Le Code de Nuremberg (1947) est un code déontologique composé de dix règles sur l'expérimentation humaine. La première de ces règles est le consentement des personnes ; l'expérimentation doit être nécessaire ; on doit évaluer la proportionnalité entre les risques pour le patient et le bénéfice pour la science ; le but de l'expérimentation doit être scientifique. C'est à ce titre que les médecins nazis ont été condamnés, le tribunal jugeant qu'en vertu de la dignité de la personne humaine,le principe de non-rétroactivité de la loi ne s'appliquait pas.
L'assemblée de l'Association médicale mondiale à Helsinki en 1964, puis la conférence internationale de Manille de 1981, s'inspirant des travaux de Nuremberg, ont émises des déclarations internationales sur l'expérimentation. Suite à Nuremberg et Manille, les pays vont peu à peu encadrer les expérimentations.
En France, il faut attendre la loi du 20 décembre 1988 pour que soit réglementé l'expérimentation humaine, qui se limite à celle effectuée sur des cobayes consentants. La loi pose le principe général de la non-rémunération des expérimentations. Par la suite, la loi du 29 juillet 1994 sur le corps humain, le don et l'utilisation des éléments et produits du corps humain, a posé les bases du droit actuel en matière de bioéthique, en particulier le principe d'indisponibilité du corps humain, qui interdit par exemple la vente d'organes, n'autorisant que le don. Avec la loi du 6 août 2004 modifiant celles de 1994, le terme de « bioéthique » apparaîtra pour la première fois en droit positif français. Elles traitent de deux thèmes majeurs : la question du clonage de l'embryon et des prélèvements d'organes.
L'article 40 de la loi prévoyait une révision en 2009. Elle a été repoussée à 2010, et doit s'appuyer sur un rapport, qui contient 95 propositions (dont le maintien de l'interdiction de gestation pour autrui, de la recherche embryonnaire, sauf dérogation (limitée à 5 ans comme c'est déjà le cas). Le rapport propose aussi de maintenir l'interdiction de transfert d'embryon post-mortem, sauf pour des femmes concernées par un projet parental engagé et interrompu par la mort du conjoint. Une notion de don croisé (échange anonyme d'organe compatible entre 2 familles) est proposée. Les conditions de l'aide à la procréation pourraient être assouplies (il fallait 2 ans de vie commune pour les personnes pacsées et il devait s'agir d'un homme et d'une femme), avec priorité aux personnes ayant un problème médical. La trisomie pourrait être systématiquement recherchée lors du diagnostic préimplantatoire comme le demandait le CCNE en oct 2009. Ce rapport comprend un bilan de l'application des trois lois du 29 juillet 1994 et loi du 6 août 2004, définit les enjeux éthiques et juridiques posés par les évolutions scientifiques, pour éclairer les discussions préparatoires à la nouvelle loi de bioéthique (prévue pour 2011). Les grandes questions listées par le rapport au cours des auditions sont l'assistance médicale à la procréation, le diagnostic prénatal, les droits de la personne, les caractéristiques génétiques, le don et l'usage d'éléments et produits ou sous-produits du corps humain, la recherche sur l'embryon, les cellules souches, le clonage thérapeutique et des questions émergentes posées par les neurosciences et les nanobiotechnologies.
La bioéthique est devenue un sujet d'actualité, suite aux manipulations génétiques effectuées sur les plantes alimentaires, au clonage et à l'utilisation d'embryons humains. Historiquement, elle est apparue au moment où le pouvoir fourni par la médecine est devenu plus important (maîtrise de la fécondité par les femmes grâce à la pilule contraceptive, apparition des premiers services de soins intensifs avec la possibilité, inconnue jusqu'alors, de l'acharnement thérapeutique et la difficulté inédite qu'il y avait à prendre la décision d'arrêter un traitement devenu futile). De même, l'évolution de l'attitude à l'égard de la science faisait qu'elle ne bénéficiait plus d'une aura systématiquement positive (Bombe atomique, expériences des médecins nazis). Enfin, Harry Beecher, dans un article qui fait date dans l'histoire de la bioéthique, avait dénoncé des expériences médicales moralement inacceptables.
