Le botulisme alimentaire a été souvent provoqué par des conserves faites à la maison et à faible teneur en acide, comme les asperges, les haricots verts, les betteraves et le maïs. Cependant, des épidémies de botulisme ont eu des sources moins courantes. En juillet 2002, quatorze Alaskans ont mangé la viande d'une baleine échouée, et huit d'entre eux ont présenté les symptômes du botulisme, deux d'entre eux ont dû être traités par ventilation mécanique. D'autres origines de l'infection sont l'ail coupé mélangé à l’huile, les piments, les tomates, les pommes de terre cuites au four manipulées sans précaution et enveloppées de papier d'aluminium, le poisson en conserve préparé à la maison et le poisson fermenté. La fabrication de conserves domestiques devrait donc obéir à des précautions hygiéniques strictes pour éviter la contamination. L'ail ou les condiments mélangés à l’huile sont à garder au réfrigérateur. Les pommes de terre cuites au four et enveloppées de papier d'aluminium doivent être gardées chaudes jusqu'au moment de les servir ou conservées au réfrigérateur.
Comme la toxine botulinique est détruite à haute température, il est plus sûr de faire bouillir pendant dix minutes les conserves préparées à la maison avant de les consommer. Les conserves peuvent révéler la présence de C. botulinum par un bombement extérieur caractéristique qui résulte d’une pression exercée à l’intérieur par les gaz que les bactéries rejettent comme déchets, le mieux est de jeter purement et simplement de telles conserves. Comme le miel, et les autres produits sucrés constituent un milieu idéal pour le développement du botulisme, il ne faut pas en donner aux nourrissons jusqu'à leur sevrage, c’est-à-dire jusqu’au moment où leurs sucs digestifs seront devenus trop acides pour permettre aux bactéries de se développer. Le botulisme par blessure peut être prévenu en consultant rapidement un médecin dans le cas de blessures infectées et en s’abstenant des drogues injectables.
Le botulisme peut aboutir à la mort par insuffisance respiratoire. Cependant, au cours des cinquante dernières années, la proportion de décès parmi les personnes atteintes de botulisme est tombée d’environ 50 % à 8 %. Un patient souffrant de botulisme aigu peut avoir besoin d'une assistance respiratoire accompagnée de soins médicaux et infirmiers intensifs pendant plusieurs mois. Les patients qui survivent à un épisode d'empoisonnement par botulisme peuvent souffrir de fatigue et d’essoufflement pendant plusieurs années, et une thérapie à long terme peut être nécessaire pour les aider à se rétablir.
On s'est avisé très tôt que la puissance de la toxine botulique pouvait être exploitée comme un avantage, lorsqu'une paralysie musculaire locale s'avère utile ou souhaitable. Déjà Kerner au XIXe siècle avait entrevu le potentiel d'utilisation de la toxine à des fins thérapeutiques, allant jusqu'à en expérimenter les effets sur lui-même. La toxine botulique est souvent efficace dans le traitement des maladies neurologiques comportant une trop grande activité musculaire (contractions et mouvements anormaux, crampes, spasticité, dystonie). La toxine botulique est aussi employée en cosmétique, par exemple pour réduire les rides faciales ou la transpiration excessive.