L'histoire récente des équidés est mal connue et nous ne savons pas quand eut lieu la spéciation entre les ânes, les chevaux sauvages (Equus ferus), les zèbres et le cheval domestique (Equus caballus). On ne sait pas non plus si les différents types de chevaux préhistoriques dont on retrouve des ossements datés d'une même époque appartenaient à la même espèce, s'ils étaient des sous-espèces ou s'il s'agissait d'espèces différentes. Ils étaient sans doute interféconds et n'appartenaient pas à des espèces complètement séparées. D'autres théories affirment que le cheval sauvage ne formait qu'une seule espèce avant sa domestication et que les différentes races sont le résultat de l'élevage sélectif opéré par l'homme.
Le cheval de Solutré, qui vivait il y a 20 000 ans dans le bassin de la Saône, est censé être l'ancêtre direct du cheval Ardennais selon les études réalisées sur ses ossements et de nombreuses autres races l'auraient pour ancêtre.
L' analyse ADN réalisée à partir d'études morphologiques sur différentes races de chevaux par l'Université d'Uppsala suggère que ces animaux évoluèrent à partir de populations sauvages qui s'adaptèrent peu à peu à différents biotopes, longtemps avant leur domestication. Toutes les races de chevaux modernes seraient les descendantes de quatre « types » de chevaux :
Les races issues de l'espèce du cheval sont nombreuses et variées. Cette grande diversité a pour origine la sélection et les croisements opérés par l'homme sur le cheval domestique, mais aussi la grande capacité d'adaptation de cet équidé face à son environnement.
Contrairement à d'autres animaux pour lesquels l'entraînement et/ou l'expérience donnent un atout à la survie (comme l'homme), les atouts du cheval dépendent surtout de son capital génétique morphologique. Aussi l'homme a depuis longtemps pratiqué un élevage sélectif en ce sens, bien avant de connaître les lois de l'hérédité. Il semble que les premiers hommes ayant réalisé des listes d'ancêtres soient les arabes. De nos jours, les données généalogiques sont inscrites sur des Herd-books. Ces informations sont reprises par de vastes bases de données spécialisées comme Genequs qui comptait en 2007 plus de 210.000 chevaux toutes races confondues et qui remonte pour les plus anciennes inscriptions à 1764.
La tendance actuelle est à la baisse de la diversité. Les activités humaines liées à l'usage du cheval se réduisant au sport et au tourisme, toutes les races n'étant pas spécialisées dans ces types d'activité sont menacées. C'est le cas notamment de toutes les races de chevaux de trait.
Si certaines races de chevaux sont complètement inféodées à l'homme, par exemple en ne pouvant plus mettre bas seules, d'autres en revanche peuvent retourner à l'état sauvage et former des troupeaux. C'est le cas des mustangs aux États-Unis et des brumbies en Australie, qui sont considérés comme invasifs et provoquent des dégâts importants sur la flore et les sols. Seul le cheval de Przewalski est resté totalement sauvage.