Parmi les questions préoccupant les éthiciens pour leurs enjeux nouveaux dans ce domaine, de manière non-exhaustive, on peut citer :
Si la transgénèse pose le problème de la bioéthique, les réactions les plus fréquentes face au génie génétique sont largement fonction de l'objectif final, plus que de l'organisme concerné, tout du moins lorsque cet organisme n'est pas d'origine humaine. En 1975, la conférence d'Asilomar avait déclaré un moratoire sur ces recherches, le temps de la réflexion, qui a été levé par la suite.
Ainsi, le génie génétique ayant des buts médicaux et pharmaceutiques (fabrication de vaccins, thérapie génique, diagnostic prénatal) est-il mieux perçu que les manipulations ayant des buts alimentaires ou ludiques (OGM, clonage d'animaux familiers) qui soulèvent beaucoup plus de problèmes.
Les manipulations humaines (profil génétique, clonage reproductif, amélioration) sont de plus en plus débattues par la communauté scientifique.
Le problème du brevetage du vivant consiste à savoir si une séquence de gènes est brevetable et si les applications de sa découverte, médicaments, tests, etc., le sont également. C'est un enjeu de première importance pour les entreprises qui ont investi des sommes d'argent considérables dans le décodage du génome humain, mais également pour les éventuels progrès de la connaissance induits par la découverte de ces gènes. En outre, la question des brevets de médicaments pose le problème de l'accès au soin pour les plus pauvres. Une législation mal adaptée pourrait conduire à la biopiraterie.
Selon une déclaration de l'Unesco du 11 novembre 1997, le génome humain est un patrimoine de l'humanité et il ne peut faire l'objet de commercialisation. Le décodage du génome ne peut être breveté ; mais à partir de ce décodage, les applications thérapeutiques peuvent l'être.
Outre les problèmes relatifs au brevetage des gènes, de nombreux autres affaires ont été soulevées devant les juges (Moore v. Regents of the University of California (en) en 1990, la Cour suprême de Californie ayant admis la possibilité pour les médecins de breveter une lignée cellulaire, similaire à la lignée cellulaire HeLa, créée à partir des cellules d'un patient, sans son consentement. En France, le Comité consultatif national d'éthique (CCNE) a examiné ce problème dans son avis n°98 (2006) sur la « commercialisation des cellules souches humaines et autres lignées cellulaires ».
Le concept de nature a été utilisé par certains, parfois de façon arbitraire, comme critère du Bien.
Aujourd'hui, l'homme aurait acquis le pouvoir technique de créer du nouveau dans la nature et dans l'espèce humaine. Il faut cependant nuancer cette position puisque la sélection par l'homme des caractéristiques génétiques qui lui convenaient sur les plantes et les animaux datent depuis plusieurs millénaires (plantes greffées, création de races d'animaux...). Ce pouvoir direct des individus sur le génome, pour satisfaire leurs intérêts, nous fait porter un nouveau regard sur l'évolution de la vie telle que nous la connaissons (Théories de l'évolution). La question des bénéfices et des risques impliqués se pose.
De nombreuses personnes redoutent une appropriation de la nature par l'homme et réclament la (re)définition des règles morales actuelles.
La vision la plus traditionaliste demeure assez anthropocentriste et pose comme exigence la minimisation de l'impact de l'homme sur son environnement, de façon à pouvoir le conserver intact et propre à la vie humaine (vie des générations futures). Cette vision est celle couramment suivie en France.
Une approche différente cherche à replacer l'homme au sein de la biosphère. Elle repose sur le concept d'écologie profonde et soutient que l'homme n'a pas plus de droits que les autres espèces vivantes et doit respecter la nature, fut-ce à ses dépens. Il est à noter cependant, que les activités du vivant contribuent à modifier son environnement, comme l'ont fait par exemple, les premières plantes qui ont colonisé la planète, en modifiant la composition de l'atmosphère terrestre par leurs rejets d'oxygène et de dioxyde de carbone.
