Après une première année à titre temporaire, elle accepta une position permanente à Cold Spring Harbor. Elle y fut largement productive et continua son travail sur le breakage-fusion-bridge cycle, l'utilisant comme substitut aux rayons X comme un outil pour cartographier de nouveaux gènes. En 1944, en reconnaissance de son implication dans le domaine de la génétique durant cette période, McClintock fut élue à l'Académie nationale des sciences — elle était la troisième femme à y être élue. En 1945, elle devint la première femme présidente de la Genetics Society of America. En 1944, elle entreprit une analyse cytogénétique de Neurospora crassa suite à la suggestion de George Wells Beadle, qui avait utilisé les mycètes pour démontrer la relation "un gène-une enzyme". Il l'invita à Stanford pour débuter l'étude. Elle réussit à décrire le nombre de chromosomes, ou caryotype, de Neurospora crassa et décrivit son cycle de vie entier. Neurospora crassa est depuis devenu un organisme modèle pour l'analyse génétique classique.
Depuis sa mort, McClintock a été le sujet de travaux biographiques par l'historien de science Nathaniel Comfort, dans The tangled field : Barbara McClintock's search for the patterns of genetic control. La biographie de Comfort conteste certaines affirmations à propos de McClintock, les décrivant comme le « mythe McClintock », qui avait été perpétué suite à la biographie de Keller. La thèse de Keller était que McClintock a longtemps été ignorée parce qu'elle était une femme travaillant en sciences, alors que Comfort assure que McClintock était plutôt bien vue par ses pairs, même dans ses premières années de carrière. Bien que Comfort argumente que McClintock n'était pas une victime de discrimination sexuelle, elle est citée dans plusieurs études féminines (gender studies), et certains travaux récents de biographie sur les femmes en sciences y rapportent son expérience. Elle y joue le rôle d'un modèle pour les filles dans des livres de littérature enfantine tels que ceux d'Edith Hope Fine Barbara McClintock, Nobel Prize geneticist, de Deborah Heiligman Barbara McClintock: alone in her field et de Mary Kittredge Barbara McClintock ou Naomi Pasachoff, Barbara McClintock, Genius of Genetics.
McClintock a été la vedette d'une émission de quatre timbres en 1989 en Suède illustrant le travail de généticiens ayant remporté un prix Nobel. De plus, le 4 mai 2005, le Service postal américain publia une série de timbres postaux commémorant les scientifiques américains, un ensemble de quatre timbres de 37 sous auto-adhésifs en plusieurs configurations. Les scientifiques représentés étaient Barbara McClintock, John von Neumann, Josiah Willard Gibbs et Richard Feynman.
Un bâtiment à l'Université Cornell porte aujourd'hui son nom.