Après la chute de la dynastie Ming, les dirigeants Qing enlevèrent les bâtiments annexes. Mis à part la zone entourant directement les lacs de Zhongnanhai et Beihai, la partie occidentale de la Cité impériale fut données aux princes et aux membres des Huit bannières comme domaines résidentiels. De même, si ce ne sont que quelques entrepôts, la partie orientale de la Cité interdite fut également donnée aux membres des Huit bannières. À la collection de temples de la Cité impériale fut ajoutée une église catholique sur la rive occidentale de Zhongnanhai.
La Cité interdite se trouve au centre de la Cité impériale. À l'est, se trouve les lacs Zhongnanhai et Beihai, qui étaient entourés des jardins impériaux, et généralement dénommés ensemble Parc occidental.
Au sud de la Cité interdite se trouvent les Sépultures impériales de la Famille (太庙) et la Sépulture de l'État (太社稷). Davantage vers le sud se trouvait le « Corridor de mille pas », que voisinaient de part et d'autre les bureaux des différents ministères.
La Cité impériale comportait six portes :
Se trouvaient également au sein de l'enceinte de la Cité impériale divers bâtiments de service, des entrepôts, une cage aux léopards, des temples taoïstes, et un palais pour le petit-fils de l'empereur.
Après la chute de la dynastie Qing en 1912, le gouvernement de la république de Chine s'empara de la Cité impériale. Zhongnanhai fut un temps résidence présidentielle. Le tombeau impérial fut intégré au Musée du Palais. Beihai et Jingshan devinrent des parcs publics. La plupart des temples et des entrepôts devinrent des résidences privées.
En 1912, suite à un coup d'État du seigneur de la guerre Cao Kun, Donganmen fut détruite par le feu. En 1914, le Corridor des milles pas fut démoli pour faire place au parc Zhongshan, nom donné par Sun Yat-sen. En 1915, pour améliorer le trafic dans la ville, une bonne partie des murailles de la ville impériale fut détruite. Après le déplacement de la capitale à Nankin, Zhongnanhai devint un parc public.
En 1949, la République populaire de Chine établit sa capitale à Pékin. Dans les années qui suivirent, toutes les portes à l'exception de Tian'anmen furent démolies. La plupart des temples et Paifangs de la Cité impériale furent également démolis.
Zhongnanhai devint le lieu de résidence du nouveau gouvernement, abritant le siège du Parti communiste chinois et du Conseil d'État. De nombreux bâtiments anciens y furent détruits.
La zone à l'ouest du parc Beihai était occupée par le département de la défense, avec une importante construction dominant le parc. La plupart des temples de la Cité impériale étaient occupés par l'Armée de Libération du Peuple. Certains de ces immeubles sont toujours occupés et parfois en mauvais état.
Depuis 2000, le Gouvernement municipal de Pékin a restauré certains des temples, et a refait un parc à proximité des restes des murailles de la Cité impériale. Il est envisagé de réinstaller diverses institutions en ces constructions historiques. En 2004, une ordonnance datant de 1984 concernant la hauteur et les restrictions de construction dans la zone de la Cité impériale a été reconduite, en zone tampon à la Cité interdite. En 2005, une proposition a été faite d'inclure la Cité impériale et le parc Beihai comme extension de la Cité interdite en tant que patrimoine UNESCO.