Au retour des Bourbon-Condé, à la faveur de la Restauration, le domaine est récupéré par cette maison, qui s'éteint toutefois en 1830.
Au XIXe siècle, la forteresse échoit, par testament du dernier prince de Condé, au jeune Henri d'Orléans (1822-1897), alors âgé de huit ans, avec le château de Chantilly et plusieurs autres domaines importants de la maison de Condé. Peu de temps après cet héritage, les exécuteurs testamentaires voulurent vendre ces ruines pour 2000 francs, mais de la forteresse d'origine, presque entièrement rasée, furent heureusement sauvées trois tours grâce à l'action du poète Achille Allier, dont la fameuse « tour Qui-qu'en-Grogne ».
Le château a été classé Monument Historique en 1862. Le duc d'Aumale laisse s'y organiser un petit musée dans les ruines pittoresques.
À la mort du duc d'Aumale, dernier propriétaire unique de Bourbon, le château et son domaine entrèrent dans les biens de la maison d'Orléans, en indivision entre tous les héritiers, descendants de Louis-Philippe. Le domaine fut administré au nom du duc d'Orléans, Philippe d'Orléans, « chef de la maison de France » et prétendant orléaniste. Plusieurs mariages entre membres de cette famille donnèrent à Henri, « comte de Paris », l'essentiel des parts des biens de sa famille, dont le château de Bourbon.
Pour préserver l'avenir de ce bien dans l'héritage royal, le « comte de Paris » décide de l'inclure dans une fondation familiale, la fondation Saint-Louis, en 1974. Il en devient le président d'honneur, fondation destinée à préserver les monuments les plus importants des Orléans en les soustrayant aux risques de dispersion qu'engendrent parfois les partages d'héritages. Il avait onze enfants, dont un décédé sans postérité.
Cette fondation a été présidée par Jean d'Albert de Luynes-Dunois, 12e duc de Luynes, de 1999 à 2008.