Le courant utilitariste anglo-saxon, principalement développé par les anglophones Jeremy Bentham et John Stuart Mill, redéfinit les personnes qui sont le sujet de la bioéthique ; c'est la définition actualiste des personnes. Pour eux, seules sont des personnes ceux qui présentent certaines caractéristiques, en particulier la conscience de soi, la capacité de communiquer, la possession d'intérêts, de projets, d'une rationalité...
Les êtres humains qui n’actualiseraient pas ces conditions ne sont donc pas considérées comme des personnes, comme par exemple : les embryons, les nouveau-nés, les déments, les comateux, etc.
À l'inverse, il y a des personnes qui ne sont pas des êtres humains, comme certains animaux supérieurs (grands singes anthropoïdes...), auxquels certains attribuent justement les caractéristiques de la personne sans pourtant pouvoir utiliser ce terme. En philosophie de l'esprit, H.G. Frankfurt définit précisément ce qui constitue une personne. Suivant cette position, une type d'entité ne peut être considéré comme une personne que s'il possède des volitions de second degrés. Autrement dit, si cette entité désire désirer faire X et si son désir de "désirer faire X" forme sa volonté, alors c'est une personne.
L’enjeu de la bioéthique n’est alors plus ni obligations ni devoirs, ni valeurs en soi, mais la satisfaction des intérêts des différentes personnes, humaines ou animales. C'est l'"éthique des intérêts". Tous les intérêts se valent et doivent être pris en considération d'égale manière ; ils ne sont pas jugés en eux-mêmes. Le principe directeur de cette éthique est ainsi le principe de justice distributive : il faut satisfaire le plus possible d’intérêts du plus grand nombre de personnes, quels qu'ils soient. Les deux principaux intérêts sont la recherche du bonheur et éviter la souffrance ; la moralité d'une action est une réalité qui peut être démontrée et mesurée, à partir de ces motivations élémentaires des êtres vivants sensibles.
Dans ce but, la bioéthique utilitariste introduit la notion de bilan éthique. Ainsi, une vie peut être sauvée aux dépens d'une autre si la qualité de la vie sauvée dépasse celle de la vie sacrifiée. Par exemple, un porc (espèce biologiquement très proche de l'homme et de taille similaire, donc potentiellement intéressante pour des greffes d'organes) est généralement jugé avoir une vie moins riche, moins épanouie, et donc de moindre qualité que celle d'un humain. Le sacrifice du porc pour sauver l'humain serait donc moralement défendable.
Toutefois, les utilitaristes indiquent également que certaines vies humaines peuvent être si dégradées (personnes "légumes", comas profonds irréversibles, personnes dont les souffrances sont extrêmes et incurables) que leur qualité est inférieure à la qualité de vie de certains animaux. Ainsi, pour être cohérent, il ne faudrait pas seulement permettre l'utilisation de xénogreffes, mais également ne pas rejeter a priori l'utilisation des organes de certains humains grabataires.
La démarche utilitariste est une démarche rationnelle qui consiste à mettre en balance le positif et le négatif d'une action eu égard à ses conséquences globales. Autrement dit, une action est moralement acceptable à partir du moment où elle est jugée plus utile que nuisible, non pas du seul point de vue de la personne qui agit mais du point de vue du bien commun de l'ensemble des personnes que cette action affecte. Tout le questionnement éthique réside alors dans l'évaluation du bilan d'une action, et de nombreux débats et polémiques naissent de la difficulté de cette évaluation.
Néanmoins, ce courant fait l'objet de beaucoup de critiques, en particulier parce qu'il ouvre la voie à de nombreuses dérives. Ainsi, certains évalueraient par exemple que l'euthanasie des personnes âgées serait globalement utile, car d'un côté elle ferait faire de substantielles économies profitant à tout le monde, et de l'autre côté elle ne serait selon eux que peu préjudiciable aux personnes concernées qui ne perdraient que quelques années d'une vie de déchéance et de souffrance.
De plus, en droit, tout être humain est détenteur de droits (droits de l'homme) ; il est théoriquement impossible de les enfreindre. Il faut nuancer cette position, cependant, puisqu'elle revient en partie à reporter le débat sur la qualification au sens scientifique de ce qu'est l'être humain. On pourrait ainsi, par exemple, dire que les embryons ne seraient pas des êtres humains.