La première unité de l'USAF fut opérationnelle avec le IM-99 en septembre 1959 et intégrée au Commandement de la défense aérospatiale de l'Amérique du Nord. Le mode d'opération du Bomarc était assez complexe. Le missile était stocké dans un conteneur vertical, puis quand arrivait l'ordre de tir, la partie supérieure s'ouvrait et le missile était alors élevé en position horizontale. La version A était alimenté en carburant liquide et il fallait attendre près de deux minutes pour remplir les réservoirs.
Mais dès que la technologie des carburants solides fut disponible, l'USAF demanda à Boeing de construire une nouvelle version dénommée « IM-99 B Bomarc B ».
Parce que le volume des carburant solides étaient moins important que ceux des carburants liquides, le IM-99B a vu sa portée presque doublée, elle passa de 400 km à 710 km.
En juin 1963, suite à l'adoption d'un système de désignation des aéronefs inhabités du Département de la Défense des États-Unis, le IM-99 fut rebaptisé CIM-10.
Les dernières unités furent retirées en 1972.