Bien qu'elles ne soient généralement pas dues à l'ennemi, les interférences peuvent gravement gêner l'opérateur pour suivre une cible. Des interférences apparaissent lorsque deux radars sont opérés à proximité l'un de l'autre (la distance entre les radars dépendant de leur puissance) sur la même fréquence. On obtient ainsi des parasites sporadiques qui saturent l'écran de contrôle avec des informations erronées. Ce type d'interférence est assez rare entre deux radars au sol car les distances entre radars et les fréquences d'opération sont choisies judicieusement. En revanche, elles sont plus souvent observées entre radars embarqués, en particulier lorsque plusieurs pays participent à une même opération. Ces interférences entre radars embarqués sont éliminées généralement en décalant la fréquence du magnétron.
Comme autre cause d'interférence souvent observée, on peut noter celle produite par l'équipement électronique de bord, comme un transpondeur par exemple, dont certaines fréquences vont venir interférer avec celles du radar. Dans ce cas d'interférence, à la place des parasites sporadiques « brillants », on a de toutes petites taches noires. Schématiquement, le radar extérieur qui questionne le transpondeur est soit celui d'un avion volant à côté, et donc très proche, soit un radar situé à plus grande distance. Comme le radar extérieur n'est généralement pas synchronisé avec le radar de bord, la fréquence de répétition des impulsions est différente. Des taches noires apparaissent sur l'écran au hasard, là où le radar ne peut faire la différence entre ses propres impulsions et celles du transpondeur. L'opérateur doit alors observer soit au travers, soit entre les taches. Dans ces conditions, pour être visible, il faut que l'objet observé soit sensiblement plus grand que les taches ou les « trous ».
La mémorisation électronique des caractéristiques des impulsions du transpondeur est déterminante dans la minimisation de ce problème. On peut ainsi couper le récepteur du radar lorsque le transpondeur est en service. Une autre méthode pour s'affranchir de ce brouillage consiste à réduire la sensibilité aux radars extérieurs de son propre transpondeur, c'est-à-dire de s'assurer d'un seuil de déclenchement suffisamment élevé. De cette façon, il ne répondra qu'aux radars proches qui, en principe, devraient être amis. De la même manière, on peut aussi réduire la puissance de sortie du transpondeur pour réduire les interférences.
Les dispositifs de brouillage radar de contrôle routier sont plus simples que les systèmes militaires mais sont interdits dans la plupart des pays.