles ou classiques. La classification phylogénétique ne conserve que les deux premiers rangs, l'espèce et le genre, car la nomenclature binominale elle-même est aussi conservée afin de pouvoir continuer à donner nom aux espèces.