Dans la préface de l'ouvrage collectif Tibet, l'envers du décor (1993), il écrivait : « D’abord, il convient d’affirmer que le Tibet est un pays, avec un passé et un présent, comme le prouve le livre riche et passionnant qui suit. En 1950, la Chine a envahi puis annexé le Tibet. » Il dénonce alors le bilan catastrophique de l'occupation chinoise du Tibet : plus d'un million de Tibétains seraient morts, imposition par la politique de l'enfant unique entraînant avortements et stérilisations forcées, devastations écologiques, stockage de déchets radioactifs et expériences nucléaires, mortalité infantile élevée, transfert massif de population chinoise au Tibet, suppression de la religion, pillage des monastères et du patrimoine. Il conclut en indiquant qu'avec la Chine, « qui offre ses marchés, on a préféré le commerce aux Droits de l'homme » puis « En ces temps de certitudes brisées et de triomphe apparent de la Démocratie, alors que partout exclusions et nationalismes se renforcent, nos enfants nous jugeront sur notre attitude face aux malheurs des Tibétains. » Il a rencontré le 14e Dalaï Lama dès 1989 et à plusieurs reprises depuis. Il devait le rencontrer à Nantes, mais il le rencontrera le 22 août 2008, en compagnie de Carla Bruni-Sarkozy, lors de l'inauguration de temple de Lerab Ling de Sogyal Rinpoché à Roqueredonde près de Lodève.
En 2008 Bernard Kouchner alors Ministère des Affaires étrangères indique à propos du Tibet« Penser que la politique étrangère se résume à une attitude stricte de suivi des droits de l'Homme, c'est une illusion ».
En mai 1994, un mois après le début du génocide au Rwanda, alors que Kouchner n'est plus ministre, il se rend au Rwanda avec Renaud Girard, alors grand reporter au Figaro dans le but d'évacuer des orphelins tutsis retenus à l'hôtel des mille-collines de Kigali. Sur place, le général Dallaire, commandant de la force de l'ONU, la Minuar qui contrôle l'hôtel des mille-collines, est hostile à ce projet « d'exporter des enfants rwandais… pour que quelques Français bien-pensants se sentent un peu moins coupables du génocide. » . Kouchner obtient cependant l'accord de toutes les parties le 16 mai, mais rentre à Paris le 18 mai avant la réalisation du projet. L'évacuation commence le 4 juin.
À cette époque, dans une déclaration au journal Le Monde du 20 mai, Kouchner reste solidaire de la politique française au Rwanda :
« Dans toutes les politiques africaines, il y a des zones d'ombre […] mais il ne faut pas exagérer : au Rwanda, la France n'a pas soutenu que ceux qui sont devenus des assassins. Elle a respecté ses accords de gouvernement, mais elle a aussi soutenu les accords d'Arusha qui ouvraient la voie à une réconciliation nationale. »
Kouchner effectue deux autres voyages au Rwanda, à la mi-juin et fin juillet. Lors du voyage de mi-juin, il discute avec le leader tutsi Paul Kagame d'une possible intervention française (l'Opération Turquoise). C'est en tant que député européen qu'il effectue le voyage de juillet alors que Kagame est devenu le vice-président du nouveau gouvernement rwandais. Dans son livre polémique Le monde selon K. paru en 2009, Pierre Péan a défendu l'idée que Kouchner radicalise alors son discours, devenant un militant de la cause tutsie, dénonçant à la fois la responsabilité exclusive des Hutus et le rôle néfaste de la France.
Kouchner s'est rendu pour la première fois au Kurdistan irakien en septembre 1974, accompagné de ses collègues de MSF Max Récamier et Jacques Bérès. Il reste une quinzaine de jours dans le réduit contrôlé par Moustafa Barzani où vivent environ deux millions de personnes. Il y rencontre Idriss, le fils de Moustafa et constate que les Kurdes manquent plus de médicaments que de médecins. En France, le régime irakien de Saddam est soutenu aussi bien par Jacques Chirac que par une frange du PS où l'on trouve Jean-Pierre Chevènement. L'aide aux Kurdes crée également un clivage au sein de MSF, qui voit dans l'aide aux Kurdes un alignement sur des positions américaine et israélienne. Philippe Bernier, pro-irakien, est mis en minorité, mais Kouchner n'obtient pas l'autorisation de publier un article dans Le Monde. Par la suite, Kouchner a toujours gardé des rapports avec les Kurdes. Il effectue plusieurs autres voyages clandestins au Kurdistan. En 1983, en pleine Guerre Iran-Irak, il rencontre Jalal Talabani, un leader kurde qui s'oppose plus ou moins aux Barzani et devint président d'Irak en 2005.
En 1991, à l'issue de la défaite militaire de Saddam Hussein dans la Guerre du Golfe, Kouchner, alors secrétaire d'état chargé de l'action humanitaire, réclame dans Le Monde que les armées de coalition poussent jusqu'à Bagdad pour renverser le tyran. Pendant la guerre du Golfe, les Kurdes et les chiites s'étaient révoltés, et le cessez-le-feu permettait à l'armée de Saddam d'aller mâter les révoltes. Un groupe de pression formé autour de Kouchner, André Glucksman, Yves Montand, Danielle Mitterrand obtient que la France fasse voter au Conseil de sécurité des Nations unies la résolution 688 qui ouvrait la voie à une opération militaire pour protéger les populations civiles. Il effectue ensuite plusieurs voyages en Turquie et en Iran d'où sont organisés des parachutages sur le Kurdistan irakien. Ensuite, en vertu de la résolution 688, les aviations américaine et britannique assurent la sécurité d'un sanctuaire kurde, en territoire irakien. C'est dans ce sanctuaire que Kouchner se rend en compagnie de Danièle Mitterrand en juillet 1992. En 1994, alors que les partisans de Barzani et ceux de Talabani s'entredéchirent, il convainc François Mitterrand d'inviter les deux factions kurdes à Rambouillet, ce qui n'empêche pas la guerre entre Kurdes de durer encore deux ans.
