En biologie, une cellule est dite cellule souche (ou cellule indifférenciée) à deux conditions :
Elles sont présentes au stade embryonnaire et dans l'organisme adulte, mais elles sont bien plus rares dans l'organisme adulte (citons les cellules souches hématopoïétiques régénérant en continu les cellules du sang, les cellules souches intestinales, les cellules souches nerveuses dans des régions précises du cerveau (hippocampe, zone subventriculaire)).
De manière générale, les cellules souches sont présentes chez tous les êtres vivants pluricellulaires. Elles jouent en effet un rôle très important dans le développement des organismes ainsi que dans leur maintien.
La cellule la plus indifférenciée est le zygote ou ovule fécondé, puisque cet œuf va produire l'ensemble des cellules d'un organisme.
Les travaux initiés par Leroy Stevens et Barry Pierce dans les années 1950 sur l’étude des tératocarcinomes murins ont permis d’isoler les cellules souches embryonnaires (en abrégé ES pour embryonic stem). Des cellules capables de générer toutes les cellules sanguines sont découvertes dans la moelle osseuse. La première greffe de moelle osseuse est effectuée en 1958.
Dans les années 60, Joseph Altman, Gopal Das et André Gernez révisent le dogme de la fixité neuronale formulé par Santiago Ramón y Cajal.
En 1981, les cellules souches embryonnaires ont été identifiées chez la souris par Martin Evans, Kaufman et Martin, et en 1998 chez l’homme par les équipes de l'américain James Alexander Thomson, de Joseph Istkovitz-Eldor et de l'israélien Benjamin Reubinoff. En 2000, ce dernier transforme des cellules ES en neurones.
Tout tissu animal contient ce qu'on appelle des cellules souches, mais qui sont moins « pluripotentes » que les cellules souches embryonnaires ; c'est-à-dire qu'en se différenciant elles ne peuvent pas, en général donner un autre type de tissus que celui qu'elles doivent régénérer (voir Cellule souche animale). Elles peuvent se différencier dans l'ensemble des cellules qui constitue le tissu donné, par exemple quand on parle du tissu sanguin qui contient les cellules sanguines, on parle de la cellule souche hématopoïétique (CSH) qui permettent à elles seules de recréer toutes les cellules sanguines, cependant le plus souvent les cellules souches d'un tissu sont contenues dans ce tissu.
Les cellules souches seraient par exemple en partie responsables de la régénération des membres chez certains animaux. Ce phénomène fréquent chez les métazoaires existe aussi chez certains vertébrés (comme le lézard, le triton ou la salamandre).