L'évaluation du millénaire, après la conférence de Rio a réattiré l'attention du monde sur le rapide déclin de la biodiversité. Ce déclin s'est encore accru de 2005 à 2008 selon le rapport de mi-étape d'une étude consacrée à l’économie des écosystèmes et de la biodiversité qui conclut que sans actions fortes, la perte associée de services écosystémiques s’accélérera. Au rythme du début des années 2000, 11 % seulement des espaces naturels existant en 2000 auront disparu avant 2050 et près de 40 % des sols actuellement exploités extensivement (ce qui permet la survie d'une partie significative de la biodiversité ordinaire) seront converties à l'agriculture intensive. La surpêche, la pollution, les maladies, les espèces invasives et le blanchissement des coraux pourraient causer la disparition de 60 % des récifs coralliens d'ici 2030. Ceci menace le fonctionnement de la planète et les économies et sociétés humaines conclue ce même rapport qui évalue qu'un scenario de statut-quo conduira à une « perte annuelle de bien-être due à la disparition de services écosystémiques » pouvant atteindre 6 % du PIB mondial d’ici 2050.
La Commission a en 2009 puis 2010 reconnu que ses efforts pour améliorer le réseau Natura 2000 (dont en mer), n'ont pas suffit pour tenir l'objectif de diviser par deux ou stopper le déclin de biodiversité avant 2010. Sauf pour quelques espèces protégées, ou banales, la biodiversié continue à régresser au niveau des écosystèmes, des espèces, des populations et des gènes en Europe :
L'analyse d'un premier « bilan de santé » des espèces et des habitats théoriquement protégés au titre de la directive Habitats a montré en 2008 que « l’état de conservation de 50 % des espèces revêtant un intérêt européen est défavorable. Pour les habitats, le chiffre pourrait atteindre 80 % ». En 2008, plus de 40 % des espèces d'oiseaux ont un état de conservation défavorable en Europe. Quelques espèces reconstituent leurs populations (ex. : héron, cormoran). Le déclin des oiseaux des champs semble commencer à se stabiliser, mais le rapport d'évaluation 2008 du plan européen d'action de la biodiversité conclue que des résultats positifs ne « pourront être reproduits à plus grande échelle qu'au prix d'efforts beaucoup plus importants » ; « Il est fort peu probable – sur la base des efforts actuels – que l'objectif global d'enrayer le déclin de la biodiversité dans l'UE d'ici 2010 puisse être “atteint” ni même “approché” sans d'“importants efforts supplémentaires tant au niveau communautaire qu'au niveau des États membres”. ». La directive Oiseaux a aidé à enrayer le déclin de nombreuses espèces d’oiseaux européennes. Le projet SEBI 2010 (Streamlining of European Biodiversity Indicators) piloté par l’Agence européenne pour l'environnement a confirmé une amélioration de la qualité des eaux, mais des problèmes de perturbateurs endocriniens préoccupent toujours les spécialistes, de même que les espèces invasives de plus en plus nombreuses, dont les impacts augmentent