Le diagnostic de cholestase est clinique et/ou biologique. Cliniquement un subictère ou ictère, peuvent être présents sous la forme d'un aspect jaune de la peau et des téguments, surtout visible au niveau des conjonctives à la lumière du jour, il s'accompagne d'un aspect de selles décolorées, couleur blanc mastic et d'urines foncées. Parfois un prurit important est au premier plan, il est lié à l'accumulation cutanée de sels biliaires, ce prurit est souvent féroce accompagné de lésions cutanées de grattage .
Souvent ce sont les complications de la cholestase qui sont révélatrices, en particulier l'infection qui peut apparaître sous la forme de crises aiguës d'angiocholite, typiquement il s'agit d'une crise de frissons intenses suivie d'une élévation de température importante, constituant alors une urgence en raison du risque d'insuffisance rénale et de choc septique, parfois il s'agit d'une simple fièvre ou encore de troubles de l'hémostase ou de l'absorption.
Sur le plan biologique, le signe principal est une élévation des phosphatases alcalines sanguines, le dosage de bilirubine permet de quantifier l'intensité de l'ictère s'il existe, enfin le dosage des transaminases permet d'évaluer le taux de cytolyse associé mais ne permet pas de faire la différence entre cholestase intra ou extra-hépatique. Le temps de Quick est augmenté du fait d'une mal-absorption de la vitamine K. Dans tous les cas il ne faut pas attendre la survenue de signes cliniques pour faire les examens biologiques.
L'examen clé est l'échographie abdominale. En cas de cholestase intra-hépatique, les voies biliaires seront fines. Alors que si l'obstacle est mécanique, les voies biliaires seront dilatées en amont de celui-ci. De plus, il est fréquent que l'échographie fasse le diagnostic de la cause de l'obstacle, et de son niveau, qui peut être hilaire (au niveau des branches de convergence des voies biliaires droite ou gauche) ou du canal hépatique au-dessus de l'abouchement du canal cystique, au niveau du canal cholédoque, voire à la terminaison de ce canal au niveau du sphincter d'Oddi. Dans certains cas, après chirurgie de la voie biliaire, une cholestase mécanique peut être due à une stagnation de bile dans un compartiment d'intestin grêle, en aval de l'abouchement de la voie biliaire. Il s'agit alors d'obstacles située sur cette anse grêle, le plus souvent en rapport avec une carcinose péritonéale.
Si après l'échographie un doute persiste sur la nature intra ou extra hépatique de la cholestase, une écho-endoscopie des voies biliaires peut être réalisée, voire une Cholangio-IRM.
Cholestases intra-hépatiques: D'origine virale hépatite, médicamenteuses, alcooliques ou génétiques, parfois survenant au cours d'une grossesse. Leur pronostic est lié à leur cause.
Cholestases extra-hépatiques: Le problème d'une cholestase extra-hépatique est de faire le bilan de sa gravité, de sa nature, de son niveau. Il faut absolument faire la différence entre examens invasifs et non-invasifs en effet les examens invasifs opacifient à l'aide de produit de contraste les voies biliaires et doivent être suivis très rapidement d'un geste de drainage biliaire en raison d'un risque infectieux important et inévitable, lié à la mise en tension d'une bile souvent infectée et aux traumatismes de l'examen.
L'échographie hépatique, la Cholangio-IRM, le scanner et l'écho-endoscopie font le plus souvent le diagnostic.
L'opacification des voies biliaires par voie rétrograde, cholangio-pancréatographie rétrograde endoscopique CPRE ou cholangiographie percutanée sont réalisées dans un but avant tout thérapeutique.
Le diagnostic de gravité est fait par l'hémogramme, avec en particulier les leucocytes qui témoignent du niveau de l'infection, le dosage du temps de Quick permet d'évaluer le déficit en vitamine K qu'il faudra corriger avant tout acte invasif.