Électrocutées par les lignes de moyenne ou basse tension, chassées en Afrique, empoisonnées par les pesticides contenus dans les insectes qu'elles ingèrent, très peu d'entre elles arrivent à l'âge de trois ans (maturité)[réf. souhaitée].
Bien que le virus se propage essentiellement au sein des élevages asiatiques et que le rôle des oiseaux migrateurs dans sa propagation ne soit pas démontré, la cigogne a été parfois hâtivement accusée d'être un vecteur potentiel de la grippe aviaire, en tant que migrateur nichant près de l'homme comme l'hirondelle, certains élus ont demandé par mesure de précaution la destruction des nids proches des habitations au moment de l'alerte de 2005 bien qu'il n'ait pas été démontré de corrélation entre les sites d'élevages contaminés et les voies de migration.
En 1974 il ne restait que neuf couples de cigognes blanches en Alsace, l'altération de leurs biotopes ayant fortement contribué à leur disparition. Actuellement, grâce aux systèmes de volières de maintien et aux couveuses artificielles, la Cigogne blanche est de retour avec un effectif de 300 couples environ.
En France des oprérations de marquage à l'aide de bagues permettent de suivre les individus. On utilise des bagues Darvik depuis 2001.
L'Alsace : Ce bel échassier était jadis la parure estivale des hautes toitures alsaciennes. L'oiseau, devenu symbole de l'Alsace, n'était plus représenté dans cette région française que par une dizaine de couples vers 1975. Grâce aux ornithologues qui se sont mobilisés pour les sédentariser, plusieurs dizaines de couples nichent de nouveau dans la région. Au centre d'Hunawihr, dans le Haut-Rhin, deux cents cigognes évoluent en totale liberté ; et quelques individus sont placés en volière pour intégrer le programme de réintroduction. Il en est de même au parc des cigognes Cigoland à Kintzheim dans le Bas-Rhin. Au bout de trois ans, elles perdent l'instinct de migrer et peuvent être relâchées. Bien nourries, elles ne craignent ni le froid ni la neige.
La Charente-Maritime est, après les deux départements d'Alsace, le département français qui compte le plus de couples nicheurs et l'un des plus productifs en matière de nombre de jeunes cigogneaux atteignant le stade de l’envol. Contrairement à leurs cousines d'Europe de l'Est, les cigognes de Charente-maritime évitent les zones urbanisées. Les observations faites de 1995 à 2005 dans ce département ont relevé l'envol de 2577 cigogneaux, pour 1 000 couples installés, dont 865 ayant réussi leur nichée. Avant 1962 les cigognes se contentaient d'y faire escale au cours de leur migrations. Le premier couple nicheur a été observé en 1962 et depuis 1978 elles y nichent régulièrement. Dans un premier temps des plateformes artificielles ont été installées dans les marais par les bénévoles du Groupe Ornithologique Aunis-Saintonge. Depuis lors, ces grands oiseaux font également des nids sur les pylônes électriques et sur des arbres, certains pouvant héberger une vingtaine de nids sur leurs branches. Quelques individus ne migrent même plus à la fin de l'été car les marais de Brouage, au climat doux et à la nourriture abondante en hiver, leur conviennent parfaitement.
Répartition des cigognes blanches occidentales et orientales :
En Afrique les cigognes vivent en grandes colonies regroupées dans les arbres.
En Europe, en 2008, les cigognes blanches sont surtout présentes en Espagne avec environ 17 000 couples, contre moins d'un millier en France.
En France, on trouve des cigognes dans l'Ouest et le Sud-Ouest, en Normandie, en Picardie (surtout dans la Somme), en Moselle et en Alsace qui l'a adoptée comme animal totem.
C'est un oiseau migrateur africain qui vient se reproduire en Europe en empruntant deux tracés différents. L'un contourne la Méditerranée par l'Est pour atteindre les zones de nidification se situant dans les pays de l'Est. L'autre chemin passe au-dessus du détroit de Gibraltar et l'Espagne pour atteindre la France. Les 300 000 cigognes qui se partagent l'Europe appartiennent à deux populations migratrices. Les "orientales", les plus nombreuses (9 sur 10), passent l'hiver en Afrique de l'Est et du Sud et arrivent chaque printemps dans les pays de l'Est européen après avoir franchi le détroit du Bosphore. Les "occidentales" (alsaciennes, espagnoles, etc.) reviennent du Sahel par le détroit de Gibraltar. On parle d'instinct de migration, car l'animal porte en lui dès sa naissance, le besoin de migrer alors qu'il ne sait pas encore voler (nécessite un apprentissage). Lors de son voyage, la cigogne repère visuellement le chemin du retour. Une étude récente a pu démontrer qu'une partie du cerveau de la cigogne contenait de la magnétite, ce qui l'aide certainement à trouver son chemin. La cigogne rejoint toujours le même nid.