La biodiversité est devenue un motif de préoccupation mondiale. Au début du XXIe siècle, il plane un doute sur l'extinction massive des espèces, mais la plupart des observateurs admettent la disparition accélérée de nombreuses espèces, et considèrent essentiel que cette diversité soit préservée, selon le principe de précaution.
La présence de l'homme, mais surtout l'intensivité de ses actions, perturbent les équilibres écologiques avec, notamment dans les plaines, une destruction et fragmentation croissante des habitats, devenus deux des principaux facteurs de la perte d’un haut niveau de richesse biologique, l'autre étant les invastions biologiques. Une grande partie des activités humaines semblent compatibles avec le maintien d’une biodiversité importante à condition que certaines règles de gestion et d’aménagement soient respectées. Certaines demandent de profonds changements, sociaux, politiques et économiques.
Deux types d'options de conservation de la biodiversité émergent : la conservation in situ (dans le milieu naturel), et ex situ (hors du milieu naturel). La conservation in situ est souvent vue comme la stratégie idéale, mais est rarement possible. De nombreux cas de destruction d'habitats d'espèces rares ou d'espèces en voie de disparition requièrent la mise en place de stratégies de conservation ex situ. Certains estiment que les deux types de conservation sont complémentaires.
Un exemple de conservation in situ est la mise en place de zones de protection. La conservation de gènes dans des banques de semence est un exemple de conservation ex situ, laquelle permet la sauvegarde d'un grand nombre d'espèces avec un minimum d'érosion génétique.
De manière générale, la préservation de la biodiversité implique la préservation des grands équilibres écologiques, à quelque échelle que ce soit : habitat, forêt, région, monde... Équilibres qui, s’ils sont rompus, entraînent de graves dysfonctionnements biologiques aux conséquences souvent désastreuses, parfois imprévisibles, sur les sociétés humaines en général et leur fondement économique en particulier.
L'évolution de la biodiversité était l'un des sujets les plus discutés lors du Sommet pour le développement durable, à Rio de Janeiro, dans l'espoir de la mise en place d'un fond de conservation global pour le maintien des espèces et des collections (conservatoires, banques de graines, etc.). C'est également lors de ce sommet que le 22 mai a été déclaré Journée internationale de la biodiversité. La Convention sur la diversité biologique votée à Rio, avant d'être ratifiée par ses Parties-membres, engage les états signataires et l'Union Européenne à prendre des mesures de conservation et d'utilisation durable de la biodiversité ainsi qu'au partage équitable des bénéfices découlant de l'utilisation des ressources génétiques. Le partage des avantages découlant de l'exploitation des ressources génétiques est régit par des contrats privés. Mais il semble, que pour une application efficace de la Convention sur la diversité biologique, il faut aujourd'hui tenir compte des utilisateurs. La responsabilité de l'utilisateur peut permettre une réactualisation des problématiques ainsi que l'ouverture de nouveaux chantiers d'étude. Cette implication peut s'exercer sur différents domaines tels que: le transfert des technologies, la divulgation de l'origine des ressources génétiques ou l'accès à la justice en cas de différend.
La convention de 1972 de l'Unesco sera utilisée pour aboutir sur un accord juste sur le partage des bénéfices résultants. La bioprospection peut devenir ce qui a été appelé biopiraterie quand ces règles ne sont pas respectées.
La biodiversité urbaine, et celle de la nature banale sont aussi des préoccupations émergentes, avec quelques expérimentations d'intégration dans la gestion urbaine et l'architecture (Construction à biodiversité positive, quinzième cible HQE, etc.).
L'ONU a mis en place la FAO pour répondre aux questions d'agriculture et d'élevage et l'OMS pour les questions de santé, mais il n'y a pas d'Agence mondiale pour la Biodiversité. Une démarche consultative de 2006 à 2008 (IMoSEB qui signifie International Mechanism Of Scientific Expertise on Biodiversity) a défini les contours d'un organisme scientifique de type IPCC sur le thème de la biodiversité, en s'appuyant sur une série,d'étude et de consultations comme le recommandations d'un groupe de travail international (Leipzig workshop) sur les interfaces Science-Décideurs pour une bonne gouvernance de la biodiversité (International Science-Policy Interfaces for Biodiversity Governance). En février 2007 à Paris, le président Jacques Chirac a apporté le soutien de la France à l'idée de création d'une Agence mondiale de l'Environnement.
À la suite du processus IMoSEB et de la Stratégie de poursuite de l'Évaluation des écosystèmes pour le millénaire, l'intiative IPBES (Intergovernmental Science Policy Platform on Biodiveristy and Ecosystem Services) a été lancée par l'UNEP pour l'établissement d'un tel mécanisme d'interface sur la biodiversité. L'OCDE a de son côté, en 2002, publié un Manuel d'évaluation de la biodiversité, à l'intention des décideurs,
En 2008, une résolution avait reconnu la nécessité d'un réseau européen d'espaces naturels à « haute-naturalité », dits zones de nature vierge ou de wilderness c'est-à-dire très peu modifiées par les activités humaines.
En 2009, l'Europe a proposé huit axes d'actions et orientations communautaires pour l’après-2010, comme suites de son plan d’action européen pour la biodiversité : améliorer la communication sur l’importance de la diversité biologique (afficher des objectifs post 2010 qui soient clairs, ambitieux et mesurables, incluant des sous-objectifs par secteurs), renforcer la recherche et développer le réseau européen de zones protégées (notamment marine), en s’attachant à aussi protéger la biodiversité « ordinaire » hors des zones protégées (intégration de la biodiversité dans les politiques communautaires, élaboration d’un programme pour lutter contre les « espèces envahissantes », préservation de la structure et des fonctions des sols...), protéger la biodiversité mondiale (lutte contre la déforestation), intégrer transversalement la biodiversité dans tous les domaines d’action (notamment via l’étude en cours sur la valeur économique de la biodiversité (TEEB), encourager l'écoéligibilité et des mécanismes financiers tenant compte de la biodiversité), mieux financer la protection et gestion restauratoire de la biodiversité (éventuel instrument spécifique, mobilisation d'argent privés...), développer des synergies entre protection de la biodiversité et du climat.
L'Europe a mis en place une base de donnée (BiodivERsA) sur les grands fonds, acteurs et programmes concernant la recherche en biodiversité.
Pour la conférence d’Athènes, le forum européen des habitats a présenté ses propres pistes et priorités, incluant le choix d’un « objectif mondial et européen pour 2020, fondé sur des indicateurs vérifiables, et le lancement d'une réflexion sur un objectif pour 2050.
L'UE veut combler ses lacunes (en améliorant la transmision des informations envoyées par les états-membres, en définissant un niveau de référence et des indicateurs associés pour les espèces, habitats, écosystèmes afin qu'en juin 2010 l'AEE puisse lancer son système d'information européen sur la biodiversité (dit BISE) et produire de nouveaux plans stratégiques, avec un effort pour le milieu marin via notamment le réseau européen d'observation de données du milieu marin (EMODNET).
L'UE soutient la « plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques » (IPBES) prévue pour 2010.