La forme d'Atlantis est différente de celle de la cité d'Atlantide décrite dans le Critias de Platon. Les créateurs (membres de l'équipe de la série) de cette ville d'Atlantis se sont très vraisemblablement inspirés, pour ce qui est de son apparence, de la description de la ville d'Ys que donne Anatole Le Braz dans le livre La Légende de la mort.
Atlantis est une énorme plate-forme entourée par six branches périphériques dont la forme évoque un cristal de glace à pointes ou une forme fractale. La surface est parcourue par des édifices ressemblant à des immeubles et le plus haut d'entre eux, la tour de contrôle, est situé au centre. En dessous se trouve un centre de contrôle auxiliaire. C'est dans cette tour que se situe la salle d'embarquement avec la porte, ainsi que la baie des jumpers et la salle de commande. C'est l'endroit le mieux protégé de la cité. Les secteurs en périphérie sont facilement et rapidement accessibles grâce à un système de téléporteurs internes, qui rappelle les anneaux de transport.
Le commandement de la cité est d'abord assuré par ses constructeurs à savoir les Anciens et ce pendant près de 10 millions d'années. Le dernier commandant est Moros, qui deviendra plus connu sous le nom de Merlin. Il décide il y a 10 000 ans l'abandon de la cité. Elle reste vide jusqu'à l'arrivée des terriens en 2004. Elizabeth Weir prend alors le premier commandement de l'ère post-Ancienne de la cité, avec cependant une brève interruption après que l'expédition dut rendre le contrôle de la cité suite au sauvetage d'un vaisseau des Anciens et ce jusqu'à ce que ces derniers soient attaqués par les Asurans. À la disparition de Weir, c'est le colonel Samantha Carter qui prend le commandement durant une année, puis elle est relevée par Richard Woolsey qui est actuellement toujours en poste.
Années | Grade | Nom | Allégeance |
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-8000 environ | Président du grand conseil d'Atlantis | Moros | Anciens |
2004-2006 | Docteur | Elizabeth Weir | Conseil International de Surveillance |
2006 | Capitaine | Hélia | Anciens |
2006-2007 | Docteur | Elizabeth Weir | Conseil International de Surveillance |
2007 | Colonel | Samantha Carter | US Air Force |
2008 - actuel | Civil | Richard Woolsey | Conseil International de Surveillance |
Atlantis possède une technologie très avancée utilisée par les membres de l'expédition. Régulièrement ils se servent des chambres de transport pour se déplacer dans la cité ainsi que des jumpers à l'extérieur. Mais elle n'a pas encore été entièrement explorée, et les équipes de chercheurs découvrent tous les jours de nouvelles salles et des technologies encore inconnues.
Comme toutes les cités volantes des Anciens, Atlantis est alimentée par des « extracteurs du potentiel de point zéro » (EPPZ ou E2PZ). Elle peut fonctionner avec un seul EPPZ, mais en nécessite trois pour remplir ses réserves d'énergie. Atlantis peut gérer automatiquement le niveau d'alimentation d'énergie des salles en fonction du besoin des personnes qui s'y trouvent. En revanche son bouclier draine énormément d'énergie et peut épuiser un EPPZ plus vite que la normale lorsqu'il est sollicité. La cité peut aussi être alimentée par des générateurs à naquadah, qui ont un plus faible rendement qu'un EPPZ mais dont les membres de l'expédition se servent quand même pour faire fonctionner différentes salles et ainsi économiser leur EPPZ. En conséquence, peu d'appareils technologiques sont utilisables et un grand nombre d'entre eux, ainsi que certaines fonctionnalités, n'ont pas encore été testés, faute d'approvisionnement. Pour toutes ces raisons, la recherche et l'acquisition d'EPPZ est une des principales missions des équipes d'Atlantis, d'autant que ces dispositifs sont extrêmement rares et impossibles à recharger. Les EPPZ fournissent l'énergie par des conduits, de gros tuyau ou passe une très importante quantité d'énergie. La cité peut d'elle-même éviter certains conduits s'ils sont endommagés.
Atlantis contient une énorme base de données de connaissances Anciennes. Parmi toutes les données qui furent traduites, seulement 9 % d'entre elles ont pu être à ce jour mémorisées sur les disques durs apportés par l'expédition et une infime partie de ces 9 % a pu être étudiée, et ce après avoir utilisé un logiciel efficace de compression-décompression inventé par le docteur McKay. La base de données renferme un très grand nombre d'adresses de Portes de la Galaxie de Pégase et de la Voie Lactée, et beaucoup de travaux scientifiques, incluant des recherches sur l'EPPZ, des travaux sur l'Ascension, des schémas concernant les armes et des notes sur les voyages dans l'espace. La base de données est accessible depuis de nombreux terminaux disséminés dans la cité.
Atlantis est équipée de plusieurs types de senseurs : les senseurs longue-portée permettent à Atlantis de scanner des systèmes solaires lointains. Ils servent à détecter et suivre le trajet des vaisseaux naviguant à travers la galaxie et peuvent prévenir les habitants de l'approche de vaisseaux Wraith. Ces senseurs furent découverts des mois après l'arrivée de l'expédition :
Les chambres de transport sont les principaux moyens de transport pour se déplacer rapidement dans les différentes parties d'Atlantis. Ce sont de petites cabines équipées d'une console qui s'ouvre lorsque quelqu'un entre et dévoile une carte de la cité avec des lumières rouges qui signalent où se trouvent les autres cabines. Il suffit de presser un de ces points lumineux pour être instantanément transporté avec un flash aveuglant dans la cabine qui y correspond. Le système fonctionne de façon similaire aux anneaux de transports, ces deux technologies ayant été créées par les Anciens. Les cabines servent aussi d'ascenseur pour se déplacer entre les étages d'une même structure.