Enfin le premier mécanisme et la cloche que fait retentir le "fameux" Jacquemart datent de 1523. Mais il apparaît bien que l'automate (actuellement 3e génération) ne prendra place qu'en 1604.
La légende voudrait que le premier Jacquemart fut construit par un prisonnier, condamné à sonner les cloches toutes les heures pour signaler sa présence. Il aurait alors fabriqué un automate en bois pour frapper à sa place et pouvoir ainsi s'évader.
Une attention toute particulière doit être apportée à la remarquable table d'autel romane XIe siècle aux riches motifs iconographiques placée au centre du chœur. Pour finir le visiteur ne manquera pas de porter son regard sur un beau mobilier, lutrin en fer forgé et cuivre repoussé (signé Bernard Ortet) XVIIIe siècle et classé, tableau (gauche du chœur) de la crucifixion de l'école José de Ribera (1591-1652), les tableaux qui ornent le sanctuaire aux cadres Régence, la belle chaire du XIXe siècle.
L'œuvre presque achevée, mais très dépouillée intérieurement, pratiquement sans sculptures va au début du XVe siècle s'orner d'un magnifique portail, en gothique flamboyant avec trumeau; au clocher porche - l'ensemble délicatement ciselé - s'ajouteront par la suite les deux chapelles côté sud aux voûtes très ouvragées (liernes et tiercerons) dont l'une présente une niche très décorée encadrant actuellement une belle pietà de bois peint et doré du XVIIe siècle.
Un beau jubé (disparu au XVIIIe siècle) enrichissait le chœur. Un très bel orgue complète le dispositif d'ensemble avec un buffet de haute facture Renaissance dû au sculpteur toulousain Nicolas Bachelier (instrument refait en 1889 par le gaillacois, Aristide Cavaillé-Coll (1811-1899). Ajoutons, de la même époque, l'enfeu à droite du sanctuaire de décor Style Renaissance-Renaissance, tombeau de l'Évêque de Lavaur Georges de Selve (1508-12 février 1541), de 1526 (20 ans) à 1540 (34 ans)..
Après cette date, la paroisse de Saint-François est rattachée à celle de Saint-Alain.