La Classification phylogénétique du vivant est un ouvrage de Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, illustré par Dominique Visset, publié en 2001 aux éditions Belin avec le concours du Centre national du livre. (ISBN 2-7011-2137-X). La troisième édition revue et augmentée a été publiée en 2006 (ISBN 2-7011-4273-3).
Cette synthèse fait le point sur les récents progrès en matière de systématique des êtres vivants, et en propose donc une classification phylogénétique. Auparavant, l'ouvrage développe le concept de phylogénie et les méthodes utilisées pour la réalisation des arbres phylogénétiques.
L'arbre présenté ici correspond à la mise ensemble des arbres se trouvant dans le livre, lesquels ne comportent pas les groupes éteints. (On peut consulter l'arbre qui avait été proposé dans la première édition de l'ouvrage en suivant ce lien.) Les différentes branches ont été laissées dans l'ordre où elle apparaissent dans les différents arbres publiés dans ce livre (sauf quelques exceptions, par souci graphique), et les noms des taxons orthographiés de même.
Certains des noms utilisés font débat, ils ne sont utilisés que par nos auteurs et n'ont pas été reçus par la communauté scientifique. Voir le paragraphe Débat dans la suite de l'article.
On se référera aussi utilement à l’article intitulé Arbre phylogénétique. On trouvera un autre arbre phylogénétique du vivant, beaucoup plus développé que celui de nos deux auteurs (et présentant des choix parfois différents, souvent plus récents), portant les noms latins des taxons, et en mise à jour permanente, dans une série d'articles qui s'ouvre à l’article Le vivant (classification phylogénétique).
─o le vivant │ ├─o Eubactéries │ ├─o Protéobactéries │ │ ├─o Protéobactéries ε │ │ └─o │ │ ├─o Protéobactéries δ │ │ └─o │ │ ├─o Protéobactéries α │ │ └─o │ │ ├─o Protéobactéries β │ │ └─o Protéobactéries γ │ ├─o │ │ ├─o Firmicutes │ │ │ ├─o Groupe Bacillus / Clostridium │ │ │ └─o Actinobactéries │ │ └─o │ │ ├─o Cyanobactéries │ │ └─o Groupe Thermus / Deinococcus │ ├─o │ │ ├─o Bactéries vertes sulfureuses │ │ └─o │ │ ├─o Flavobactéries (Cytophagales) │ │ └─o Bactéroïdes │ ├─o │ │ ├─o Spirochètes │ │ └─o Chlamydiales │ ├─o Planctomycétales │ ├─o Bactéries vertes non sulfureuses │ ├─o Aquificales │ └─o Thermotogales │ ├─o Archées │ ├─o Crénarchées │ │ ├─o Thermoprotéales │ │ └─o │ │ ├─o Désulfurococcales │ │ └─o Sulfolobales │ └─o Euryarchées │ ├─o Thermococcales │ └─o │ ├─o Méthanopyrales │ └─o │ ├─o Méthanobactériales │ └─o │ ├─o Méthanococcales │ └─o │ ├─o Thermoplasmales │ ├─o Archéoglobales │ ├─o Halobactériales │ └─o │ ├─o Méthanomicrobiales │ └─o Méthanosarcinales │ └─o Eucaryotes │ ├─o Bicontes │ │ │ ├─o Lignée verte │ │ ├─o Glaucophytes │ │ └─o Métabiontes │ │ ├─o Rhodobiontes │ │ └─o Chlorobiontes │ │ ├─o Ulvophytes │ │ ├─o Prasinophytes │ │ └─o Streptophytes │ │ ├─? Chlorokybophytes │ │ ├─o Klebsormidiophytes │ │ └─o Phragmoplastophytes │ │ ├─o Zygnématophytes │ │ └─o Plasmodesmophytes │ │ ├─? Chaetosphaeridiophytes │ │ ├─o Charophytes │ │ └─o Parenchymophytes │ │ ├─o Coléochaetophytes │ │ └─o Embryophytes │ │ ├─o Marchantiophytes │ │ └─o Stomatophytes │ │ ├─o Anthocérophytes │ │ └─o