Le chevreuil est d'autant plus sensible à diverses maladies parasitaires que ses populations sont denses et qu'il est en situation de promiscuité forcée, renforcée par la fragmentation et l'isolement de nombreux boisements, par la raréfaction des mares et par les dispositifs d'agrainage et de pierre à sel qui les concentrent et tendent à les sédentariser. Cet animal est très souvent infesté par les tiques, de plus en plus présentes en forêt, et qu'il contribue sans doute, avec le cerf et le sanglier, à colporter. Ces tiques sont vectrices de diverses zoonoses transmissibles à l'Homme, dont la maladie de Lyme. Le Chevreuil est considéré comme espèce-réservoir de l'anaplasmose. Une étude italienne a par exemple analysé par PCR échantillons de rates de chevreuil ; 19,8 % d'entre eux étaient porteurs d'A. phagocytophila, agent responsable de l'anaplasmose humaine.
L'œstridiose, la douve et/ou la strongylose (infestation parasitaire, par des vers dits strongles pulmonaires) affectent aussi de nombreux chevreuils, notamment dans les cheptels sous-alimentés ou affaiblis par l'hiver.