Kouchner se rend une dernière fois au Kurdistan en octobre 2002, alors que la gerre civile kurde a pris fin et que les Américains de George W. Bush sont en train de préparer la Guerre d'Irak. Il y rencontre Talabani qui l'assure que les Kurdes souhaitent la guerre américaine.
Le 4 février 2003, il publie un éditorial avec Antoine Veil dans le Le Monde intitulé « Ni la guerre ni Saddam » où il se déclare opposé à l'imminente guerre en Irak, Saddam Hussein devant être contraint à abandonner le pouvoir par la pression diplomatique, via l'ONU.
Toutefois, la perspective d'un départ négocié du dictateur irakien s'éloignant, et devant le raidissement des positions entre les partisans de la guerre, groupés autour des États-Unis et du Royaume-Uni, et leurs opposants, emmenés par la France, la Russie et la Chine, sa position évolue, et il dénonce l'éventualité d'un veto de la France au Conseil de sécurité de l'ONU. Au printemps 2003, il est, avec André Glucksmann, Pascal Bruckner, Alexandre Adler, Romain Goupil, Alain Madelin, Pierre Lellouche, Hervé Mariton, l'une des rares personnalités françaises à ne pas désapprouver la guerre engagée par les États-Unis et leurs alliés contre l'Irak.
Les premières prises de position de Kouchner vis à vis de l'État d'Israël et des Palestiniens date de la Guerre des Six Jours, alors qu'il collabore avec Emmanuel d'Astier de La Vigerie à l'éphémère mensuel L'Évènement. Ce fut d'ailleurs un motif de rupture entre les deux hommes, Kouchner ne supportant pas les reportages d'Astier qu'il estime complaisants sur des dirigeants arabes comme Nasser ou le roi Hussein de Jordanie. La position que Kouchner avait exprimée dans un dossier de L'Évènement (« La volonté nationale du peuple palestinien est légitime et rien n'interdit sa coexistence avec le peuple d'Israël ») étant proche de celle de Marek Halter, il rejoint ce dernier au Comité international de la gauche pour la paix au Proche-Orient mais se démarque du soutien inconditionnel aux Palestiniens contre l'État sioniste, fréquente chez les jeunes juifs d'extrême gauche de son entourage (voir antisionisme).
Dans les années qui suivent, marquées par les répercussions du problème palestinien en Jordanie et au Liban, Kouchner effectue de fréquentes missions humanitaires dans cette région du monde. Avant la création de MSF, dès septembre 1970 (ultérieurement appelé Septembre noir par les Palestiniens), Kouchner répond à un appel du Comité international de la Croix-Rouge. Il se rend alors avec Max Récamier et deux autres médecins en Jordanie où l'affrontement entre l'armée du roi Hussein de Jordanie et les Palestiniens de Yasser Arafat a tourné au désavantage de ces derniers, massacrés par dizaines de milliers. Les quatre médecins français montent un dispensaire en collaboration avec le service de santé palestinien.
Quelques années plus tard, en 1976, sa présence au Liban se situe dans le cadre de Médecins sans frontières dont il est l'une des figures de proue. À l'invitation du Croissant Rouge palestinien, MSF installe un hôpital de fortune dans la banlieue de Beyrouth, à Nabaa, enclave chiite dans un quartier tenu par les phalanges chrétiennes. Kouchner qui avait participé à l'installation s'y rend pratiquement chaque mois pour accompagner les nouvelles équipes. Il se rend aussi à Saïda, ravagé par les bombardements israéliens où MSF s'était installé dans un hôpital, puis, en 1978, dans le quartier chrétien de Beyrouth bombardé par les Syriens. Dans les années 1980, alors qu'il a quitté MSF, Kouchner retourne fréquemment au Liban. En 1989, lors de l'offensive syrienne, Kouchner, chargé de l'action humanitaire dans le gouvernement Rocard, obtient qu'un bateau militaire, La Rance soit mise à sa disposition pour l'évacuation des blessés.
Il soutient en personne l'Initiative de Genève, plan de paix alternatif prévoyant la création d'un État palestinien aux côtés d'Israël, et prend part au « groupe de contact » soutenant l'initiative. Kouchner est reçu Docteur honoris causa de l'Université hébraïque de Jérusalem (UHJ) en 2005. En 2007, sa nomination comme ministre des Affaires étrangères après l'élection de Sarkozy est vue de manière très positive par les milieux gouvernementaux israéliens qui s'étaient inquiétés de la possible nomination d'Hubert Védrine à ce poste.
Bernard Kouchner se bat pour aider les réfugiés du Darfour et, lors de son arrivée à ses fonctions de ministre des Affaires étrangères, il affirme vouloir y ouvrir un couloir humanitaire.
Un de ses anciens collègues de Médecins sans frontières, le docteur Denis Lemasson, considère cela comme un mélange entre approche militaire et humanitaire, et y voit un rapport récent entre le rejet par les gouvernement soudanais et tchadien de l'exploitation du pétrole par le groupe français Total dans la région.
Lorsque l'association Arche de Zoé tente d'emmener en France des enfants du Tchad, les présentant comme orphelins du Darfour, et que ses membres sont arrêtés et inculpés par la justice tchadienne d'« enlèvement de mineurs en vue de compromettre leur état civil » et d'« escroquerie », Éric Breteau, un des principaux organisateurs de l'association, accuse Bernard Kouchner, alors ministre des Affaires étrangères, d'être impliqué dans l'affaire.