Quelques jours plus tard, le 20 février 1959, John George Diefenbaker, le premier ministre du Canada de l'époque, annonça à la Chambre des Communes l'annulation du projet Arrow. Officiellement, les arguments étaient que le projet était trop coûteux et qu'il ne répondait plus aux exigences après l'apparition des missiles intercontinentaux. L'Arrow étant incapable de faire face à cette nouvelle menace, il valait mieux confier la défense à des missiles sol-air BOMARC américains qui étaient efficaces à la fois contre les bombardiers et les missiles.
Il faut dire que les coûts de développement du Arrow avaient très nettement augmenté depuis que le développement de l'appareil étaient passé d'Avro à l'Aviation royale du Canada : évalués initialement entre 2 et 4 millions de $CAN par appareil, le prix unitaire atteignait maintenant 12,5 millions (à comparer aux 2 millions pièce des missiles BOMARC). Parallèlement, après l'apparition des missiles intercontinentaux, de plus en plus de spécialistes considéraient que l'avenir était aux missiles guidés et non plus aux avions pilotés. Enfin, les retards s'accumulaient, notamment en ce qui concerne la mise au point de la conduite de tir, confiée à RCA Victor et Honeywell Canada après le désistement de Hughes Aircraft.
Officieusement, la découverte de fuites au plus haut niveau des gouvernements anglais et canadien favorisant d'important transferts de technologie vers l'URSS laissèrent présager le risque que les Arrow auraient pu être retournés contre les USA ou dérobés sous leur nez à destination de l'URSS, sans aucune possibilité pour les forces aériennes américaines de les contrer avec leur propre technologie. Pour nombre d'experts militaires, la découverte quelques années plus tard de l'intercepteur Mig-25 (code OTAN Foxbat) au gabarit et aux performances étonnamment proches, sonna comme la confirmation que les efforts canadiens avaient bel et bien été éventés.
Le vol de l'un des prototypes, aurait servi d'inspiration à l'écrivain Craig Thomas avant d'être adapté au cinéma par Clint Eastwood dans Firefox, l'arme absolue, la subtilisation ayant cette fois ci lieu dans le sens inverse, la motivation de corruption alors moins crédible sous un régime communiste, ayant laissé place au devoir « patriotique » d'ingénieurs dissidents travaillant sous la contrainte, rappelant ironiquement la situation des ingénieurs allemands engagés dans ce même projet.
Le projet fut donc totalement abandonné, alors que 37 appareils étaient déjà sur les chaînes de montage sur le point d'être finalisés et que 82 % des pièces avaient déjà été manufacturées pour les 87 appareils suivants. Pire, le gouvernement ordonna de détruire tous les prototypes, tous les plans et données. Du jour au lendemain, 60 000 employés furent licenciés, dont 13 000 chez Avro, le reste étant ceux des 660 compagnies sous-traitantes. Cet abandon reste un traumatisme profond pour l'industrie aéronautique du Canada, au point que le 20 février 1959 est parfois désigné « le vendredi noir ».
Cependant, l'option BOMARC s'avérera très coûteuse, au point que l'Aviation royale du Canada dut faire l'achat de 61 CF-101 Voodoo, moins performants que l'Arrow mais de conception américaine, lesquels entrèrent en service à partir de juillet 1961.
Depuis, une association canadienne cherche à retrouver les maquettes ayant fini leur vie dans le lac Ontario et au moins deux répliques grandeur nature de l'Arrow ont été construites :
En 1997, un téléfilm de Don McBrearty, The Arrow, retrace l'aventure de la construction de cet avions et du travail de ses ingénieurs et pilotes d'essais. On y retrouve des images d'époque.