Les flottilles basées sur la BAN sont plus particulièrement chargées de la patrouille maritime et du sauvetage en mer au moyen de Falcon 50 ainsi que des bimoteurs de guet aérien embarqués E-2 Hawkeye lorsqu'ils ne se trouvent pas sur le porte-avions Charles-de-Gaulle.
Cette base accueille également depuis les événements du 11 septembre 2001 des Rafale et quelques Mirage de l'Armée de l'Air qui se relaient en provenance de différents escadrons pour assurer la défense aérienne et la surveillance des trafics en provenance des lignes aériennes transatlantiques.
On y trouve également des bimoteurs Embraer EMB-121 Xingu.
En 2010 et 2011, suite à la fermeture programmée de la BAN Nîmes-Garons, les flottilles 21F et 28F gagnent la BAN Lann-Bihoué, tout comme un certain nombre d'autres entités basées à Nîmes (CENTEX PATSIMAR, École du Personnel Volant…).