Afin de lutter contre la fraude, après une expérimentation au deuxième semestre 2003 avec 2000 pharmacies (PACA, Corse, Gironde et Ardennes), depuis juin 2004, les logiciels des officines de pharmacie gèrent une liste nationale et inter-régimes des cartes Vitales en opposition. Cette LOE ( Liste d’Opposition Électronique) [3] comporte les numéros de série de toutes les cartes Vitale mises en opposition quel que soit le régime d'Assurance Maladie obligatoire. Une carte Vitale est inscrite dans cette listes quand elle été déclarée perdue ou volée ( pour éviter la circulation d'une carte en double exemplaire ) ou fait l'objet d'une utilisation frauduleuse ou si elle est invalidée par le régime obligatoire qui l'a émise (absence de mise à jour de droits particuliers, modification de caisse d'affiliation). Depuis cette date, le GIE SESAM-Vitale soit adressait tous les mois une mise à jour de cette LOE dans la BAL des applications métiers des pharmaciens ou soit adressait une mise à jour entre le 18 et le 22 de chaque mois à l'Organisme Concentrateur Technique (OCT) qui ensuite la restitue aux pharmaciens. Son installation se fait automatiquement sur le poste de travail. Les progiciels en version 1.31.4 ou supérieure, bloquent automatiquement les cartes dont les numéros sont inscrits sur la liste d'opposition. Avec les progiciels 1.31.5 et supérieurs, le pharmacien ne peut pas réaliser une FSE sécurisée en tiers payant. Une FSE dégradée, c'est-à-dire sans usage de la carte Vitale peut être faite mais dans ce cas le pharmacien risque de ne pas être remboursé en cas de tiers payant.
Conséquence de la nouvelle convention nationale des pharmaciens signée le 29 mars 2006, l'addendum numéro 4 au cahier des charges publié en mars 2009 apporte une évolution concernant la liste d’opposition des cartes Vitale. La liste quotidienne d’opposition des cartes Vitale (LOI) devient incrémentale et doit être téléchargée chaque jour. Pour l'heure seuls les pharmaciens sont concernés, mais il est précisé (page 10) que ultérieurement et sans doute lors de la signature des nouvelles conventions, il y aura une extension de la liste d’opposition à l'ensemble des professionnels de santé ainsi que de son opposabilité.
La carte Vitale est strictement personnelle et est attribuée gratuitement à tout ayant droit français ou résidant en France. Les mineurs de plus de 16 ans disposent de leur propre carte Vitale. Depuis 1996, les caisses d’assurance-maladie ont obligation de délivrer à tout bénéficiaire de l’assurance-maladie une «carte électronique individuelle inter-régimes», la carte Vitale.
A noter que les bénéficiaires de l'aide médicale d'État (AME), n'ont pas de carte Vitale et les données sont à récupérer à partir d'une attestation papier.
C'est en mai 2006, que le Cahier des Charges SESAM-Vitale 1.40 a intégré via l'addendum 2bis, la gestion du Parcours Coordonné de Soins. Les éditeurs de logiciels de facturation ont été contraints de développer de nouvelles versions dont certaines ont été livrées avec beaucoup de retard aux professionnels de santé compliquant pour eux la facturation, Ainsi l'éditeur Axilog (17,44% des parts de marché chez les généralistes et 14,52% chez les spécialistes en janvier 2009), n'a diffusé son progiciel de FSE 1.40 agréé le 22 janvier 2008 et intégrant l'addendum 2bis qu'en février 2009.
L'article 3 de l'arrêté du 14 mars 2007 précise que la carte peut comporter des données précisant « l'existence d'un médecin traitant et les informations permettant de l'identifier ». La mention « Médecin traitant déclaré » devait être intégrée dans Vitale 2 à la mi 2007. Or il n'en est rien en mars 2009.