L'aulne nourrit de nombreux champignons quand il devient bois-mort ou sénescent, mais il peut aussi établir des symbioses avec certaines espèces. Un inventaire mycologique des peuplements d’aulnes en France (dit « projet Aulnaies ») a été lancé en 2003-2004 (sur 63 sites dominés par l'aulne glutineux et deux par l'aulne blanc) par la Commission Environnement de la Société Mycologique de France. Les aulnaies poussent toujours sur des milieux aux enjeux écologiques importants ; ce programme a cherché à identifier leurs champignons associés, et à donner de nouveaux moyens d'évaluer la valeur de ces boisements et de leur fonge souvent méconnue et négligée par les gestionnaires. 477 espèces ont été identifiées sur ces sites 63 sites (soit environ 3,5 % de la diversité fongique nationale). Ces espèces ont été répartie comme suit, selon leur fréquence dans les aulnaies : 24 espèces dominantes (espèces mycorhiziques des aulnes, dont par exemple Russula pumila ou Amanita friabilis), 23 espèces caractéristiques, 47 espèces occasionnelles, 104 espèces assez rares, 281 espèces rares et 544 espèces exceptionnelles. Cette étude a montré que les espèces présentes sont principalement liées au niveau trophique, à l’acidité et à l’inondabilité de l'aulnaie (Par exemple Lactarius clethrophilus, L. omphaliformis et Cortinarius helvelloides sont associés au caractère oligotrophe du site où malgré une diversité réduite leur présence révèle un intérêt patrimonial très élevé. À l'autre extrême Gyrodon lividus, l'une des espèces mycorhiziques des aulnes semble pouvoir être un bio-indicateur des aulnaies dégradées par l'eutrophisation). Les saprotrophes de l'aulne les plus courants en France sont des espèces banales et sans spécificité, alors que ces mycorhizateurs sont au contraire bien spécifiques.
Les caractéristiques très nobles de l'aulne en ont fait un des bois les plus prisés dans la fabrication de guitares haut de gamme. Notamment le corps des stratocasters.
Les fruits d'aulnes sont aussi utilisés en aquariophilie pour leurs capacités à réduire le potentiel hydrogène de l'eau, ainsi que leurs branches en tant que décoration.
Le bois de l'aulne est un bon bois de chauffage. Il fournit une chaleur très vive en brûlant et était donc très recherché par les boulangers. Au pays basque, les aulnes étaient coupés en juillet, tronçonnés et fendus en bûches. Le temps de séchage de ces bûches permettait de les utiliser avec un maximum de rendement énergétique au moment de la chauffe des alambics de distillation de l'eau de vie domestique.
Comme son bois ne pourrit pratiquement pas dans l'eau, s'il est à l'abri de l'air et de la lumière, on l'utilise pour faire des ponts de fortune dans le cas de franchissement de ruisseaux par un chemin de terre formé au bouteur : on coupe quelques troncs d'aulnes proches, qui sont étendus l'un à côté de l'autre dans le ruisseau, dans l'axe d'écoulement des eaux, et ces troncs sont ensuite recouverts de terre pour faire le passage, et l'espace entre les troncs d'aulne permet à l'eau de s'écouler.
Le bois d'aulne, bien homogène, se tourne et se sculpte facilement. On en fait des ornements de meubles, des maquettes pour l'industrie (surtout avant l'apparition des simulation numérique 3D) et on en faisait autrefois des sabots, des manches de brosse, des jouets, et des ustensiles de ménage. Les bouteilles d'une liqueur verte à base de plantes récoltées dans le massif de Chartreuse étaient vendues autrefois dans des boites cylindriques tournées dans du bois d'aulne.
Son tannin a fait utiliser son écorce en tannerie, et en teinturerie et chapellerie (production d'une couleur noire quand l'écorce est mélangée à des sels de fer).
Enfin, le charbon d'aulne était utilisé autrefois pour la poudre à canon, conférant une meilleure qualité à l'explosif.