Hémitrachéophytes │ │ ├─o Bryophytes │ │ └─o Polysporangiophytes │ │ ├─o Lycophytes │ │ └─o Euphyllophytes │ │ ├─o Moniliformopses │ │ │ ├─o Sphénophytes │ │ │ └─o Filicophytes │ │ └─o Spermatophytes │ │ ├─o Ginkgophytes │ │ ├─o Pinophytes │ │ ├─o Cycadophytes │ │ ├─o Gnétophytes │ │ └─o Angiospermes │ │ ├─o Amborellales │ │ └─o │ │ ├─o Nymphaeales │ │ └─o │ │ ├─o Austrobaileyales │ │ └─o Euangiospermes │ │ ├─o Chloranthales │ │ ├─o Cératophyllales │ │ ├─o Magnoliidées │ │ │ ├─o │ │ │ │ ├─o Magnoliales │ │ │ │ └─o Laurales │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Canellales │ │ │ └─o Piperales │ │ ├─o Monocotylédones │ │ │ ├─o Acorales │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Alismatales │ │ │ └─o Eumonocotylédones │ │ │ ├─o Miyoshiales │ │ │ ├─o Dioscoreales │ │ │ ├─o Pandanales │ │ │ ├─o Liliales │ │ │ ├─o Asparagales │ │ │ └─o Commélinidées │ │ │ ├─o Dasypogonales │ │ │ ├─o Arecales │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Poales │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Commelinales │ │ │ └─o Zingiberales │ │ └─o Eudicotylédones │ │ ├─o Ranunculales │ │ └─o │ │ ├─o Sabiales │ │ ├─o Proteales │ │ ├─o Buxales │ │ ├─o Trochodendrales │ │ └─o Fonds des tricolpées │ │ ├─o Berberidopsidales │ │ ├─o Santalales │ │ ├─o │ │ │ ├─o Dilleniales │ │ │ └─o Caryophyllales │ │ ├─o │ │ │ ├─o Saxifragales │ │ │ ├─o Vitales │ │ │ └─o Rosidées │ │ │ ├─o Crossosomatales │ │ │ ├─o Geraniales │ │ │ ├─o Myrtales │ │ │ ├─o Eurosidées I │ │ │ │ ├─o Zygophyllales │ │ │ │ ├─o │ │ │ │ │ ├─o Celastrales │ │ │ │ │ ├─o Malpighiales │ │ │ │ │ └─o Oxalidales │ │ │ │ └─o │ │ │ │ ├─o Fabales │ │ │ │ ├─o Rosales │ │ │ │ ├─o Cucurbitales │ │ │ │ └─o Fagales │ │ │ └─o Eurosidées II │ │ │ ├─o Brassicales │ │ │ ├─o Huerteales │ │ │ ├─o Malvales │ │ │ └─o Sapindales │ │ └─o Astéridées │ │ ├─o Cornales │ │ ├─o Ericales │ │ └─o Euastéridées │ │ ├─o Euastéridées I │ │ │ ├─o Garryales │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Gentianales │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Lamiales │ │ │ └─o Solanales │ │ └─o Euastéridées II │ │ ├─o Aquifoliales │ │ └─o │ │ ├─o Apiales │ │ ├─o Asterales │ │ └─o Dipsacales │ │ │ ├─o Chromoalvéolés │ │ ├─o Alvéolobiontes │ │ │ ├─o Ciliés │ │ │ ├─o Dinophytes │ │ │ └─o Apicomplexés │ │ ├─o Straménopiles │ │ ├─o Cryptophytes │ │ └─o Haptophytes │ │ │ ├─o Rhizariens │ │ ├─o Actinopodes │ │ ├─o Foraminifères │ │ └─o Chlorarachniophytes │ │ │ └─o Excavobiontes │ ├─o Euglénobiontes │ ├─o Parabasaliens │ ├─o Métamonadines │ └─o Percolozoaires │ └─o Unicontes │ ├─o Amoebozoaires │ ├─o Rhizopodes │ └─o Mycétozoaires │ └─o Opisthocontes ├─o Champignons │ ├─o Microsporidies │ └─o Eumycètes │ ├─o Chytridiomycètes │ └─o │ ├─o Zygomycètes │ └─o │ ├─o Ascomycètes │ └─o Basidiomycètes └─o Choano-organismes ├─o Choanoflagellés └─o Métazoaires ├─? Placozoaires ├─o Démosponges ├─o Éponges hexactinellides ├─o Éponges calcaires └─o Eumétazoaires ├─o Cnidaires ├─o Cténophores ├─? Myxozoaires └─o Bilatériens ├─o Protostomiens │ ├─o Lophotrochozoaires │ │ ├─o Eutrochozoaires │ │ │ ├─o Syndermates │ │ │ │ ├─o Rotifères │ │ │ │ └─o Acanthocéphales │ │ │ ├─? Cycliophores │ │ │ └─o Spiraliens │ │ │ ├─o Entoproctes │ │ │ ├─o Parenchymiens │ │ │ │ ├─o Plathelminthes │ │ │ │ └─o Némertes │ │ │ ├─o Mollusques │ │ │ │ ├─o Solénogastres │ │ │ │ ├─o Caudofovéates │ │ │ │ └─o Eumollusques │ │ │ │ ├─o Polyplacophores │ │ │ │ └─o Conchifères │ │ │ │ ├─o Monoplacophores │ │ │ │ └─o Ganglioneures │ │ │ │ ├─o Viscéroconques │ │ │ │ │ ├─o Gastéropodes │ │ │ │ │ └─o Céphalopodes │ │ │ │ └─o Diasomes │ │ │ │ ├─o Bivalves │ │ │ │ └─o Scaphopodes │ │ │ ├─o Siponcles │ │ │ └─o Annélides │ │ └─o Lophophorates │ │ ├─o Ectoproctes │ │ └─o Phoronozoaires │ │ ├─o Brachiopodes │ │ └─o Phoronidiens │ ├─? Chaetognathes │ └─o Cuticulates │ ├─o Gastrotriches │ └─o Ecdysozoaires │ ├─o Introvertés │ │ ├─o Nématozoaires │ │ │ ├─o Nématodes │ │ │ └─o Nématomorphes │ │ └─o Céphalorhynches │ │ ├─o Kinorhynches │ │ ├─o Loricifères │ │ └─o Priapuliens │ └─o Panarthropodes │ ├─o Onychophores │ ├─o Tardigrades │ └─o Euarthropodes │ ├─o Chélicériformes │ │ ├─o Pycnogonides │ │ └─o Chélicérates │ │ ├─o Mérostomes │ │ └─o Arachnides │ │ ├─o │ │ │ ├─o Scorpionides │ │ │ ├─o Opilionides │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Pseudoscorpionides │ │ │ └─o Solpugides │ │ └─o │ │ ├─o Palpigrades │ │ ├─o │ │ │ ├─o Acariens │ │ │ └─o Ricinulides │ │ └─o │ │ ├─o Aranéides │ │ └─o │ │ ├─o Amblypyges │ │ └─o │ │ ├─o Uropyges │ │ └─o Schizomides │ └─o Mandibulates ou Antennates │ ├─o Myriapodes │ └─o Pancrustacés │ ├─o Rémipèdes │ ├─o Céphalocarides │ ├─o Maxillopodes │ ├─o Branchiopodes │ ├─o Malacostracés │ └─o Hexapodes │ ├─o │ │ ├─o Protoures │ │ └─o Collemboles │ ├─o Campodeoïdes │ ├─o Japygoïdes │ └─o Insectes │ ├─o Archéognathes │ └─o │ ├─o Thysanoures │ └─o │ ├─o Éphéméroptères │ └─o │ ├─o Odonates │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Plécoptéroïdes │ │ ├─o Grylloblattoptères │ │ ├─o Dermaptères │ │ └─o │ │ ├─o Embioptères │ │ ├─o │ │ │ ├─o Phasmides │ │ │ └─o Orthoptères │ │ └─o │ │ ├─o Mantoptères │ │ └─o │ │ ├─o Blattoptères │ │ └─o Isoptères │ └─o │ ├─o Zoraptères │ ├─o │ │ ├─o Hémiptères │ │ └─o │ │ ├─o Thysanoptères │ │ └─o │ │ ├─o Psocoptères │ │ └─o Phthiraptères │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Coléoptères │ │ └─o │ │ ├─o Névroptères │ │ └─o │ │ ├─o Rhaphidioptères │ │ └─o Mégaloptères │ └─o │ ├─o Hyménoptères │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Trichoptères │ │ └─o Lépidoptères │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Mécoptères │ │ └─o Siphonaptères │ └─o │ ├─o Strepsiptères │ └─o Diptères ├─? Mésozoaires └─o Deutérostomiens ├─o Échinodermes │ ├─o Crinoïdes │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Holothuriens │ │ └─o Échinoïdes │ └─o │ ├─o Ophiuroïdes │ └─o Astéroïdes └─o Pharyngotrèmes ├─o Hémichordés └─o Chordés ├─o Urochordés └─o Myomérozoaires ├─o Céphalochordés └─o Crâniates ├─o Myxinoïdes └─o Vertébrés ├─o Pétromyzontides └─o Gnathostomes ├─o Chondrichthyens └─o Ostéichthyens ├─o Sarcoptérygiens │ ├─o Actinistiens │ └─o Rhipidistiens │ ├─o Dipneustes │ └─o Tétrapodes │ ├─o Lissamphibiens │ │ ├─o Gymnophiones │ │ └─o Batraciens │ │ ├─o Urodèles │ │ └─o Anoures │ └─o Amniotes │ ├─o Mammifères │ │ ├─o Monotrèmes │ │ └─o Thériens │ │ ├─o Marsupiaux │ │ └─o Euthériens │ │ ├─o Xénarthres │ │ └─o Épithériens │ │ ├─o Afrothériens │ │ │ ├─o Afroinsectiphiles │ │ │ │ ├─o Tubulidentés │ │ │ │ └─o Afroinsectivores │ │ │ │ ├─o Afrosoricides │ │ │ │ └─o Macroscélides │ │ │ └─o Paenongulés │ │ │ ├─o Hyracoïdes │ │ │ └─o Téthythériens │ │ │ ├─o Proboscidiens │ │ │ └─o Siréniens │ │ └─o Boréoeuthériens │ │ ├─o Euarchontoglires │ │ │ ├─o Glires │ │ │ │ ├─o Lagomorphes │ │ │ │ └─o Rongeurs │ │ │ └─o Euarchontes │ │ │ ├─o Dermoptères │ │ │ └─o Primates lato sensu │ │ │ ├─o Scandentiens │ │ │ └─o Primates stricto sensu │ │ │ ├─o Strepsirrhiniens │ │ │ │ ├─o Lorisiformes │ │ │ │ └─o Lémuriformes │ │ │ └─o Haplorrhiniens │ │ │ ├─o Tarsiiformes │ │ │ └─o Simiiformes │ │ │ ├─o Platyrrhiniens │ │ │ └─o Catarrhiniens │ │ │ ├─o Cercopithécoïdes │ │ │ └─o Hominoïdes │ │ │ ├─o Hylobatoïdés │ │ │ └─o Hominoïdés │ │ │ ├─o Pongidés │ │ │ └─o Hominidés │ │ │ ├─o Gorillinés │ │ │ └─o Homininés │ │ │ ├─o Hominines │ │ │ └─o Panines │ │ └─o Laurasiathériens │ │ ├─o Eulipotyphles │ │ └─o Scrotifères │ │ ├─o Chiroptères │ │ └─o Fereongulés │ │ ├─o Périssodactyles │ │ ├─o Ferae │ │ │ ├─o Carnivores │ │ │ └─o Pholidotes │ │ └─o Cétartiodactyles │ │ ├─o Tylopodes │ │ └─o │ │ ├─o Suines │ │ └─o │ │ ├─o Ruminants │ │ └─o │ │ ├─o Hippopotamidés │ │ └─o Cétacés │ └─o Sauropsides │ ├─o Chéloniens │ └─o Diapsides │ ├─o Lépidosauriens │ │ ├─o Sphénodontiens │ │ └─o Squamates │ │ ├─o Dibamidés │ │ └─o │ │ ├─o │ │ │ ├─o Pygopodinés │ │ │ └─o Gekkonidés │ │ └─o │ │ ├─o │ │ │ ├─o Scincidés │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Cordylidés │ │ │ └─o Xantusiidés │ │ └─o │ │ ├─o │ │ │ ├─o Serpents │ │ │ ├─o │ │ │ │ ├─o Iguanoïdés │ │ │ │ └─o Leiocephalus │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Varanidés │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Anguidés │ │ │ └─o Helodermatidés │ │ └─o │ │ ├─o Teiioïdés │ │ └─o │ │ ├─o Lacertidés │ │ └─o │ │ ├─o Rhineuridés │ │ └─o │ │ ├─o Bipedidés │ │ └─o │ │ ├─o Trogonophidés │ │ └─o Amphisbaenidés │ └─o Archosauriens │ ├─o Crocodiliens │ └─o Oiseaux │ ├─o Paléognathes │ └─o Neognathes │ ├─o Galloanserées │ │ ├─o Ansériformes │ │ └─o Galliformes │ └─o Neoaves │ ├─o Psittaciformes │ ├─o Cuculiformes │ ├─o │ │ ├─o Strigiformes │ │ └─o │ │ ├─o Caprimulgiformes │ │ └─o Apodiformes │ ├─o │ │ ├─o Piciformes │ │ ├─o Passériformes │ │ └─o │ │ ├─o Coliiformes │ │ └─o Coraciiformes │ ├─o │ │ ├─o Ciconiiformes │ │ └─o │ │ ├─o Gruiformes │ │ ├─o Charadriiformes │ │ ├─o Falconiformes │ │ ├─o Ardéidés │ │ └─o Columbiformes │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Procellariiformes │ │ └─o Pélécaniformes │ └─o │ ├─o Sphénisciformes │ └─o │ ├─o Podicipédiformes │ └─o Gaviiformes └─o Actinoptérygiens ├─o Cladistiens └─o Actinoptères ├─o Chondrostéens └─o Néoptérygiens ├─o Ginglymodes └─o Halécostomes ├─o Halécomorphes └─o Téléostéens ├─o Ostéoglossomorphes └─o ├─o Élopomorphes └─o ├─o │ ├─o Clupéomorphes │ └─o Ostariophyses └─o ├─o │ ├─o Argentinoïdes │ ├─o │ │ ├─o Ésocoïdes │ │ └─o Salmonoïdes │ └─o │ ├─o Osmeroïdes │ └─o Stomiiformes └─o ├─o │ ├─o Aulopoïdes │ └─o │ ├─o Chlorophthalmidés │ └─o Alépisauroïdes └─o ├─o Atéléopodiformes └─o ├─o Myctophiformes └─o Acanthomorphes