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Les épisodes de botulisme sont épisodiquement présents dans la nature, souvent en été pour le botulisme C.
C'est une maladie assez rare en France ; son incidence annuelle est de l'ordre de 0,5 cas par million d'habitants. Il s'agit de cas sporadiques, le plus souvent d'origine alimentaire : salaisons, charcuterie et conserves de fabrication familiale, plus rarement artisanale, industrielle ou par inoculation chez le toxicomane. Le risque de botulisme humain acquis à partir de sources avicole ou bovine est faible dans ce pays, mais des foyers récents dans d'autres pays comportant un nombre significatif de malades (plusieurs dizaines) ont montré un taux de létalité de plus de 5 % qui incite à la prudence.
Aux États-Unis on rapporte en moyenne 110 cas de botulisme par an. 25 % relèvent du botulisme alimentaire, 72 % du botulisme infantile, et le reste du botulisme par blessure. Les épidémies de botulisme alimentaire touchant deux personnes ou plus sont habituellement dues à la consommation de conserves avariées faites à la maison. Le nombre de cas de botulisme alimentaire et infantile a peu varié au cours de ces dernières années, mais le botulisme par blessure a augmenté en raison de l'utilisation de l'héroïne brune (black tar), surtout en Californie.
Le botulisme infantile est aux États-Unis la forme la plus répandue de la maladie, l’infection se produit par germination des spores dans l'intestin d'un enfant en bas âge et a pour conséquences constipation, faiblesse générale, perte de la tenue de la tête et difficulté à s’alimenter. Aux États-Unis ces symptômes ont donné au botulisme infantile le nom du syndrome du sloppy baby (« bébé flasque »).
L'origine de la contamination des nourrissons est l'ingestion de produits sucrés, tels que le miel, le sirop de maïs. En effet les spores de C. Botulinum sont largement répandues dans l'environnement et sont de plus parmi les rares à pouvoir survivre dans le miel. Chez les enfants en bas âge, le suc gastrique est dépourvu d'acidité, ce qui combiné à une température favorable et à un environnement anaérobie, crée un milieu idéal pour le développement des spores de C- botulinum en bactéries productrices de la toxine. Alors que ces spores sont inoffensives pour les adultes, en raison de l'acidité de l'estomac, elles ne sont pas détruites par le système digestif insuffisamment développé d'un nourrisson. Il y a à cet âge une immaturité de la flore bactérienne intestinale et la bactérie microbiota ne réside pas encore dans le tube digestif en quantité suffisante pour lutter contre C. botulinum et le détruire. Ainsi, dépourvu d’adversaire, C. botulinum peut s’y installer.
C'est la raison pour laquelle on recommande de ne jamais donner aux bébés ni miel, ni aucun autre produit sucré quel qu’il soit jusqu’au sevrage.